У структуру лікарні входить стаціонар на 954 ліжка з 33 ліжками реанімації та інтенсивної терапії, 40 ліжок стаціонару денного перебування, що складається з 28 клінічних і 7 допоміжних відділень і служб, а також консультативно-діагностичний центр для амбулаторних пацієнтів.
Ряд підрозділів забезпечує допомогою не тільки дітей міста Москви, а й багатьох регіонів Росії. Це нейроонкологія та онкогематологія (єдині в системі дитячих міських лікарень), ургентна ендокринологія (постійно працює гаряча лінія з дитячої ендокринології), офтальмологія-мікрохірургія ока (єдиний цілодобовий очної дитячий травмпункт в Москві).
В Морозовський лікарні цілодобово чергує бригада лікарів-фахівців в складі: педіатри, хірург, нейрохірург, травматолог-ортопед, невролог, офтальмолог - фахівець з мікрохірургії ока, оториноларинголог, ендокринолог, онкогематолог, реаніматологи.
Морозівський лікарня - один з основних швидкодопомогових стаціонарів міста. Щодня в лікарню надходить приблизно 200 звернень. З них приблизно 130-140 дітей госпіталізується.
Серед співробітників лікарні - 76 є кандидатами медичних наук, 17 - докторами медичних наук, 6 - професорами, 4 - членами-кореспондентами РАМН, 4 - заслуженими лікарями РФ.