Таксономія - наука про принципи і методи розподілу (класифікації) організмів в ієрархічному плані.
Виділяють вищі таксони - Царство, Відділ, Клас, Порядок, Сімейство, Трібо, Рід, Вид. Основний таксономической одиницею в біології є вид (species).
Вид-це еволюційно сформована сукупність мікроорганізмів, що мають спільне походження, подібний генотип і максимально близькі фенотипічні ознаки і властивості.
q Філогенетичний (для великих таксонів).
q фенотипическим. У ньому використовуються:
§ Тинкторіальні властивості - здатність забарвлюватися різними барвниками.
§ Культуральні властивості - особливості росту бактерій на рідких і щільних поживних середовищах.
§ Спорообразование - форма і характер розташування суперечки в клітці.
§ Фізіологічні властивості - тип харчування; тип дихання.
§ Біохімічні властивості - здатність ферментувати різні субстрати.
q Генотипний. В її основі лежить вивчення нуклеотидного складу ДНК і найбільш важливих характеристик геному, зокрема, його розміру (величина, обсяг, молекулярна маса) і інших параметрів. Найбільш точним методом встановлення генетичного (геномного) спорідненості між бактеріями є визначення ступеня гомології ДНК. Чим більше ідентичних генів, тим вище ступінь гомології ДНК і ближче генетична спорідненість.
q Змішаний. В основі лежить принцип зіставлення організмів по можливо більшій кількості врахованих ознак при допущенні, що всі вони для систематики рівноцінні.
Ідентифікація - встановлення їх таксономічного положення мікроорганізмів і, перш за все їх видової приналежності. Визначення видової приналежності є вирішальним моментом бактеріологічної діагностики інфекційних захворювань. Найчастіше для ідентифікації патогенних бактерій вивчають їх морфологічні, тинкторіальних, культуральні, біохімічні та антигенні властивості.
Штамом називають культуру, виділену з певного джерела, або з одного і того ж джерела в різний час. Штами позначають або протокольними номерами, або за джерелом виділення (людина, тварина, зовнішнє середовище), або по місцевості (місту), де він був виділений. Штам - більш вузьке поняття, ніж вид.
Клоном називають культуру мікроорганізму, виділену з однієї клітини (одноклітинна культура).
Чистий культура являє собою мікробні особини одного і того ж виду, вирощені з ізольованою колонії, вирощеної на твердому живильному середовищі.
Згідно бінарної (біномінальної) номенклатурі кожен мікроорганізм має назву, що складається з двох слів: перше слово означає рід і пишеться з великої літери, друге слово означає вид і пишеться з малої літери.
Класифікація патогенних прокариот по Берджи.
Згідно определителю Берги царство Procaryotae розділене на відділи, що відрізняються один від одного будовою клітинної стінки і ставленням до фарбування за способом Грама.
q Відділ I. Грам еубактеріі, що мають клітинну стінку, або Gracilicutes.
q Відділ II. Грампозитивні еубактеріі, що мають клітинну стінку, або Firmicutes.
q Відділ III. Еубактеріі, позбавлені клітинної стінки, або Tenericutes. Назві бактерій - мікоплазми.
q Відділ IV. (Архебактерії, або Mendosicutes).
Відділи визначника Берги, в свою чергу, поділяються на групи.
§ грацілікути включають 1-16-ю групи,
§ тенерікути представлені однією 30-й,
§ мендозікути - 31-39-й групами.
У складі груп виділено понад 200 пологів прокариот, розподілених за домами і підгрупах.
У «Визначнику» детального опису видів передує узагальнена характеристика трьох найбільш яскравих ознак, використовуваних для їх ідентифікації:
1) ставлення до кисню;
2) ставлення до джерел енергії і поживних речовин;
3) особливості морфології.
Принципи пристрою иммерсионного, люмінесцентного, електронного мікроскопів. Типи мікроскопічних препаратів.
Методи виявлення спірохет.
- Спірохети погано сприймають барвники. Зазвичай їх фарбують за методом Романовського-Гімза або сріблення по Морозову, а також застосовують негативний фарбування за методом Буррі; в живому вигляді їх досліджують за допомогою фазово-котрастной і темнопольной мікроскопії.
Метод Романовського-Гімза. Барвник складається з еозину, метиленового синього і Азура розчинених в суміші метанолу з гліцерином. Базофільна зернистість забарвлюється в синій колір, еозинофільна - в червоний, а нейтрофильная - в бузковий колір.
1. Приготувати мікроскопічний препарат і обробити його в рідкому фиксаторе.
2. Помістити фіксований препарат на два скляних валика в чашку Петрі вниз на дно і підливають розведений в 10-20 разів свіжоприготований барвник. Фарбування триває від 30-60 хвилин до декількох годин.
3. Мазки промивають водою і висушують на повітрі.
Таксономія і класифікація.
Царство. Fungi (Mycota)
Відділ. Eumycota (справжні гриби)
Класи. 1. Chytridiomycetes
2. Hyphochytridiomycetes (один патогенний збудник волає мікози)
3. Oomycetes (один патогенний збудник волає мікози)
4. Zygomycetes (рід Мycor, викликають мукороз)
5. Ascomycetes (сумчасті гриби, дріжджі)
6. Basidiomycetes (викликають криптококкоз, різнокольоровий лишай; шапинкових грибів, більшість їстівних грибів)
7. Deuteromycetes (багато паразити тварин, рослин і людини; пологи Candida, Aspergillius, Penicillius)
Гриби складаються з довгих тонких ниток-гіфів, які утворюють міцелій. Нижчі гриби мають гіфи без перегородок (представники классов1-4). Гіфи вищих грибів розділені на перегородки, які утворюють багатоклітинний міцелій (представники класів 5-7). Вчинені гриби розмножуються статевим і безстатевим шляхом (класи 4, 5, 6). Недосконалі гриби мають тільки безстатевий шлях розмноження (класи 1, 2, 3, 7). Безстатеве розмноження здійснюється брунькуванням або фрагментацією. Гриби, існуючі, переважно за допомогою нирки клітин, називаються дріжджовими (клас 5) і дріжджоподібними (клас 7). Також, безстатеве розмноження здійснюється за допомогою ендогенних спор (у нижчих грибів), які дозрівають в голівці-спорангії, і екзогенних суперечка - конідій.
Мікроскопічні дослідження грибів.
1.Окраска простими методами: водним фуксином або метиленовим-синім.
2. Забарвлення мазків по Граму.
3. Приготування препарату "роздавлена крапля" з ділянки міцелію з плодоносними гіфами для вивчення при світловій мікроскопії на малому і великому збільшенні.
4. Для виявлення гранул глікогену в клітці дріжджів. При приготуванні препарату "роздавлена крапля" під покривне скло вводять розчин Люголя. Глікоген забарвлюється в червоно-бурий колір.
5. При мікроскопії патогенних грибів, досліджуваний матеріал поміщають на предметне скло в краплю 10-20% лугу або спирту з гліцерином і накривають покривним склом. Досліджують через 20 хвилин.
Рикетсії - це прокаріоти, наділені рисами подібності з вірусами.
З вірусами їх ріднить:
1) абсолютний внутрішньоклітинний паразитизм;
2) неможливість культивування на штучних поживних середовищах.
Посів в «високий стовпчик».
Кисень повітря дифундує зазвичай на відстані 1,5-2,0 см від поверхні середовища, а в глибині створюються сприятливі умови для зростання облігатних анаеробів.
1. Додавання в середу редукуючих і легко окислюється речовин.
Додають шматочки паренхіматозних органів (печінка, селезінка та ін.), Глюкозу, аскорбінову кислоту, цистеїн. Застосовують і неорганічні відновники: сульфіди, сірководень, цитрати.
2.Хіміческое поглинання кисню повітря відбувається при додаванні, наприклад лужного розчину пирогаллола в особливих приладах, прикладом якого може служити свічка Омелянского- скляний прилад у формі свічки. Всередину поміщають одну пробірку з рідким середовищем з посівом анаеробів (середа Китта-Тароціі). На дно приладу наливають лужний розчин пирогаллола. Зверху прилад закривають скляним ковпачком і парафінують;
3. Для утворення водню і вуглекислого газу, необхідних для росту облігатних анаеробів використовуються спеціальні пакети, при додаванні води в які відбувається активація з виділенням сполук, які пов'язують кисень повітря (газогенераторні пакети).
1.Совместное вирощування анаеробів і аеробів - Метод Фортнера. В основі методу лежить комбінований посів культур анаеробів і аеробів. Посів роблять у чашку Петрі з товстим шаром цукрової кров'яного агару (агар Цейсслера), який поділяють посередині чашки прожареним стерильним скальпелем, вирізаючи невелику смужку агару по діаметру. На одну половину середовища засівають культуру аеробних бактерій, на іншу - анаеробних. Чашку парафінують і поміщають в термостат. При зростанні аероби поглинають кисень і створюють тим самим умови для зростання анаеробних бактерій.
2. Використання в поживних середовищах біологічних речовин, що редукують (шматочків печінки, нирок, крові, і ін.).
Середовищі Кітта-Тароціі. Склад: МПБ, шматочки печінки, глюкоза. Готове середовище зверху заливають шаром вазелінового масла і стерилізують. Посів матеріалу виробляють пастерівської піпеткою під шар масла.
Середа Цейсслера. Склад: МПА, 1% глюкоза, 20% дефібринованої крові. Використовується для отримання ізольованих колоній анаеробних мікроорганізмів, а також для вивчення гемолітичної активності бактерій.
Таксономія - наука про принципи і методи розподілу (класифікації) організмів в ієрархічному плані.
Виділяють вищі таксони - Царство, Відділ, Клас, Порядок, Сімейство, Трібо, Рід, Вид. Основний таксономической одиницею в біології є вид (species).
Вид-це еволюційно сформована сукупність мікроорганізмів, що мають спільне походження, подібний генотип і максимально близькі фенотипічні ознаки і властивості.
q Філогенетичний (для великих таксонів).
q фенотипическим. У ньому використовуються:
§ Тинкторіальні властивості - здатність забарвлюватися різними барвниками.
§ Культуральні властивості - особливості росту бактерій на рідких і щільних поживних середовищах.
§ Спорообразование - форма і характер розташування суперечки в клітці.
§ Фізіологічні властивості - тип харчування; тип дихання.
§ Біохімічні властивості - здатність ферментувати різні субстрати.
q Генотипний. В її основі лежить вивчення нуклеотидного складу ДНК і найбільш важливих характеристик геному, зокрема, його розміру (величина, обсяг, молекулярна маса) і інших параметрів. Найбільш точним методом встановлення генетичного (геномного) спорідненості між бактеріями є визначення ступеня гомології ДНК. Чим більше ідентичних генів, тим вище ступінь гомології ДНК і ближче генетична спорідненість.
q Змішаний. В основі лежить принцип зіставлення організмів по можливо більшій кількості врахованих ознак при допущенні, що всі вони для систематики рівноцінні.
Ідентифікація - встановлення їх таксономічного положення мікроорганізмів і, перш за все їх видової приналежності. Визначення видової приналежності є вирішальним моментом бактеріологічної діагностики інфекційних захворювань. Найчастіше для ідентифікації патогенних бактерій вивчають їх морфологічні, тинкторіальних, культуральні, біохімічні та антигенні властивості.
Штамом називають культуру, виділену з певного джерела, або з одного і того ж джерела в різний час. Штами позначають або протокольними номерами, або за джерелом виділення (людина, тварина, зовнішнє середовище), або по місцевості (місту), де він був виділений. Штам - більш вузьке поняття, ніж вид.
Клоном називають культуру мікроорганізму, виділену з однієї клітини (одноклітинна культура).
Чистий культура являє собою мікробні особини одного і того ж виду, вирощені з ізольованою колонії, вирощеної на твердому живильному середовищі.
Згідно бінарної (біномінальної) номенклатурі кожен мікроорганізм має назву, що складається з двох слів: перше слово означає рід і пишеться з великої літери, друге слово означає вид і пишеться з малої літери.