Вірус гепатиту "С" (HCV) являє собою невеликий вірус, покритий ліпідної оболонкою, яка містить одноцепочечную РНК. HCV відноситься до флавивирусов, роду сімейства тогавирусов. Між 5 'і 3' термінальними ділянками генома вірусу розташовуються структурні і неструктурні гени. Структурні гени (С - core, Е1, Е2) кодують ядерний і оболонкові глікопротеїди, в той час як неструктурні гени (NS2, NS3, NS4, NS5) - ферменти, що беруть участь в реплікації вірусу. Усередині генома є варіабельні і гіперваріабельні ділянки, і в залежності від їх будови виділяють принаймні 6 різних генотипів HCV (можливо, їх 12 або більше). Генотипи вірусу, мабуть, розрізняються по імуногенності, географічним розподілом і, ймовірно, впливають на перебіг HCV-інфекції та результати лікування. Варіабельність генома також може знижувати чутливість наявних діагностикумів для тестування донорської крові та ускладнювати розробку вакцин проти вірусу. (В даний час всі зусилля спрямовані на розробку вакцин на основі core регіону, що є відносно стабільним ділянкою у всіх генотипів). Різні генотипи можуть виявлятися протягом інфекції у одного і того ж хворого. Виходячи з цього було припущено, що наявність більш варіабельних ділянок геному може відображати стратегію ускользания вірусу від механізмів захисту господаря. На думку інших дослідників, даний феномен не має значення для реплікації вірусу.
Після того як в 70-х роках ХХ століття були виділені збудники гепатитів "А" і "В", стало очевидним існування ще декількох вірусних гепатитів, які стали називати гепатитами ні "А", ні "В". У 1989 р вдалося ідентифікувати збудник гепатиту ні А, ні В з парентеральним (через кров) механізмом передачі. Його назвали вірусом гепатиту "С" (ВГС).
Але повернемося до ще однієї важливої особливості ВГС. Вона полягає в здатності вірусу існувати в людині у вигляді набору близькоспоріднених, але не зовсім ідентичних вірусних частинок, званих квазівидів. Серед вірусів така здатність зустрічається рідко. У кожному квазівідовом наборі є головний, переважаючий варіант, який частіше інфікує клітини, і є рідкісні вірусні варіанти. Коли імунній системі вдається знищити переважаючий вірус, один з рідкісних займає його місце. Перевага завжди отримує недоступний для існуючих антитіл варіант. Таким чином, відбувається своєрідне змагання між ВГС, який прагне створити багато різних варіантів, і імунною системою, яка знищує доступні варіанти, сприяючи поширенню менш доступних. Резюмуючи можна сказати, що швидка мінливість деяких білків ВГС і його квазівідовая природа грають важливу роль в розвитку хронічного гепатиту С. Однак імунна система може, хоча і рідко. знищити вірус. Відомо, що близько 15% хворих на гострий гепатит С одужують. На жаль, немає чітких уявлень про особливості імунної відповіді видужуючих людей. Але строго доведено, що ослаблення імунної системи супутніми захворюваннями або нездоровим способом життя, сприяє розвитку хронічного гепатиту "С".
ВГС інактивується при температурі + 60 ° С - протягом 30 хвилин, а при 100 ° С - за 2 хвилини.
Вивчаючи РНК вірусу, виділеного від різних хворих у різних країнах, вчені прийшли до необхідності класифікувати (поділити) ВГС на 6 генотипів і кілька десятків субтипов. Генотипи позначають арабськими цифрами, а субтипу латинськими буквами. Субтипу розрізняються по чутливості до лікування інтерфероном, по віремії (зміст вірусу в крові), по географічному поширенню.
При генотипуванні ВГС, проведеному в різних регіонах світу, встановлено, що найбільшого поширення мають генотипи Ia, Ib, 2a, 2b і За. Вони домінують в Європі, Північній Америці, Азії та Океанії. В Європейських країнах генотип Ib становить - 50-91% (Німеччина-59%, Бельгія-65%, Угорщина-84%, Італія (Сицилія) -91%), а генотип Ia-не більше 40% (Німеччина-32%, Данія-40%, Франція-35%). У США превалює субтип 1а, який отримав навіть позначення як "американський генотип ВГС". Частота виявлення генотипів 1а і Ib в США в середньому становить 37% і 30% відповідно. Всі інші генотіпірованние віруси представлені не більше ніж в 10%. В Японії, Тайвані, Китаї (особливо в Південному Китаї), Сінгапурі, Індонезії та Південної Кореї найбільш часто типують генотип Ib "японський генотип ВГС" (за винятком Філіппін, де частота генотипу 1а досягає-54,5%). Генотипи 2a і 2b мають більш обмежене поширення в світі, ніж генотипи 1а і Ib. і мають меншу питому вагу серед генотипів, представлених на даній території. Найбільш часто 2 генотип представлений в країнах Сходу. Генотип 3 найбільш поширений в Таїланді (до 50%), Північній Європі (у Великобританії до 25%) і Австралії. У країнах Середньої Азії, Північної і Центральної Африці широко представлений 4 генотип ВГС. Так, серед донорів носіїв ВГС в Єгипті він представлений в 30-40%. Генотип 5а часто виявляється серед хворих на хронічний гепатит в Південній Африці, а 6 генотип був ідентифікований в Гонконзі.
У Росії домінує генотип Ib. складаючи в різних регіонах Північної Євразії - 64,7%, на Далекому Сході - 80-83%, а в Центрально-Чорноземному і Волго-Вятському регіонах Росії - 50-56%. Генотип Ia найбільш часто тіпірованних в Центральному, Північно-Західному, Волго-Вятському регіонах - 11,2- 21,9%, в той час як на території Східного Сибіру, Центрально-чорноземний район і Уралі його вдається виявити вкрай рідко (до 5% ). Генотипи За, 2а і 2Ь серед осіб з наявністю ВГС в Росії також відносять до рідко виявляються (За - 5,6-18,9%, 2а і 2b - 4,7-0,5%). Генотипування ВГС має велике значення у визначенні стратегії интерферонотерапии хронічного гепатиту С і в епідеміологічних дослідженнях. Вважається, що хворі, інфіковані ВГС генотипу 1Ь, мають більш важкий перебіг інфекції і гірше відповідають на лікування препаратами інтерферону.
Непрямим показником наявності того чи іншого генотипу ВГС може служити визначення серотипу вірусу. Виявлення типоспецифічних В-клітинних епітопів, кодованих регіонами NS4a і NS4b, робить можливим проведення серотипування. Розроблено лабораторні та комерційні варіанти для серотипування ВГС методом ІФА. Фірма Мюрекс (Murex Diagnostics, Dartford, UK) представила тест для визначення серотипу ВГС з 1 по 6, використовуючи для цього пептиди, кодовані NS4 зоною РНК ВГС. На жаль, серотіпірованіе не дає можливість розмежувати субтипу ВГС (наприклад, 1а та 1b). При проведенні серотипування анти-ВГС необхідно пам'ятати, що отриманий результат може свідчити як про поточну, так і про раніше перенесеної інфекції, викликаної ВГС, без наявності у даного пацієнта вірусу.
Інформація про реплікації ВГС досі вкрай обмежена і в більшості випадків носить суперечливий характер. Це положення можна пояснити частково вкрай низькими концентраціями вірусу в організмі хворих і носіїв ВГС, а також відсутністю, до недавнього часу, доступної моделі експериментальної моделі гепатиту С. Однак дослідження, проведені в Росії (Інститут вірусології ім. Д. І. Івановського) і в інших країнах (Канада), дозволили розробити доступні експериментальні моделі "in vivo" і "in vitro".