Нормальна мікрофлора пригнічує ріст багатьох потенційно патогенних мікроорганізмів і грибів внаслідок конкуренції за необхідні поживні речовини або вироблення таких з'єднань, як коліціни або кислоти
Найпростіший шлях уникнути інфікування - це запобігти проникнення збудника в організм. Головним бар'єром проти інфекцій є шкіра. яка, будучи неушкодженою, непроникна для більшості інфекційних речовин. Коли цілісність шкірного покриву порушена (наприклад, при опіках), інфекція стає головною проблемою. Крім того, більшість бактерій не здатна довго існувати на поверхні шкіри внаслідок прямого згубного впливу молочної кислоти і жирних кислот, що містяться в поті і секреті сальних залоз і що обумовлюють низьке значення рН. Виняток становить золотистий стафілокок (Staphylococcusaureus), часто інфікує відносно вразливі волосяні фолікули і залози.
Слиз, що виділяється стінками внутрішніх органів. діє як захисний бар'єр, що перешкоджає прикріплення бактерій до епітеліальних клітин. Інфекції, захоплені слизом, видаляються механічним шляхом - за рахунок руху війок епітелію, з кашлем і чханням. Вимиває дію сліз, слини і сечі також є механічним бар'єром, що його захисту поверхні епітелію від інфекцій. Бактерицидні компоненти містяться в багатьох рідинах, секретується організмом (кислота в шлунковому соку; спермін і цинк в спермі; лактопероксидаза в молоці; лізоцим в сльозах, носових виділеннях і слині).
Мікробний антагонізм. пов'язаний з нормальної бактеріальної флорою людини, є абсолютно іншим за механізмом дії бар'єром проти інфекцій. Нормальна мікрофлора пригнічує ріст багатьох потенційно патогенних мікроорганізмів і грибів внаслідок конкуренції за необхідні поживні речовини або вироблення таких з'єднань, як коліціни або кислоти.
Наприклад, патогенна флора піхви пригнічується молочною кислотою, яка виробляється одним з видів бактерій-комменсалов. Ці бактерії метаболізують глікоген, що секретується клітинами вагінального епітелію. Якщо захисні комменсали пошкоджені антибіотиками, то чутливість до можливого інфікування Candida і Clostridium difficile зростає. Якщо ж інфекція все-таки проникла в організм, то в дію вступають два способи захисту - руйнування розчинними хімічними факторами типу бактерицидних ферментів і фагоцитоз ( «поїдання» клітинами).