Джонатан пішов на багато чого, щоб захистити секрет свого сина. в тому числі майже вбивство репортера, який збирався виставити секрет Кларка всьому світу, і зробити операцію з Джор-Елом, що в кінцевому рахунку коштувало йому його власного життя.
Серце Джонатана було напруженим, коли він був пройнятий з усіма силами Кларка. Він вирішив балотуватися на місце в сенаті штаті Канзас проти Лекса Лютора. Джонатан отримав сенаторського місця, але після сварки з Лайонелом Лютора, якого він вважав, що намагалися використовувати здібності Кларка тоді він переніс серцевий напад і помер.
Він був похований в Смолвільской кладовищі поряд з фермою своєї сім'ї. Деякий час по тому дух Джонатана відвідував Кларка і навіть був присутній на його весіллі. Дух Джонатана пізніше з'явився в Фортеці Самотності, щоб представити Кларку його костюм Супермена. нагадуючи своєму синові ніколи не забувати про Смолвіль.
Джонатан був фермером, все своє життя; в результаті, він був сильним до трудової етики і дуже високих моральних цінностей. Він вірив, що люди повинні бути чесними, етичними як і він сам, чесними і щирими. Джонатан був близький до свого батька, але в підсумку вирішив залишитися в Смолвілі бо він знав, що його батько мав потребу в ньому, щоб допомогти керувати фермою. Він став обурюватися на свого батька, і до того часу, коли Хірам помер, у Джонатана було багато речей, які він повинен був сказати і все своє життя жив в жаль з приводу розпаду їх відносин.
Джонатан був твердим, але турботливим батьком. Він був надзвичайно впливовим в допомоги Кларка пристосуватися до його здібностям і справлятися з іншими. Джонатан був суворий з Кларком, з високими очікуваннями і довіряючи йому, щоб приймати зважені і відповідальні рішення, але і тому, що Кларк, поводився добре вихованим і слухняним, у них все ще були дуже близькі стосунки. Кларк високо цінував Джонатана і часто говорив йому, що він хотів бути таким, як він. Він завжди вважав Джонатана своїм «справжнім батьком» і пережив велике занепокоєння через його Кріптонского спадщини і долі, але Джонатан завжди запевняв Кларка, щоб він був відповідальним за своє власне майбутнє, і закликав Кларка вибрати свій власний шлях. Джонатан був готовий пожертвувати майже все, щоб захистити свою сім'ю, включаючи ціною власного здоров'я.