В ході суперечки з Воландом Берліоз відкидає всі існуючі докази буття Божого. Голова МАССОЛИТа вважає, що «жодне з цих доказів дуже легко, і людство давно здало в архів. Адже погодьтеся, що в області розуму ніякого докази існування бога не може ». Воланд, в свою чергу, явив йому своє підтвердження існування вищої сили: він передбачив смерть Берліоза.
Для створення ершалаимских сцен Булгаков широко використовував відомості, що повідомляються як канонічними Євангеліями, так і апокрифами. З останніх найбільше значення в роботі над романом мало євангеліє від Никодима.
Ієшуа Га-Ноцрі, як неодноразово підкреслює письменник, це людина, а не Син Божий. Він не здійснює чудес, відображених в Євангеліях, і з ним самим не відбувається чуда Воскресіння.
Понтій Пилат - істинний римлянин, людина дії. Він не приймає релігії іудеїв, але з підозрою ставиться і до проповіді Ієшуа. У «Майстрі і Маргариті» Пилат уподібнений першим послідовникам нової релігії. Замишляє їм вбивство Іуди з Кір'ят - поки що перший і єдиний наслідок проповіді добра Ієшуа. Але смерть Іуди не знімає тягаря з совісті прокуратора. Ієшуа Га-Ноцрі мав рацію. Полегшити душу Пілата може не нове вбивство, а глибоке каяття в сталася через нього страти невинного.
Пилат, Ієшуа та інші персонажі Булгакова мислять і діють як люди античності, але в той же час нагадують сучасників письменника, бо вони цілком близькі і зрозумілі читачам XX століття.
Питання віри в «Майстрі і Маргариті» ставиться Булгакова не містично. Він, без сумніву, переконаний в існуванні Ієшуа як історичної особистості. І, без сумніву, він вірить в те, що є якась сила, яка стоїть вище людей і яка є носієм абсолютної Любові, абсолютного Добра і абсолютної Істини.