У 40-их роках 17 століття, церква починає втрачати тільки, що було, знайдену самостійність. Духовенство обмежується в економічних і політичних правах, в житті держави. Соборне Укладення кілька скоротило привілеї церкви. Нові церковні реформи полягали в тому, що церкви заборонялося набувати нові землі, управління справами церкви же передавалося спеціальним монастирським наказом.
Церковна реформа патріарха Никона викликала обурення частини духовенства і світської знаті. Противником церковних реформ Никона, став протопоп Аввакум. Виступи Авакума і його прихильників поклало початок такому явищу як старообрядництво.
Конфлікт між прихильниками реформ патріарха Никона (прихильники грецького обряду) і старообрядцями, обумовлював, насамперед, розбіжності в перстосложеніі. Великороси (росіяни) хрестилися двома пальцями, а греки трьома. Ці відмінності призвели до спору про історичну правоту. Суперечка звівся до того, що, чи є російський церковний обряд - двоперстя, осьміконечний хрест, богослужіння на семи просфорах, суто «алілуя», ходіння посолонь, тобто за сонцем, при здійсненні обрядів, результатом неосвічених спотворень в історії чи ні.
Є достовірні відомості, що при хрещенні Русі, князем Володимиром Красне Сонечко. російські хрестилися двома перстами. Так робили і на Русі, до церковної реформи патріарха Никона. В епоху християнізації Русі, в Візантії використовувалися два статуту Єрусалимський і Студийский. Справа в тому, що в обрядовому відношенні ці статути суперечливі. Східні слов'яни використовували перший, а у греків і малоросів (українців) взяв гору другий.
На довгий час в російській православному суспільстві стався конфлікт. Розкол обернувся гоніннями на старообрядців і великими втратами для нашого суспільства. Серед старообрядців було чимало гідних людей, купців, діячів культури і меценатів.