Пізніше Еціо з'ясовує, що тамплієри планують вбити принца Сулеймана. З Юсуфом в костюмах італійських співаків він проникає в палац і рятує юному принцу життя, а також заслуговує його довіру. На наступний день Еціо, на прохання Сулеймана, підслуховує розмову Ахмета. Потім Еціо знаходить ще одну печатку Альтаїра і бачить що сталося після смерті Аль-Муаліма: навіть зі смертю наставника Альтаїр намагався зберегти орден і його честь і врятувати інших ассасинов. Еціо і Сулейман підозрюють, що Тарік Барлет, капітан яничарів, пов'язаний з тамплієрами. Еціо стежить за ним і з'ясовує, що той послав в арсенал Мануїла. Герой підслуховує розмову і дізнається, що Мануїл зі зброєю хоче відправиться в Каппадокії.
Еціо знаходить третю печатку Альтаїра, зі змісту якої стає відомо, що в майбутньому ассасини стали просто воїнами і єретиками. Аббас захопив владу і виганяє Альтаїра з Масіаф разом з сином даруємо. Дізнавшись, що Аббас наказав убити Сефа, молодшого сина, Альтаїр вбиває всіх нападників і тікає з села, втративши дружину, Марію. Тим часом Еціо допомагає Софії і доглядає за нею, спочатку здобувши посилку для неї, потім знаходить вкрадену картину і, нарешті, приносить їй п'ять білих тюльпанів.
Через рік Еціо нарешті вбиває Таріка, але той виявляється не зрадником. З наступної друку Еціо бачить повернення Альтаїра в Масіаф через 20 років. Разом з іншими асасинами Альтаїр вбиває капітанів Аббаса. Потім з пістолета, який Альтаїр сам же і зробив, він вбиває самого Аббаса. Після цього Еціо вирішує відправиться в підземне місто - Каппадокию. Перед тим як відправиться в шлях, Еціо просить Юсуфа подбати про Софію. У Каппадокії Еціо усуває підручного Мануїла - жорстокого вбивцю Шах-Кулу і знищує арсенал тамплієрів, взявши п'яту печатку Альтаїра у Мануїла. Еціо дізнається, що головний змовник - Ахмет. Той загрожує смертю Софії і знищенням всього ордена асасинів і додає, що всього печаток шість. Еціо попливе назад до Константинополя і з п'ятого друку бачить, що Альтаїр віддає всі п'ять печаток Нікколо Поло, але про шостий - ні слова. В Константинополі Еціо виявляє розруху: пожежа, бідність і війна. А в крамниці Софії трупи ассасинов, серед них - Юсуф Тазім з кинджалом в спині. Для Еціо це виявилося останньою краплею. Зібравши всіх ассасинов, Еціо нападає на Ахмета, але замість бою отримує пропозицію: друку натомість на Софію. Принісши друку, Еціо сподівається на угоду, але тамплієр обманює його. Аудитора рятує Софію і разом з нею відправляється в погоню за Ахметом. У бою Еціо перемагає його, але вбиває Ахмета Селім I Грозний, скинувши з обриву, сказавши, що батько вибрав спадкоємця. Також він наказує Еціо забиратися назавжди. Еціо намагається кинутися на нього з мечем, але Софія зупиняє його.
Під час перебування Еціо останньої друку, Анімус знаходить Дезмонда і збирається його видаляти, але 16-й рятує його, доторкнувшись до нього і скопіювавши його ДНК, і Анімус видаляє Клея.
У Масіаф Еціо і Софія знаходять бібліотеку і відкривають двері за допомогою печаток. Але в ній немає ні книг, ні знань. У бібліотеці Еціо знаходить скелет Альтаїра і шосту печатку. У ній - спогади про останній хвилині життя великого ассасина. Бібліотека створена не для книг або знань зі скарбами, а для Яблука Едему, яке належало Альтаиру. Але Еціо вирішує залишити артефакт в сховищі і пожити для себе. Еціо звертається до Дезмонда в надії, що той знайде відповіді на питання.