Так, в 1709 році кошовий отаман Кость Гордієнко і гетьман Мазепа підписали союзницький договір зі шведським королем Карлом XII. Запорізька Січ приєдналася до союзу Мазепи і Карла проти Росії. Сталося кілька сутичок запорожців з російськими військами. Петро віддає наказ князя Меншикова рушити з Києва на Січ три полки під керівництвом полковника Яковлєва з тим, щоб «знищити все гніздо бунтівників». Січ була зруйнована, і пізніше Петро не дозволяв відновити її. Заснували на землях, підконтрольних туркам і кримським татарам, Каменську (1709-1711 рр.) І Олешківські Січі (1711-1734 рр.). Однак вони проіснували недовго.
У 1733 році, коли після початку війни Російської імперії з Туреччиною кримський хан наказав запорожцям Олешківські Січі йти до російського кордону, генерал Вейсбах (він в цей час займався пристроєм української лінії фортець) вручив козакам грамоту в урочищі Красний Кут, в 4 верстах від старої Чортомлицької Січі. Козаки отримали грамоту государині Анни Іоанівни про помилування і прийнятті в російське підданство. В результаті була створена Нова (Підпільненську, або Підпільнянская) Січ, вона проіснувала до остаточного знищення Запорізької Січі в 1775 році.
Нова Січ сильно відрізнялася від старої. Вона стала не тільки військовим, але господарським, політичним організмом. Козаки отримали повне самоврядування і землі для поселення. З'явилися нові структури - «паланки». Це були свого роду «провінції» Січі на Самарі, Миусе, Бузі, Інгульці і т. Д. Кожна паланка управлялася полковником, осавулом і писарем, які підпорядковувалися Коша. Саме землі стали головним джерелом доходу козаків, а не платню. В околицях Січі селилися «зімовчакі» - одружені козаки, вони не мали ні права голосу на раді, ні права обрання на посади та були зобов'язані сплачувати в січову скарбницю «димове», т. Е. Свого роду податок з сім'ї. Крім одружених козаків, так стали називати і сторонній люд (в основному селяни, біднота, що шукали кращої долі), який прибував з великоросійських губерній, Правобережної України, турецьких володінь. Вони не вважалися козаками, а були підданими Січі, поставляли продовольство і платили 1 рубль на рік. Жителі Січі жили за рахунок рибальства, полювання, скотарства, землеробства і торгівлі. Старшина отримував дохід від мита за ввезення товарів, володіння землями, пасовищами, ловами.
Козаки підпорядковувалися тільки своїми законами, у незначних справах позивалися в паланках, по значним - у кошового. Злочинця могли видати імперським властям, але найчастіше карали самі, аж до смертної кари. Січ швидко стала однією з процвітаючих областей Росії. Паланки вкрилися селами, хуторами.
Однак в Січі існували і серйозні протиріччя між старшиною і голотою. Так, царський уряд практично відразу порушила зобов'язання видавати щорічно Січі 20 тис. Рублів платні. Уже з 1738 року стали давати тільки 4-7 тис. Решту грошей наказали виплачувати з армійських фондів, але вони були порожні. В результаті влада стали хитрувати - видавали «публічно» 4 тис. Рублів, решту грошей передавали таємно старшині, курінним отаманам. Однак козаки швидко про це дізналися: в 1739 р кошового Тукало і старшин скинули, побили і пограбували їх майно (кошовий був так сильно побитий, що незабаром помер). Надалі старшини продовжували багатіти. Зокрема, кошовий Калнишевський одного разу продав 14 тис. Коней зі своїх табунів. Рядові ж козаки бідували, всі пільги йшли на користь старшини.
Виникла і ще одна причина конфлікту Січі з центральною владою. В цей період відбувалося активне освоєння раніше порожніх областей Дикого Поля і запорожці стали відстоювати свої «законні» землі. Вони засновували свої претензії на фальшивку - «копії з грамоти Стефана Баторія», який нібито дарував їм землі у м Чигирин, по Самарі і Південному Бугу, Лівобережжя Дніпра до Сіверського Дінця. А оскільки російські правителі, починаючи з Олексія Михайловича, підтверджували «колишні запорізькі вольності», саме слово «вольності» стали трактувати в територіальному сенсі. Запорожці, відстоюючи свої «законні» землі, не зупинялися і перед застосуванням сили. Вони спалили кілька нових поселень, селян розганяли. В результаті запорожці просто-напросто знахабніли, кидаючи виклик центральній владі. Однак при Єлизаветі і гетьмана Розумовського це їм сходило з рук.
При Катерині II ситуація змінилася. Вона всерйоз зайнялася справами розбовталося України. У 1763 році гетьман Розумовський, який натякав про спадкове статус своєї посади, подав у відставку «за власним бажанням». Малоросійська колегія була відновлена. Її президентом був призначений генерал П. А. Румянцев. Він застав на Україні картину повного розвалу. Військова верхівка, яка керувала від імені Розумовського, абсолютно відбилася від рук. Старшини перетворилися на всемогутніх вельмож, справжніх місцевих «князьків». Вони дійшли до того, що воювали один з одним, оскаржуючи землі, озброюючи козаків і селян. Населення піддавалося нещадної експлуатації. Рядові козаки або розорялися, перетворюючись в наймитів, або займалися особистим господарством. Негативним чином на війську позначився указ 1721 року про заохочення козачого винокуріння. Багато людей спилися, інші пропили свої земельні ділянки. В результаті Малоросійське військо розклалося. Румянцев не міг організувати навіть пошту: багаті служити не хотіли, бідні не мали можливості.
Довелося вжити заходів для відновлення боєздатності місцевих військ. У 1764 році почали перетворювати козачі частини в регулярні. З українських полків створили 5 гусарських: Чорний, Жовтий, Голубий, Сербський і Угорський. Крім того, створили чотири пікінерського полку (Єлисаветградський, Дніпровський, Донецький і Луганський). Пізніше створили ще кілька гусарських полків і ландміліція переформували в піхотні частини. В цілому Україна повинна була втратити свій особливий статус і бути зрівняна з іншими російськими губерніями. Січ в цих планах була серйозною перешкодою.
У 1767 році вступив донос, що кошовий Калнишевський і писар Іван Глоба домовляються провести переговори з турецьким султаном, якщо уряд не виконає їхні вимоги. Катерина залишила донос без наслідків, але доля Січі була вже вирішена. Рішення проблеми тільки відклали до завершення війни з Османською імперією.
У російсько-турецькій війні 1768-1774 рр. взяло участь 10 тис. запорожців (ще близько 4 тис. залишалося на території Січі). У війні вони показали високі бойові якості, відрізнялися в розвідках і рейдах, зіграли важливу роль в битвах при Ларго і Кагулі. Перемога в цій війні стала ще одним приводом для ліквідації Запорізького війська. З укладенням Кючук-Кайнарджійського угоди Російська імперія отримала вихід до Чорного моря, була створена Дніпровська лінія, Кримське ханство було на межі знищення. Другий історичний ворог Росії - католицька Польща, втратила свою міць, і в 1772 році відбувся її перший розділ. Запорізьке козацтво втратило свою роль захисників південних рубежів.
У травні 1775 року до Січі був рушать корпус генерала Петра Текелі. Операція була безкровною. Старшини, зрозумівши, що опір безглуздо, разом зі священиками втихомирювали рядових козаків. Згідно з указом Катерини Запорізька Січ скасовувалася. Рядові козаки не зазнавали переслідувань. Одні залишилися на Україні і осіли по селах і містах. Частина командирів отримали офіцерські чини, старшини стали дворянами. Тільки троє запорожців - Калнишевський, військовий суддя Павло Головатий і писар Глоба були засуджені за звинуваченням в зраді і заслані в монастирі. Калнишевський прожив в Соловецькому монастирі до 112 років і помер в 1803 році, прийнявши чернечий сан.
Частина козаків пішла на Дунай під владу турецького султана і створена Задунайську Січ. У 1828 році задунайські козаки перейшли на бік російської армії і були помилувані особисто государем Миколою I. З них було створено Азовське козацьке військо. У Росії, в умовах війни з Туреччиною, Олександр Суворов в 1787-1788 рр. з козаків колишньої Січі та їх нащадків організував «Військо вірних Запорожців». У 1790 році воно було перетворено в Чорноморське козацьке військо і потім отримало територію лівобережної Кубані. Козаки взяли активну участь у Кавказькій війні та інших війнах Російської імперії.