Дацан заснований в 1811 році в місцевості Булактуй, навпаки гори Уліртуй на лівобережжі річки Аги. Перший кам'яний Цогчен-Дуган зводився російськими мулярами і теслями, до цього будували Анінскій дацан. Загальна конструкція одноглавої православної церкви була пристосована під буддійський храм.
Після закінчення будівництва в 1816 році Агинського буряти запросили на освячення Цогчен -дуга Рінчін-ламу - шіреете (настоятеля) Дирестуйского дацану «Лхундуб Дечінлінг» (нині в Джидинском районі Бурятії). Освячений дацан отримав назву на честь Дирестуйского - «Дечен Лхундублінг».
Божествами-хранителями Агинского дацану стали Джамсаран і Лхамо. Спочатку монастир складався з Цогчен -дуга і чотирьох аймачних суме. Чойр (Дара-Ехе, побудований в 1811 році), Дуйнхор (1811), Манлия (1816) і Гунріг (1816).
Поява перших лам в Агинський степ відноситься до кінця XVIII століття, коли з Анінского дацану, заснованого в 1795 годe, сюди откочевали представники восьми Хорінськ пологів. У документі 1875 року «Розподіл парафій 34 дацанов Східного Сибіру» були визначені кордони Агинского дацану.
Архітектура першого будівлі дацану, вибудуваного за допомогою російських платників, відрізнялася впливом традицій російського церковного зодчества. Лише у другій половині XIX століття в бурятських улусах виникло своє будівельне ремесло. Серед бурятських храмів строго тибетського зразка не було - вони поєднували окремі елементи тибетських, китайських і російських конструкцій. Східний вигляд створювався імітацією особливостей конструкції даху, карнизів і фриза.
На закінчення сход прихожан звернувся з проханням відрядити в Агу архітектора для проектування плану дацану. Відряджений архітектор виконав замовлення через півтора року.
Рішення про зведення Цогчен -дуга було прийнято в 1881 році за ініціативою тайши Жалсарая Зоріктуева, шереете YOнзон-лами (Д.-Ж. Данжінов), засідателя Тарб Моодоева, Цугольскій лам Шойбона і Церенжаба, засідателя Дари Очирова. Для збору пожертвувань були послані лами за різними дацанах Хорінськ і кіжінгінскіх бурять [2] З Оронгоя запросили так само майстри Цежева, який прибув восени 1881 року зі десятьма підмайстрами.
У 1884 році при Агинском дацане був відкритий медичний факультет, засновниками якого стали брати Данжінови, Лубсан-Доржи і Рінчін-Самбу [3].
В результаті будівництва, загальна кількість храмів досягло 13. У богослужіннях брали участь до 700 лам, починаючи від шеерете і закінчуючи нештатним гелонгов. Крім того, в комплекс дацану входили 4 аймачних суме, спочатку розташовувалися всередині загальної монастирської огорожі, а з кінця XIX століття за її межами. На відміну від культових будівель, що призначалися для віруючих всього приходу, аймачние суме мали статус «приватних» храмів певного району - «парафіяльного аймака».
В кінці XIX століття дацан був відомий далеко за межами Забайкалля своєї медичної, філософської і астрологічної школами. Славилася його друкарня (Барай-суме), в якій зберігалося понад 40 тисяч ксилографических дощок з тибетськими і монгольськими текстами, а також дерев'яні кліше з малюнками для книг і культовими зображеннями. Це дозволило монастирю видати основні підручники для дацанскіх шкіл: Цанід. Мамба. Чжуд і Дуйнхор. тоді як інші Дацан Забайкалля мали матриці навчальної літератури тільки для шкіл Цанід і Мамба. Тут також видавалися азбука, посібники з граматики та тибетської-монгольські словники, ритуальні тексти побутової обрядовості на тибетському і монгольською мовами для лам і мирян, популярна література на монгольській мові для буддійського освіти і виховання парафіян.
У 1897 році, судячи з архівних джерел, в дацане був проведений ремонт залізного даху. У 1915 році оновлювалися кутові і дерев'яні прикраси, а на наступний рік лами і парафіяни зробили додатковий внесок в 7000 рублів на ремонт дацану і будівництво огорожі навколо нього.
