Найважливішим завданням систематичної зоогеографии є характеристика регіонів суші і океану за складом їх фаун.
Досвід останніх років показує, що створення єдиної системи фауністичних регіонів (зоохоронов) суші або океану принципово можливо, так як існують загальні закономірності поширення тварин одного біоцикла. Тому така система буде відображати найбільш вдале середнє з усіх різноманітних поєднань поширення різних тварин.
При зоогеографічному районировании можуть бути два підходи:
- фауногенетіческій,
- ландшафтно-зональний (зонально-кліматичний).
Перший. заснований на детальному дослідженні ареалів видів і фауністичних комплексів і на з'ясуванні історично обумовлених відмінностей між фаунами. Головну роль при виділенні зоохоронов грають види з вузькими ареалами, т. Е. Ендеміки і релікти. Саме вони підкреслюють самобутність і старовину певної фауни.
Фауногенетіческіе регіони на якихось дільницях можуть збігатися з ландшафтними зонами або подзонами. Прикладом такого збігу є арктична фауна Євразії або навіть Голарктіки. Тут загальна Арктична область (або підобласть) як фауногенетіческій виділ збігається з зонально-кліматичних виділом - полярними районами тундри.
При зоогеографічному районировании стоїть завдання:
- відобразити подібність і відмінності порівнюваних фаун,
- оцінити їх в кількісних показниках,
- визначити, де проходять межі між територіями, зайнятими різними фаунами.
До недавнього часу ця задача вирішувалася шляхом підрахунку сімейств, родів і видів тварин. що мешкають в досліджуваних країнах, і об'єднання в область або подобласть тих країн, де зустрічається найбільша кількість загальних сімейств, родів і видів. Однак при цьому важко уникнути суб'єктивності, оскільки можуть порівнюватися різні за площею території, вибиратися для порівняння різні за ступенем вивченості групи тварин і т.д
Більшість зоогеографія вважає, що при виділенні зоохоронов (регіонів) високого рангу, наприклад, царств, подцарств і областей, потрібно обов'язково враховувати історичний фактор (головні етапи еволюції фаун), інакше не можуть бути зрозумілі шляхи їх становлення. На противагу цьому виділення округів і районів вимагає в основному обліку ландшафтно-зональних особливостей території.
Важливим моментом є обмеження території зоохорона. Якщо ця територія являє собою острів або окремий високогірний ділянку ( «острів на суші», за висловом Уоллеса), т. Е. Чіткий ізолят, то проблема виділення територіальних одиниць вирішується просто. В інших же випадках необхідні спеціальні підходи.
Для обмеження території зоохоронов використовується і так званий метод сінперат. Він полягає в тому, що на карту лінійним способом наносяться межі ареалів можливо більшого числа видів або пологів. Багато кордону співпадуть або виявляться близько один до одного. Смуги збігу або зближення (так звані згущення меж ареалів) іменують сінператамі. Вони і є межами виділів. Як правило, сінперати збігаються з різного роду перешкодами до розселення видів.
З цією ж метою широко застосовується і набагато більш формальний метод. на карту накладають сітку квадратів з довжиною сторони, відповідної 50 або 100 км, або осередки широтно-меридіональної мережі зі стороною в 5 або 10 °. Розмір квадратів залежить від того, наскільки повно вивчений видовий склад фауни, ареали входять до неї видів, а також від міри деталізації плану районування, т. Е. Від завдання, що стоїть перед дослідником. Вона може зводитися до виділення підобластей, провінцій або ж ділянок.
Що стосується списків таксонів (сімейств, родів і видів), які використовуються для районування, вони повинні бути підтверджені фактичними знахідками, а лінійні кордону ареалів повинні відображати межі дійсного поширення таксонів, а не бути екстраполяцією. Певного центру еволюції фауни відповідає зоогеографічна область і тим більше царство. І. І. Пузанов (1949) вважає, що і при встановленні підобластей вирішальним критерієм повинен бути не тип сучасного розподілу біоценозів, який залежить від сучасних кліматичних особливостей, а історія фауни, т. Е. Її приналежність до того чи іншого центру еволюції.
При виділенні ж провінцій і районів. які важко зрозуміти історично, головним критерієм може бути статистика видів. т. е. розподіл їх за кліматичними зонами і ландшафтам
Ще одне важливе питання стосується реальності кордонів між зоохоронамі. Практично різкі лінійні кордону між зоогеографічними областями або провінціями зустрічаються рідко. Однак набагато частіше кордону зоохоронов представляють собою перехідні смуги різної ширини. Класичним прикладом такої смуги є так звана Уоллес - прикордонний з Австралією район південно-східній Азії, де здійснюється перехід від азіатської до австралійської фауни.