З 1978 по 1979 в тій же області Юрій Якович Чайка служив заступником Тулунского міжрайонного прокурора. Тут йому довелося здійснювати нагляд на найбільш важкій ділянці - за місцями позбавлення волі (в'язницею, колонією, слідчим ізолятором), а також за органами міліції. У 1979 він очолив Тайшетського транспортну прокуратуру, а в 1983 - слідчий відділ Східно-Сибірської транспортної прокуратури. На наступний рік Прокуратура СРСР рекомендувала Ю. Я. Чайку на посаду начальника відділу з нагляду за виконанням законів на транспорті прокуратури Узбецької РСР. Але доля розпорядилася інакше. В цей же час йому надійшла пропозиція зайняти посаду інструктора відділу адміністративних органів Іркутського обкому КПРС. Відмовлятися від партійної роботи тоді було ризиковано. Однак з 1986 він знову на службі в органах прокуратури в якості першого заступника прокурора Іркутської області - начальника слідчого відділу. Через нетривалий час очолив державно-правовий відділ Іркутського обкому КПРС.
Юрій Якович так пише про обраний ним життєвий шлях: «Усі минулі роки зміцнювали мене в усвідомленні, що немає краще професії, ніж прокурорський працівник, ніж юрист. Час летить швидко. Ось уже третій рік, як я працюю на посаді міністра юстиції Російської Федерації. Дуже багатогранна діяльність, вагома. Адже в системі юстиції працює сьогодні понад 500 тисяч осіб. Одних тільки напрямків діяльності налічується близько 70, і з кожним роком їх все додається.
Сьогодні можу сказати ствердно - ставлення до органів юстиції стало зовсім інше, зовсім інші кадри працюють у нас. До нас прийшло і чимало прокурорських працівників, які займають найвідповідальніші пости. І не випадково. Прокуратуру завжди відрізняло те, що люди, в ній працюють, в більшості своїй віддані справі, глибоко порядні і відповідальні, професіонали найвищого класу. Скажу більше, для мене, міністра юстиції, прокурорські працівники є надійною опорою і підтримкою. Прокуратура завжди була великою життєвою і професійною школою. І перш за все, школою любові в Батьківщині, любові до свого нелегкій справі ».