Ферапонтів-Білозерський монастир був заснований преподобним Ферапонтом в 1398 р Розташований в 18 км від м Кирилова, між озерами Паско і Бородаївські. Являє собою унікальний пам'ятник історії, архітектури та стінопису XIV-XX ст. дійшов до наших днів у архітектурному комплексі XV-XVII ст. Протягом 400 років був чоловічим монастирем, в 1798 році його скасували, після чого в XIX в. він став приходом Ферапонтовского волості. У 1904 р чернече життя в стінах обителі відновилася. Жіночий монастир проіснував до 1925 р Після вигнання насельниць богослужіння ще відбувалися до 1935 р потім монастир увійшов до складу Кирилівського краєзнавчого музею. У 1974 р був відкритий Музей фресок Діонісія. З 1989 р відновилися богослужіння Ферапонтовского приходу.
Розквіт господарської діяльності монастиря припав на час царювання Василя II Темного, Василя III і його сина Івана Грозного, які, побувавши в монастирі на прощу, щедро давали вклади начинням, землями, грошима, пільгами. У XVII і XVIII ст. для монастиря настала епоха лих: траплялися пожежі та розграбування. Початок цьому поклали польсько-литовські "злодійські люди" в 1612-1616 рр. Після невдалої облоги Кирило-Білозерського монастиря зграя розбійників зайнялася здирством навколишніх сіл. На завершення, за указом 1764 р були відібрані монастирські володіння. Після цього обитель стала приходити в занепад і в 1798 році була скасована.
У XVII ст. монастирю судилося стати місцем ув'язнення скинутого Патріарха Никона, який відбував тут 10-річне заслання, починаючи з 1666 р Суворість ув'язнення то слабшала, то, по наклепам недругів, посилювалася. У 1676 р після смерті царя Олексія Михайловича ворогам Никона вдалося наполягти на переведення його в Кирилов монастир, де старий і хворий Патріарх провів останні 5 років свого життя в тяжкому ув'язненні. Він був звільнений за наполяганням свого хрещеника - царя Федора Олексійовича, але по дорозі в Воскресенський Ново-Єрусалимський монастир помер під Ярославлем. Крім Патріарха Никона засланцями монастиря в різні періоди були митрополит Литовський і Київський Спиридон-Сава, а також святитель Арсеній Мацеевич митрополит Ростовський, розправа над яким відбулася з волі Імператриці Катерини II.
З відновленням на початку XX ст. чернечого життя до Ферапонтова монастиря було привернуто увагу Імператорської Археологічної комісії, після чого почалися реставраційні роботи під керівництвом академіка архітектури П.П.Покришкіна. Церковна старовина в монастирі була повністю збережена. Вперше в країні проводилися широкомасштабні роботи з усього комплексу будівель. Під все церкви та палати були підведені нові фундаменти, відновлені склепіння, позакомарним покриття собору Різдва Богородиці і церкви Благовіщення.
Архітектура монастиря унікальна за своєю давнину. Мабуть, це єдиний в країні комплекс стародавніх споруд дониконівського часу. При цьому, серед будівель - найдавніший кам'яний храм Російської Півночі - собор Різдва Богородиці 1490 р вся внутрішня поверхня якого має настільки ж древні фрески Діонісія 1502 г. Повна композиційна збереження розписів становить неперевершену цінність цієї пам'ятки.
Церква Благовіщення з Трапезній палатою 1530-1531 рр. була побудована на вклад царя Василя III в зв'язку з народженням спадкоємця Іоанна IV, після царського прощі в Білозір'я. Подклет Трапезній служив поварня і хлібні. Архітектура трапезній церкві незвичайна. Особливий інтерес представляє нині замурований ярус дзвонів над церквою, яка будувалася "під дзвін". Ярус має складно розташовані камери-резонатори. Після зведення дзвіниці тут знаходилося домі, де складають вела прихована сходи з вівтаря. Церква Благовіщення і собор Різдва Богородиці з'єднані кам'яними переходами через 2-й ярус дзвіниці. Казенна палата 1-й третини XVI в. потрапило до рідкісних будівлям цивільного призначення. Верхній ярус служив книгописной майстерні, сховищем скарбниці і книг, а нижній називався сушив, і ця назва перейшла на всю будівлю.
У рік 600-річчя монастиря на острові було встановлено Поклінний хрест.
Історико-художні достоїнства кам'яної архітектури монастиря високо оцінювалися ще в кінці ХІХ століття. До складу споруд входять:
2. Церква Благовіщення з Трапезній палатою. 1530-1531 рр. Побудовано на царський внесок Василя III в честь народження довгоочікуваного спадкоємця Іоанна IV, після богомольної поїздки царського подружжя по Білозерським монастирям. У подклете трапезній була поварня, звідти по продухами, влаштованим в товщі стін надходив у другий ярус тепле повітря для обігріву. У підкліть церкви Благовіщення була жертва. Церква має ярус дзвонів, який був закладений після будівлі дзвіниці. Там же є два невеликих приміщення, де зберігався архів монастиря (хід на верхній ярус з церкви по внутрішніх сходах).
4. Святі врата. 1649 р Над воротами (великими і малими). Надбрамні церкви: Богоявлення з боковим вівтарем в ім'я преподобного Ферапонта. Церкви повністю зберегли свою первинну архітектуру, включаючи кам'яні престоли плитковий підлогу, дерев'яні пристінні жертовники, гірські місця, дубові зв'язку, віконні прорізи, дві частини колишнього тябловий іконостасу (один писаний). Збереглася іконостасний рама пізня, з імітацією позолоти і різьблення з погано збереглася ліпниною. Деісусний ряд під записом, реставрована одна ікона - "Спас в силах" ХVII ст. Царські врата різьблені. У місцевому ряду - шанований образ Богоматері "Скоропослушниця", переміщений з церкви Благовіщення (запрестольний образ). Ікона написана на Святій горі Афонській в російській Пантелеймонівському монастирі в 1911 р в благословення відновленої жіночої обителі. Основна частина місцевого ряду написана сучасними іконописцями за зразками давніх ікон. Ікон в прибудові в деісусний ряду немає, в місцевому - дві.
До Святих воріт примикає сторожка. Верхній її поверх має загальні двері з церквою Богоявлення і є її ризницею. За усним переказом, це приміщення було у свій час келією опального патріарха Никона. Нижній поверх використовується як приміщення для позавідомчої охорони і музейних доглядачів. У надбрамні церкви ведуть сходи з південного боку, що примикає до Казенної палаті. Сходи перероблена на початку ХХ століття.
5. Казенна палата. 1530-і рр. Рідкісне будівлю некультового архітектури. Внутристенной кам'яні сходи в товщі західної стіни. 1-й поверх був сушив, на 2-му була кнігопісная майстерня. Музеєм використовується як фондове приміщення і бібліотека, на 1-му поверсі виставкове приміщення.
6. Дзвіниця кін. ХVI ст. Нижній ярус був проїзним, середній ярус пов'язаний кам'яними переходами - папертю з головними храмами - собором Різдва Богородиці і церквою Благовіщення. Галерея відноситься до XII ст. крита покрівлею пізніше. Ярус дзвонів відкритий з чотирьох сторін. Набір дзвонів 17. 11 з яких сучасного лиття, виготовлені в Воронежі на кошти Фонду культури. У наметі дзвіниці є старовинні баштові годинники. Реставрація їх не завершена.
7. Кам'яна огорожа з невеликими кутовими вежами. ХIХ і ХХ ст. До ХІХ ст. огорожа була дерев'яною, фортечних мурів ніколи не мала. Від кам'яного муру ХІХ ст. збереглася тільки південна сторона, інша частина була добудована реставраційними силами музею в 1980-і роки. У північно-західній частині огорожі споруджені Водяні ворота (новодел, досить невдало, оскільки не несе ніякої логічної навантаження, декоративний).
Келійні і господарські будівлі монастиря не збереглися, вони були дерев'яними. Для жіночої обителі в нач. ХХ ст. були збудовані три великих двоповерхові корпуси, один з них - ігуменський - прилягав до північній прибудові Святих воріт. Два інших перебували на північній стороні, за храмами, там же була їдальня і господарські пристосування. Крім корпусів на території монастиря було кілька будівель на схилі перед монастирем: готель для паломників з чайної, обори (від них збереглася кам'яна споруда, де жили скотарок) поблизу Бородаївські озера, а також дерев'яна школа для дівчаток, побудована в 1909 р на кошти монастиря і яка містилася за рахунок обителі (знаходиться на південному схилі під монастирем; зараз там живуть дві сім'ї працівників музею).
За північній огорожею уздовж дороги стояли будинки священнослужителів монастиря монастиря. Ця частина Ферапонтовского Слободи називалася Поповка. Будинки відійшли до школи після закриття монастиря і вигнання сімей священиків.
З відхиленого Міністерством Культури проекту спільного використання будівель музеєм і чернецтвом.