Народився Бахауддін в 1318 році в селищі Каср-Хіндуван. що поблизу Бухари. батьком майбутнього суфійського духівника був ремісник.
На жаль, біографічні дані на цьому майже вичерпуються, так як він забороняв своїм учням записувати його діяння і проповіді. Більшість літописів були створені вже після його смерті і втратили багато фактів і подій.
Однак відомо, що інтерес до суфізму Бахауддін перейняв від свого діда. Першим духовним вчителем хлопчика був Мухаммад Бабайі Сімас. який згодом відправив його для продовження навчання до шейхуСайід Амір Кула у. Шейх. в свою чергу, бачачи серйозність устремлінь молодого Бахауддіна. ввів його в суфійської орден дервішів Ходжаган.
Уже сформувавшись, як духовний вчитель. Накшбанді закликав у своїх проповідях до простоти і невибагливості, але відкидав аскетизм і усамітнення. Був прихильником мирського життя, яка найкраще формує людську особистість, виступаючи проти показної побожності і театралізованої обрядовості, сорокаденний постів, гучного зікри (відправлення молитви) і бродяжництва.
Осягаючи суфійську мудрість. Бахауддін не прийняв способу життя дервішів і не став бродяжити і просити подаяння, навпаки він повністю занурився в реальне життя. Він чудово ткав шовкову тканину «Камх», був чудовим різьбярем по металу, за що і отримав своє прізвисько - Накшбанді. що власне і означає «різьбяр по металу». Наслідуючи його приклад, послідовники Накшбанді припинили бродяжити і стали заробляти на життя ремеслом.
Згідно з легендою, Накшбанді. повинен був зустріти свого духовного вчителя в ордені дервішів.
Так і сталося. Одного разу, Бахауддін знайомиться з дервішем на ім'я Халіл. Перейнявшись його розумом і мудрістю, він стає учнем Халіла. а через 6 років його вчитель приймає сан правителя Заріччя. Залишившись при дворі султана Халіла. Бахауддін отримав право користуватися величезною палацової бібліотекою і сголовой занурився в рукописи мусульманських богословів.
Однак, Накшбанді претила розкіш і дуже скоро він покинув палац і переселився в село Ріватун недалеко від Бухари. Проживши там якийсь час, богослов став збиратися в паломництво до святих місць - Мекку і Медину. Подорож виявилося довгим, і додому в Бухару. Накшбанді повернувся лише через 3 роки.
З хаджу (паломництва до святих місць) Бахауддін повернувся повністю укріпленим в своїй вірі, відтепер його ідеалами стали абсолютна духовна чистота, відмова від розкоші і користолюбства. Богослов став активно проповідувати, і згідно з його вченням, істинний суфій просто зобов'язаний був слідувати сунне і всіма правилами шаріату. Будучи духовним послідовником бенкету Гіждувані. Накшбанді розвинув і вдосконалив вчення ордена Ходжаган і незабаром сформував 11 правил молитовної медитації і виробив особливу методику дихання.
Протягом всього свого життя Бахауддін Накшбанді кожним своїм вчинком підтверджував правильність обраного ним шляху, примножуючи роль релігії в житті суспільства і творячи добрі справи ім'ям Аллаха.
Завдяки високій святості і благочестя знаменитого богослова, Бухару нарекли «Куполом Ісламу на Сході», а його самого зарахували до лику святих і визнали покровителем цього благословенного міста, в якому пройшло все його життя.
З 1544 року на місці спочинку Бахауддіна Накшбанді височіє величний мавзолей. З тих давніх пір і по наші дні не вичерпується потік бажаючих доторкнутися до меморіалу, адже за переказами, триразове відвідування святого спочинку прирівнюється до «хаджу» в Мекку і Медину.