Конструкція 7,62 x 43 мм патрона СП-16 подібна до патроном 7,62 x 40 мм СП-4, але гільза СП-16 має темно-зелену форму зі збільшеним об'ємом і більш потужним пороховим зарядом, за рахунок чого швидкість кулі зросла до 300 м / с. Сталева циліндрична куля нового патрона СП-16 виконана з перебувають в її передній частині окремим провідним паском, а носова частина має форму зубила.
Завдяки такій формі досягається підвищений пробивну дію по СІБ і легким перешкодам. Згідно з інформацією виробника, куля патрона СП-16 здатна пробити бронежилет 2 класу по ГОСТ на дистанції до 25 метрів. При стрільбі з ПСС-2 по незахищеним цілям ефективна дальність ураження становить 50 метрів.
Конструкція безшумного пістолета ПСС-2, що базується на автоматиці з вільним затвором, від пістолета ПСС відрізняється мінімально. Ударно-спусковий механізм ПСС-2 самовзводний, куркового типу, зроблений на базі конструкції УСМ 9-мм пістолета СР-1М. Керовані вручну Прапорцевим запобіжники в конструкції пістолета ПСС-2 відсутні. Безпека в поводженні зі зброєю забезпечують автоматичний рукояточним запобіжник і автоматичний запобіжник на спусковому гачку.
Прицільні пристосування не регульовані. На рамці знаходиться напрямна по типу Пикатинни для кріплення додаткових пристосувань, таких як тактичний ліхтар або лазерний целеуказатель. Форма накладок рукоятки подібна до рукояткою СР-1М. Харчування ПСС-2 патронами проводиться з коробчастих відокремлених магазинів на 6 патронів з однорядним їх розташуванням.
В цілому, безшумний пістолет ПСС-2 є вкрай вузькоспеціалізованим зброєю, основним мінусом якого є використання спеціально розроблених тільки для нього боєприпасів. Якщо власник пістолета під патрон 9х19, оснащеного глушником, і використовує для безшумної стрільби дозвукові патрони з важкими кулями, може при необхідності стріляти і будь-якими іншими патронами даного калібру, які можна знайти в будь-якій частині світу, то власник ПСС або ПСС-2 змушений обходитися виключно запасом спеціальних «рідних» боєприпасів.