Антімонгольскіе настрою існували протягом всієї історії. причому монголи часто сприймалися як варвари, які не знайомі з цивілізацією.
На думку західних вчених та істориків, Російська Імперія, Радянський Союз, капіталістичний і комуністичний Китай цілеспрямовано знищували монголів шляхом асиміляції, скорочення населення, придушення мови, культури, традицій, історії, релігії та етнічної ідентичності. За часів царської Росії Петро Великий сказав: "У верхів'ях річки Єнісей повинна бути російська земля". Російська імперія посилала калмиків і бурят на війну, щоб зменшити їх чисельність. Це було характерно і для Першої світової, і для всіх інших воєн.
Радянські вчені в 20-м столітті намагалися переконати калмиків і бурят, що ті не мають ніякого відношення до монголам (демонголізація політики). Під час повстання 1927 року і з 1900 по 1950 рр. 35000, або близько однієї третини бурят в Росії, були вбиті або померли. У 1919 році буряти заснували невелику теократичну державу Балагад в Кіжінгінском районі. але це держава впала в 1926 році. У 1958 році слово "монгол" було видалено з назви Бурят-Монгольської АРСР.
Калмики повставали проти Росії в 1926, 1930 і 1942-1943 роках. У 1913 році імператор Микола II сказав: "Ми повинні побоюватися татар. Але калмики небезпечніше їх, тому що вони - монголи. Так відправимо їх на війну, щоб скоротити їх чисельність".
Китайська Імперія. Геноцид джунгар імперією Цин.
Джунгарами називають монголів, які жили в районі, що простягалася від західної частини Великої Китайської стіни до сучасного кордону Східного Казахстану і від кордонів північного Киргизстану до півдня Сибіру (на більшій частині цієї території розташований сучасний Синьцзян). Це була остання кочове імперія, що загрожувала Китаю з початку 17-го століття до середини 18-го століття. Після ряду безрезультатних військових конфліктів, які почалися в 1680-і роки, джунгари були підкорені маньчжурської армією під керівництвом імператора династії Цин (1644-1911) в кінці 1750-х років.
Кларк стверджував, що кампанія Цин в 1757-1758 роках "зводилася до повного знищення не тільки Джунгарского держави, але всіх джунгар».
Уйгурские повстанці з оазисів Турфана і Хамі прийшли до імператора династії Цин в якості васалів і просили його допомогти скинути джунгар. Лідери уйгурів, серед них і Еміна Ходжі. отримали титули при дворі китайського імператора і постачали війська Цин під час антіджунгарской кампанії.
Історик П. Пердью вважав, що знищення джунгар було результатом явною політики геноциду, розпочатого імператором Цяньлун. Пердью описував ісстребленіе джунгар як "навмисну різанину" і описав її як "етнічний геноцид". Хоча ця "навмисна різанина" в значній мірі ігнорувалася сучасними вченими, Марк Левін. історик, який займається дослідженням геноциду, заявив, що винищення джунгар було "ймовірно, геноцидом, спрямованим на знищення сильного".
Територія, на якій раніше проживали джунгари, сьогодні населена казахами. Землі на півночі Сіньцзяну династія Цин віддала племенам хань, хуей, уйгурів і казахським колоністам після того, як були знищені джунгари. На їх землях представниками династії Цин були побудовані нові міста, наприклад Урумчі і Інін.
Депопуляція північного Синьцзяна після того, як були знищені ойрати, чиєю релігією був буддизм, привела династію Цин до врегулювання відносин між різними племенами, що сповідували іслам.Ето призвело до просування ісламу і розширенню прав і можливостей мусульман в південній частині Синьцзяна, а також до міграції мусульманських народів на північ Синьцзяна. Генрі Шварц назвав перемогу династії Цин "перемогою ісламу".
Після того, як Китай знищив джунгар, було оголошено, що завойовані території, рані належали джунгар, відтепер приєднані до Китаю.
Монголам не дозволяли виїжджати за межі своїх власних володінь. У вісімнадцятому столітті китайські поселенці почали незаконно просуватися вглиб монгольському степу. До 1791 році китайців стало так багато, що постало питання про присвоєння статусу селян тим, хто вже оселився в монгольських степах. У першій половині 19-го століття настав розквіт династії Цин. І Внутрішня, і Зовнішня Монголія продовжували постачати армію Цин кавалерією. Оскільки монголи перебували під суворим контролем правлячої династії, уряд більше не боялося їх. У той час, як правлячі маньчжури все більш противилися «кітаізірованію», а населення в Китаї стрімко зростало, династія Цин почала відмовлятися від своїх колишніх спроб блокувати розвиток торгівлі в монгольських степах. Зрештою, розвиток економічних відносин служило інтересам династії, оскільки не тільки забезпечувало підтримку монгольської адміністративного апарату уряду, а й міцніше «прив'язав» монголів до іншої частини імперії.
Монголи не могли захистити себе від зростаючих поборів. Вони не мали достатніх ресурсів, щоб виступити проти непомірних податкових зборів. У 19-му столітті все більше число пасовищ використовувалося для сільського господарства. Території сеймів Джосоту і Джу-Уда перебували на південному кордоні Внутрішньої Монголії і з часів їх входження до складу імперії Цин піддавалися китайської землеробської колонізації. Згодом число китайських переселенців перевищило число монголів, для яких підтримувати традиційне скотарське господарство ставало все більш складно. Поступово монголи переймали у ханьців землеробський спосіб життя і китайську систему землеволодіння. Китайські переселенці стали незаконно просуватися в монгольські степи і орендувати землю, зменшуючи тим самим частку монгольських пасовищ. Хоча таке відчуження пасовищ в значній мірі було незаконним, ця практика тривала повсюдно і безперешкодно. До 1852 року китайські купці проникли глибоко до Внутрішньої Монголії. Присутність у Внутрішній Монголії великої кількості китайських селян призвело до створення складної адміністративної системи, в рамках якої вони підпорядковувалися місцевій владі, що діяли на територіях-анклавах усередині монгольських пасовищ. Монгольські влади номінально зберігали право власності на ці землі і постійно домагалися нових і нових прав для себе по відношенню до китайських переселенців. В процесі ослаблення імперської влади ханьское більшість все активніше заперечував влада над собою монгольського меншини. Так, китайці затримували орендні виплати за землю або зовсім не платили їх, а також перешкоджали, в тому числі і зі зброєю в руках, проведення монгольськими владою вимірів і переписів земельних ділянок.
Північні частини сучасних китайських провінцій Шеньсі, Шаньсі і Хебей зазнали етнічних чисток. Все частіше в дев'ятнадцятому столітті маньчжури стали противитися своєму «кітаізірованію», але зіткнулися з російською загрозою. Вони стали заохочувати китайських фермерів селитися на території Монголії і Маньчжурії. Ця політика була продовжена наступними урядами. Земля була або продана, або здана в оренду китайцям, або ж землі просто віднімалися у кочівників і передавалися китайським фермерам. Багато збіднілі монголи почали займатися сільським господарством, орендували сільськогосподарські землі. Правління династії Цин і безперервне незаконне переселення китайців протягом 18 і 19 століть привели до хвилі інцидентів, кульмінацією яких стали монгольські етнічні чистки.
Цзіндандао спустошили монгольські стійбища на південно-східному кордоні і змусили багатьох монголів бігти на північ. Імперський суд всіляко намагався знизити градус напруги між монголами і китайцями, виплачуючи компенсації обом сторонам. Також було прийнято рішення набирати на посади збирачів орендної плати за землю поряд з монголами також і китайців, а тяжби між монголами і китайцями перевести в юрисдикцію китайської влади. Ці заходи послаблювали владу монгольської хошунів знаті. У всякому разі, ставлення Цин до китайської колонізації монгольських земель ставало все більш і більш лояльним, особливо після амурської анексії Росії в 1860 році.
Монголи схильні розглядати ці події як міжетнічний конфлікт. Що стосується історії монгольського суспільства, то Борджігін Буренсайн вважає, що монгольські погроми 1891 року ознаменували собою початок нової монгольської історії. Інший етнічний монгол, історик і етнолог Ян Хайін. пише, що ці погроми стали прелюдією до більш кривавим репресіям щодо монголів в епоху Культурної революції.
«Культурна революція» призвела не тільки до широкомасштабних репресій проти партійної опозиції, але і гонінням на інтелігенцію, розгрому КПК, громадських організацій, завдала колосальної шкоди культурі й освіті, відбилася на зовнішній політиці.
З вищевикладеного випливає, що раніше монгольські землі простягалися набагато далі меж сучасної Внутрішньої Монголії, аж до старого кордону, що існувала за часів династії Мін, простягалися на півдні і заході - в районах Гансу, Синьцзян-Датун, області Шеньсі, включаючи Калган. Виявлено також останки Великої армії Мунке в Шехуане і Юньнані, але "монгольське спадщина" в цих областях ще не отримало широкого визнання.