Спочатку доведеться трохи політати на мітлі, щоб освіжити навички водіння цим літальним апаратом. Відразу ж після цього вас навчать першому заклинання, яке дозволить вам допомогти Рону "вимити" котли - викинути їх в озеро.
Після розмови з Роном викличте Майже безголового Ніка і біжіть за ним, збираючи маленькі значки з об'єктів, що світяться. Коли ви перетнете міст, заберіть праворуч від дверей великий значок, а потім проходите всередину вежі.
Пройдіть вправо за статую кабана, там знайдете великий значок. Далі йдіть в лівий край туди, куди веде вас Нік. Коли ви побачите над аркою великий значок, використовуйте заклинання, яке ви застосували, коли "мили" котли Рона і підійміть вазу, розташовану зліва в кутку. Метн її в значок, щоб збити його зі стіни. Підібравши значок, спускайтеся вниз.
Пройдіть в кабінет зельеваренія і починайте варити Умострільное зілля. Візьміть колбу з рожевою рідиною і лийте його в котел, поки зілля не стане яскраво-жовтого кольору. Потім візьміть довгасту колбу і сипте її вміст в котел, поки зілля не стане фіолетового кольору. Після того як розженете дим, приступайте до приготування справжнього зілля, тому що попередні ваші маніпуляції були всього лише тренуванням. Далі приготуйте пару зілля, дотримуючись інструкції. Як тільки ви впораєтеся з цим завданням, учитель попросить вас приготувати напій Живий Смерті. Якщо ви впораєтеся з приготуванням напою, то отримаєте флакончик Удачі. Закінчивши приготування зілля, зберіть маленькі значки зі світних об'єктів і виходите в коридор, щоб поговорити з Роном.
Під час розмови з одним підійде молодший школяр і повідомить, що вам потрібно пройти в великий зал, де збираються члени дуельний Клубу. Також хлопчик покаже коротку дорогу в зал - потрібно пройти через портрет в кінці коридору, назвавши пароль "Знання - Сила".
Вийшовши на сходи, йдіть вправо вниз і пройдіть під арку в правому дальньому кутку. Спробуйте відкрити двері - з'явиться Нік, який допоможе вам у цьому питанні. Коли ви ввійдете в зал, поговоріть з капітаном дуельний Клубу, після чого вас навчать ухилятися від магічних атак, а також двом новим заклинанням, які ви зможете випробувати на Роні. Після цього вас чекає показова дуель, що складається з трьох раундів. Далі підійдіть до дошки, розташованої зліва від вхідних дверей до зали. На ній вам можна буде вибрати дуелі. Рекомендую пройти всі рівні складності дуелей і отримати жетон "Чемпіон дуельний Клубу". По закінченню дуелей виходите в коридор.
Після розмови з Роном та Герміоною йдіть по сходах в правий дальній кут, щоб підібрати великий знак. Поверніться назад і пройдіть в ворота зліва. Вийшовши на подвір'я, пробіжіть на його дальній край. Використовуючи заклинання, підійміть лавку, розгорніть до воріт і предметних лаву в один з великих знаків, які розташовані зліва праворуч від воріт. Збивши перший артефакт, візьміть другу лавку і збийте інший знак. Далі йдіть в прохід зліва від воріт і пройдіть на сходи, розташовану за кам'яною птахом.
Випробування на стадіоні
Біжіть по коридору за дівчиною. Вийшовши в вежу, підберіть великий знак, що лежить зліва, а потім спускайтеся вниз. Коли вийдіть в зал, де розгойдується маятник, використовуйте заклинання, щоб підняти одну з кам'яних ваз, які розташовані в кутах залу, і перетягніть її на іншу сторону приміщення. Далі пройдіть до вази, ще раз підніміть її і предметних вазу в великий знак, розташований на маятнику. При виході на вулицю грати, замикає вежу, перепинить вам шлях. Тепер вам знадобиться полагодити важіль, що піднімає ґрати.
Вивчивши нове заклинання, використовуйте його, щоб зібрати зламаний важіль. Після того як ви відкриєте решітку, вислухайте заговорив портрет, а потім біжіть за Кеті на стадіон. Вийшовши на вулицю, зайдіть в прохід справа, щоб підібрати великий знак, а потім біжіть прямо через двір по довгому балкону, збираючи маленькі і великі значки. Коли вийдете на вулицю, вам доведеться битися з Гойлом. Перемігши його, вирушайте на стадіон.
Виходьте з обіднього залу і йдіть вліво, спускайтеся вниз по сходах, а потім пройдіть через таємний прохід до часовий вежі. Вийшовши з неї, вам доведеться покарати хвалько з Слизерина, вигравши у нього дуель. Далі перетніть двір і йдіть по мосту до виходу з замку. Звідти вже знайомою дорогою йдіть на стадіон, щоб взяти участь в змаганнях.
Повертайтеся на головні сходи, пройдіть вперед повз першого сходового прольоту на другий і спускайтеся вниз, згортаючи весь час вліво, до таємного проходу до класу Зельеваренія. Пройшовши через нього, пробіжіть вперед по коридору і зайдіть в клас. Там поговорите з Герміоною, а потім зваріть зілля, слідуючи рецепту.
Поговоривши з Герміоною, виходьте на сходи і йдіть по ній вниз, згортаючи весь час наліво, до виходу до великих воріт. Коли пройдете через них, звертайте вліво до входу в кабінет професора. Там ви зустрінете дівчинку, у якої слизеринець вкрав вибух-камінь. Вона попросить повернути їй камінь - виходьте на подвір'я і поговоріть з злодієм. Після дуелі поверніться до дівчинки і віддайте камінчик.
Зваривши зілля, виходьте з кабінету і поговоріть з Роном. Після цього до вас підійде слизеринець і скаже, що професорка Макґонеґел чекає вас в астрономічній вежі. У цій локації ви ще не були, тому краще викликати Майже безголового Ніка (натиснути "N") і слідувати за ним. Прибувши в бібліотеку вежі, вам доведеться битися з двома слизеринцями. Після вашої перемоги вони втечуть і закриють за собою решітку. Важіль, що відкриває грати, залишиться у вашій кімнаті. Вам потрібно використовувати заклинання "Левіоса", щоб розбити важіль і перетягнути його уламки крізь ґрати. Потім вам потрібно використовувати заклинання "Репарил", щоб зібрати важіль. Далі вживається перша заклинання і вставте важіль в щілину.
Рон і приворотне зілля
Крокуйте за Поттером до професора зельеваренія. Прибувши туди, починайте готувати протиотруту. Після приготування його потрібно дати Рону.
Ранок наступного дня
Виходьте з кімнати на головні сходи та спускайтеся по ній на другий поверх, звідки ви зможете пройти в головний зал. Там поговорите з Кеті, а потім біжіть за Малфоєм в туалет, де у вас відбудеться дуель. Після цього вам потрібно відправитися в теплиці. Рух буде автоматичним, тому що ви будете перебувати під чарами зілля удачі. На мосту вам доведеться битися з парочкою слизеринців, у них не буде шансів протистояти вам. У процесі руху не забувайте добувати маленькі значки, які будуть висипатися з підсвічених предметів. Коли ви приїдете в теплицю, приготуйте добриво для професора, а потім отримаєте від нього потрібну інформацію і віднесіть її Дамблдора. Після цього вам доведеться керувати Джіні і виграти кубок з квідичу. По закінченню гри управління знову перейде за Гаррі.
Після розмови з професором ви вирушите на пошуки крестража. Коли доберетеся до місця, вам доведеться відбитися від купи мерців, які будуть з'являтися з води, поки Дамблдор буде знищувати горокракс. Далі ви станете свідком вбивства Дамблдора, а також почнете погоню за принцом напівкровним - Снейпом. В процесі переслідування вам доведеться битися з його поплічниками. Після дуелі у лісового будиночка сюжетна лінія гри закінчиться, але ви зможете продовжувати гру, беручи участь в приготуванні зілля, тренуваннях з квідичу та боях в дуельних клубах.