Базою для формування Балтійської митниці стали підрозділи Санкт-Петербурзької митниці, які здійснювали митний контроль на переході морем. Уже через рік після організації Балтійської митниці було сформовано 22 відділу і 4 самостійні служби.
Начальники Балтійської митниці:
Історія Балтійської митниці пов'язана з розвитком Північної столиці не тільки як адміністративного центру, а й як найбільшого морського і річкового порту. Балтійська митниця - сама по собі унікальна: будучи внутрішньої для міста, вона, в той же час - морська, прикордонна. При такому сформованому симбіозі величезна кількість вантажів проходить через неї транзитом та ще більше - тут розмитнюється. Великі обсяги товарних партій - відмінна риса оформлюваних на Балтійської митниці вантажів. Перетинаються і прикордонні і внутрішні митні функції. Балтійська митниця - один з найбільших в Росії складальник митних платежів у федеральний бюджет. У зоні діяльності митниці зареєстровано 1848 учасників ЗЕД, які активно здійснюють зовнішньоекономічну діяльність. В даний час Балтійської митницею налагоджені ділові відносини з митними органами країн Євросоюзу, здійснюється обмін інформацією, пов'язаною з попередженням та припиненням митних правопорушень. Однією з найактуальніших завдань, що стоять перед митницею, є боротьба з контрабандою наркотиків. Сьогодні штатна чисельність митниці становить 700 осіб. Тут оформляється понад 19 млн тонн вантажу, що перевозиться морським і річковим транспортом