Одне відомо точно, апостол Андрій прославився як невтомний мандрівник і проповідник християнства. Діяльність місіонера була тісно пов'язана з морем. «Золота легенда» (збори християнських легенд і житій святих, написане в 13 столітті) повідомляє про порятунок і навіть воскресіння 40 мандрівників, які морем прямували до апостола, але були загублені штормом (в іншому варіанті повідомляється про заспокоєння моря молитвою). Цим можна пояснити шанування Андрія Первозванного як покровителя мореплавців. Його життя було завершено мученицькою смертю - розп'яттям на косому хресті (який і отримав ім'я апостола).
У 1696 році під час другої облоги турецької фортеці Азов російські кораблі несли на кормі прапор з синім прямим хрестом і чвертями білого і червоного кольорів. Однак уже в наступному році цар Петро засновує новий прапор військового флоту з трьох горизонтальних смуг - білої, синьої і червоної, фактично повернувшись до варіанту 1693 року. Під цим прапором відправився в 1699 році в Константинополь з першою офіційною дипломатичною місією російського військового флоту корабель «Фортеця». У той же час російський государ, який щойно повернувся з подорожі в Західну Європу, продовжив пошуки малюнка військово-морського прапора Росії. Восени 1699 вперше на біло-синьо-червоному полотнищі з'являється «андріївський» косою синій хрест - знак покровителя Русі апостола Андрія Первозванного. Він же був поміщений царем і в білій голові відомого з 1697 року триколірного вимпела, який проіснував під назвою «ординарного» до 1870 року.
З 1720 року на бушприті кораблів флоту Росії стали підніматися гюйс - спеціальний прапор, який раніше використовували як прапор морських фортець і іменувався «Кейзер-прапор». Червоне полотнище перетинав не тільки косою синій хрест, але прямий білий хрест. Вважається, що, він з'явився в 1701 році. До 1720 року кораблі Росії несли в якості гюйса зменшену копію кормового прапора. Слово «гюйс» має цікаву історію: воно походить від нідерландського «Гез», тобто жебрак. Так в 16 столітті називали повсталих проти іспанського панування жителів Нідерландів. Найбільша група гезов воювала на морі ( «морські гези») і вперше стала застосовувати цей прапор.
Гюйс, прапор морських фортець.
У 19 столітті в Російській імперії з'являться ще кілька нових кормових прапорів. Так, ще в 1797 році кораблі Морського Кадетського корпусу отримали спеціальний кормової прапор, де в центрі Андріївського прапора в червоному овалі був поміщений герб навчального закладу. А на грот-щоглі суду цього навчального закладу стали піднімати «ординарні» вимпели з трибарвними косицами. З 1827 року кораблі навчальних морських екіпажів отримали право піднімати особливий прапор, де було зображення гармати і якоря (вони також розміщувалися в червоному овалі). Отримали свої кормові прапори і гідрографічні судна російського імператорського флоту. У 1828 році був заснований прапор «для лоції», на Андріївському прапорі в центрі розташовувався малюнок чорної котушки компаса з золотим якорем, що вказує на північ. Правда, вже в 1837 році цей прапор був замінений заснованим в 1829 році прапором генерал-гидрографа. Він мав ту ж чорну котушку компаса, але в синьому невеликому крижі. Крім того, в 1815-1833 рр. існував і кормової прапор для кораблів висленском військової флотилії (Прапор військових судів Царства Польського). Це був андріївський прапор з невеликим червоним Крижі, в якому розташували білого польського орла. Даний прапор був скасований після поразки Польського повстання 1830-1831 рр.
Прапор Генерал-гидрографа Генерального штабу. Прапор судів, для лоції призначених.
Допоміжні судна військово-морського флоту Російської імперії до 1797 року несли на кормі триколірний прапор, а на бушприті гюйс. З 1794 по 1804 рік допоміжні судна відрізнялися військовим вимпелом. А з травня 1804 року одержали спеціальний прапор з білим або синім полотнищем, з Крижі національних кольорів (біло-синьо-червоний) і перехрещеними якорями під ним. Крім того, озброєний транспорт одночасно ніс військовий вимпел. Всі ці прапори були скасовані в 1865 році.
Георгіївський вимпел - триколірний вимпел з андріївським прапором в голові, на центр хреста якого накладено червоний щит з образом покровителя військових св. Георгія Побідоносця, був заснований в 1819 році. Він став відрізняти гвардійський екіпаж, який заслужив цю честь у битві міста Кульм в 1813 році. Іншими відмінностями, які виділяли вищих посадових осіб, були георгіївський адміральський прапор (він мав полотнище Андріївського прапора, але з червоним щитом Георгія Побідоносця), георгіївський брейд-вимпел і шлюпковий прапор контр-адмірала. Крім того, під час російсько-турецької війни 1828-1829 рр. в боях з турками особливо відзначилися 74-гарматний лінійний корабель «Азов (герой Наваринська битві) і 18-гарматний бриг« Меркурій »(здобув перемогу над двома турецькими лінійними кораблями), вони були відзначені адміральськими георгіївськими прапорами, які піднімали як кормові. За всю подальшу історію Російської імперії більш жоден військовий корабель російського флоту не отримав такої нагороди.
З розвитком країни відбувалися зміни і в прапорах військово-морського флоту. У 1865 році через непотрібність було скасовано сині та червоні прапори і вимпели. Також скасували і все, крім Андріївського, кормові прапори. У 1870 році шлюпочні прапори стали стеньговий прапорами адміралів, був ліквідований «ординарний» вимпел, під яким плавали кораблі, які не зараховані до будь-якої частини. Георгіївський вимпел отримав замість триколірних, білі коси. В цьому ж році кормовим прапором допоміжних суден Військово-морського флоту Росії став синій прапор, який мав зображення Андріївського прапора в крижі. Крім того, у міру розвитку збройних сил, з'являються прапори судів морських фортець, нові прапори посадових осіб, судів окремих частин, кораблів окремого Корпусу прикордонної варти, прапори морської авіації.
Революція 1917 року принесла нові символи. Поруч з андріївськими прапорами стали піднімати червоні полотнища. З весни 1918 року підйом Андріївського прапора на кораблях Радянської Росії був припинений. Наприкінці 1924 року андріївські прапори були спущені і на кораблях флоту білих в Бизерте (кораблі були закладені французам, ті їх незабаром «пустять на голки»). Гюйс і кріпак прапор, з деякими змінами - в центральній частині полотнища в білому колі зображувалася червона зірка з серпом і молотом посередині, проіснували до 1932 року. Крім того, під час Другої світової війни символіку Андріївського прапора використовували колабораціоністські частини генерала Власова.