У Балто і Дженни народжуються шість цуценят. П'ятеро - натуральні хаскі, як і мати, а шоста, дівчинка Алу, дуже схожа на вовка. Незабаром всі цуценята знайшли нових господарів, і лише «вовчицю» ніхто не хоче брати, тому вона залишається жити з батьком. Лише через рік Балто розповідає Алу, звідки у неї «вовчі коріння». Шокована визнанням, Алу втікає з дому, щоб знайти своє місце в цьому світі.
Тим часом Балто переслідують дивні сни: ворон і зграя вовків. І на наступний день після втечі Алу, коли він вирушає її шукати, йому зустрічаються ці дивні створіння: той самий ворон, хитра лисиця, насміхаються росомахи і розлючений грізлі, що просиджують безслідно.
Нерозлучні друзі Балто - Борис, Мак і Лак - не супроводжують пса в пошуках, розуміючи, що для батька і доньки це щось дуже особисте.
Тим часом Алу, знайшовши притулок у печері, знайомиться з мишкою-полівки Муру, який пояснює їй, що бути полуволка-напівсобаки зовсім не так вже й погано. Незабаром батько і дочка возз'єднуються, але Алу як і раніше відмовляється повертатися додому. Балто разом з нею відправляється в подорож, ведений тим самим вороном зі снів. У Алу прокидаються незвичайні здібності: наприклад, вона змогла прочитати думки ведмедя-грізлі, який збирався на них напасти.
Батько і дочка доходять до океану, де зустрічають зграю вовків. Їх ватажок - старий Нава, володіє магічним здібностями, зокрема, у нього встановлений контакт із загадковою білою вовчицею Аніу. За його пророцтвом, «скоро у зграї буде новий ватажок: вовк, який не знає, що він - вовк». Всі думають, що мається на увазі Балто. Однак, на владу претендує молодий вовк Нідж, підтримуваний Нуком, Яком і Сумак.
Настає сезон міграції: вовкам потрібно вирушати на пошуки їжі, і шлях їх лежить через широке водний простір, заповнене льдінаміОчевідно, через Берингову протоку на Чукотку, і саме тут відбувається розв'язка - старий Нава не здатний здолати таку перешкоду, і Нідж користується нагодою, щоб вбити ватажка і зайняти його місце. Але в здійсненні цих планів йому заважає Алу, яка нарешті знаходить своє місце в житті і стає новим ватажком зграї.
Балто повертається в Ном, і по шляху той самий ворон перетворюється в Аніу - мати Балто.
Мультфільм закінчується моментом, коли Балто прощається з Аніу.
ролі озвучували
- Моріс Ламарш - Балто (дублює Данило Ельдаров)
- Моні Валтон - Аніу
- Джоді Бенсон - Дженна (дублює Наталія Казначеєва)
- Лейсі Чеберт - Алу (дублює Ольга Шорохова)
- Девід Керрадайн - Нава (дублює Віталій Петров)
- Марк Хемілл - Нідж (дублює Михайло Тихонов)
- Чарльз Флейшер - Борис (дублює Михайло Тихонов)
- Пітер Макнікол - Муру (дублює Михайло Тихонов)
- Роб Полсен - Тер'єр, Сумак і один з росомах (Сумак дублює Михайло Тихонов)
- Кевін Щон - Мак, Лак і один з росомах
- Джо Аласкі - Нук і Мисливець (дублює Віталій Петров)
- Мері Бергман Незважаючи на те, що Мері Бергман вказана на IMDB в даних ролях, її участь в мультфільмі видається сумнівним, оскільки актриса померла за два з чвертю року до виходу мультфільму - Лиса і одна з росомах (дублює Ольга Шорохова)
- Джефф Беннетт - Як (дублює Данило Ельдаров)
Режисер російського дубляжу - Ірина Стекольнікова.