Головним органом дихання риб є зябра. У хрящових риб зяброві щілини мають перегородки, завдяки яким зябра відкриваються назовні окремими отворами. Таке легко помітити на прикладі акул або скатів. На передній і задній стінках цих перегородок знаходяться зяброві пелюстки. які покриті густою мережею кровоносних судин.
Костисті риби. на відміну від хрящових, мають рухливі кісткові зяброві кришки, а міжзяброві перегородки у них скорочені. Зяброві пелюстки у таких риб знаходяться попарно на зябрових дугах.
Газообмін в процесі дихання відбувається за участю кровоносних судин на зябрових пелюстках. Крім вуглекислого газу, назовні через зябра можуть виділятися також інші продукти метаболізму, наприклад, аміак і сечовина. Також зябра беруть участь в сольовому і водному обміні. У Дводишні риб додатковим органом дихання служить плавальний міхур. Він виконує функції легкого.
Плавальний міхур - це орган, який є майже у всіх видів риб, він формується ще на стадії ембріонального розвитку і знаходиться в спинний частини тіла риби. Залежно від особливостей міхура існую откритопузирних види риб (міхур все життя пов'язаний з горлом) і закритопузирние види риб (зв'язок міхура з горлом в процесі розвитку втрачається). Головна функція плавального міхура - гідростатична. За допомогою міхура риба може регулювати свою питому вагу, а також глибину занурення.