У грі було реалізовано безліч нововведень у порівнянні з попередніми іграми серії:
- напарник, керований комп'ютерним інтелектом;
- вибір головного героя з чотирьох персонажів, які відрізнялися набором зброї, висотою стрибка і швидкістю бігу;
- зміна зброї відбувається шляхом накопичення бонусів;
- з'явилися самонавідні ракети;
- інтерактивне оточення: окремі прилади, ящики і деякі предмети можна знищити;
- вплив атмосферних явищ: вітер зносить в сторону персонажа, що біжить по крилу літака.
Штурмовик. Є лідером команди.
HG - Hand Grenade - ручна граната: дуже корисна річ якщо ворог ховається за огорожею.
MG - Machine Gun - кулемет: по функціональності подібний зброї M з Contra.
R - Rifle - гвинтівка: той же, що і пістолет, тільки стріляє далі (постріл пістолета летить приблизно третину екрану).
HM - Homing Missile - самонавідна ракета: направляє ракету на найближчого ворога. З мінусів потрібно відзначити можливість збити ракету і погану точність польоту.
Спеціаліст по важкому зброї.
FT - flame thrower - вогнемет: дальність дуже низька, приблизно в два зростання гравця, але зате можна вбивати ворогів крізь стіни.
B - bazooka - реактивний протитанковий гранатомет: наймогутніша зброя в грі.
Спеціаліст з мінування.
TB - thermite bomb - термітна бомба: на вибух дається 2-3 секунди. Вибух малого радіусу.
TM - Time mine - міна: теж що і TB, тільки вибухає відразу і радіус більше.
Слід зазначити, що зброя не єдина риса, що розділяє героїв, другий досить важливою характеристикою є дальність стрибка. У Бернса вона найбільша, у Бінса - поменше і практично дорівнює довжині стрибка Сміта, а ось Айрон дуже неповороткий в зв'язку з чим подолання навіть невеликих обривів стає для нього не простим завданням.
TI - Посилення пострілу.
RA - Непереможний стрибок: Коли персонаж стрибає, він невразливий.
Неофіційні версії гри
Також існує гра Super Contra 6. Це піратський хак Contra Force. Список відмінностей - імена головних героїв, змінений титульний екран, трохи змінена зовнішність персонажів (вони більш схожі на персонажа оригінальної Contra), кількість життів піднято до 8-ми.
Існують і майже немодифіковані піратські версії гри: на титульному екрані стерті авторські права і збільшено стартове кількість життів. Відомі під різними назвами, наприклад Super Contra 3, Super Contra 4.