Православ'я Меньшиков цінував насамперед як рідну російську релігію. Ось що він в 1909 році писав у книзі «Русское пробудження»:
Московська Русь, як її ні ганять у нас жидомасони, зуміла створити і здоров'я тіла, і здоров'я духу народного. Петербург зумів його розтратити.
У здоров'я духу входила ціла система культів - релігійний, державний, племінної, сімейний. Покоління Петра безповоротно вірило в Бога, притому вірило одностайно, в православних засобах вираження. Останні були дивовижні не тим, що були краще за інших, а тим, що були рідні, що увійшли в саму плоть духу.
Сам він при цьому був близький до пантеїзму. Ось що він писав в 1908 р в статті «Прихована сила», виданої в збірнику статей про церкви і вірі «Вічне воскресіння»:
Для мене особисто немає невидимого божества, бо я нічого не бачу, крім здійсненої Волі.
Меньшиков став першим в Росії теоретиком «етнічного націоналізму». Ось що він писав в 1911 році в статті "Захист віри":
Завдання обруси все неросійське і оправославіть все неправославне тому вже безглузда, що абсолютно непосильна для Росії. Жодному племені не вдавалася накласти в повноті свій вигляд на інше плем'я; навіть залізний Рим лише злегка латинізованого Францію і Іспанію, але не зробив там нових римлян. У спробах об'єднати світло Рим скінчив катастрофою своєї віри і своєї держави. "Обрус все не російське" означає разрусіть Росію, зробити її країною виродків, розчинити благородний метал раси в дешевих сплавах. Те саме можна сказати і до оправославлеванію всього неправославного. Це була б суцільна фальсифікація віри, властивої лише російській племені.
Зі статті "великоросійським ідея", 1913 рік:
При всій безсовісною наклепі на російський націоналізм необхідно пам'ятати, що це не якась там новина в природі. Це просто націоналізм, тільки російська. Він точь-в-точь схожий з усіма націоналізмами на світлі і розділяє всі їхні чесноти і гріхи. Взагалі, націоналізм - будь він англійська або єврейський - є племінне самосвідомість або, як нині люблять говорити, племінне самовизначення. Ось це небо - наше рідне небо чуло про молитви предків, їх плач і пісні. Ця земля - наша рідна земля, утучненная прахом предків, зволожена їх кров'ю і трудовим потом. У цій народній природі тримається тисячолітній дух нашого племені. Які ми ні їсти - краще іноземців або гірше за них - ми бажаємо разом з безсмертним життям нашого племені відстояти і натуральне майно, віддане минулим населенням для передачі майбутньому. Бажаємо, щоб це небо і земля належали нащадкам нашому, а не якомусь іншому. Бажаємо, щоб той же священний мову наш, зрозумілий святий Ользі і святому Володимиру, звучав в цьому просторі і в майбутньому, і та ж велика душа переживала той же щастя, що і ми, сьогоднішні. Хай буде мир між усіма народами, але й знає кожен свої кордони з нами!
Причину загибелі великих імперій він бачив в їх відкритості для проникнення інородців. З цього приводу він писав у статті "Пророцтво Даниїла" в 1908 році:
Знаменно, що згубний закон, що дарував всім підкореним народам права римського громадянства, він дав Каракаллой, одним з тих тиранів, що шкодували про неможливість відрубати голову народу одним ударом. Саме одним ударом, почерком пера, який підписав вбивчий для Риму закон про інородців, імперія квиритів була убита. Від більш-менш подібних причин загинуло величезне держава Олександра Великого, як раніше його загинули строкаті царства Сходу. Лише тільки до двору великих царів стали проникати пролазливі Мордехай, відтісняли і губили національну владу, разом з ними вторгалися авантюризм, байдужість до стародавнього культу, легкість звичаїв, презирство до рідного народу, розпуста, зрада і, нарешті, зовнішнє завоювання. У нас інородческое засилля йде з часів татарських. Заповзятливі інородці на кшталт Бориса Годунова сіяли ворожнечу між царем і древньої знаттю. Як в Римі вихідці з околиць виховували тиранію і захищали її, так наша московська тиранія вигодувана татарської службою. Інородців ми зобов'язані найбільшим нещастям нашої історії - винищенням в XVI столітті нашої древненаціональной знаті. І у нас було стан, що, подібно до квиритів Риму, несло в собі справжній дух народний, інстинкти державного володіння землею, почуття народної честі та історичної свідомості. Занепад боярства коштував Росії великої Смути, під час якої вінець Мономаха, відібраний у потомства святого Володимира, став гуляти по татарським і польським головам. Зрізали російський правлячий клас - і навали хлинули з трьох сторін. Довелося закутковим міщанам та чорної сотні рятувати Росію.
Необхідно відзначити, що далеко не всі у Всеросійському національному союзі дотримувалися етнічного погляду на російський націоналізм. Так, інший ідеолог ВНС, Н. І. Герасимов писав: «Кожен чужий по плоті, одягнувшись в повноту духу і істини російської, стає національно-російським», а А. Лодигін говорив наступне: «не слід забувати ... що коли націоналісти говорять про російської народності, вони розуміють під цим виразом не тільки людей слов'яно-російського кореня, але і всіх людей, які, від якого б вони кореня не відбулися, вважають національні інтереси Росії своїми власними і не відокремлюють інших своїх приватних інтересів від національних інтересів Росії, а тим більше не ста ють до них вороже налаштованими ».
Незважаючи на те, що Меньшиков вважався консерватором, в селянському питанні він виступав з позицій модернізації, критикуючи селянську громаду. Ось що пише А.В. Репніков в своїй статті «М. О. Меньшиков про робочому питанні »:
Відзначаючи зникнення в народі звички до праці, М. О. Меньшиков критикував громаду і підтримував столипінську "ставку на сильного", вважаючи індивідуальне господарство "єдино розумним". Він писав, що з переходом "від общинного володіння до подвірного з розселенням сіл на селища" вдасться вийти з кризи. В першу чергу держава повинна допомагати сильному господареві, професіоналу і людині справи, а "російська людина не любить регулярної роботи день у день, як звикли західні європейці. Російська людина готовий сьогодні себе замучити на жнив, аби завтра йому був наданий повний свято. Неможливо нам брати західну цивілізацію і залишати колишні методи праці ". Після того, як найбільш працьовиті селяни отримали можливість виходити на відруби, в громаді залишаться тільки ті, хто не може або не хоче працювати, залишаться "люди стада". Така громада повинна або зжити сама себе або ж зробити все що б "задушити" більш процвітаючого сусіда - власника.
Звичайно, не обійшов Меньшиков і єврейське питання. У своїй статті 1909 г. «Уряд і євреї» він писав:
При всіляких умовах єврей - лихвар, фальсифікатор, експлуататор, нечесний фактор, звідник, звідник і підбурювач, людська істота нижчого, аморального типу. Він ненавидить християнство не тому, що тримається своєї первісної і грубої релігії. Він органічно чужий християнства, тобто по природженим моральним, вірніше - аморальним інстинктам. Книжкові метафізики цього не бачать, а простолюд, в яке євреї вкраплені, на своїй шкурі відчуває ці незмінні в століттях єврейські недоліки. Так звані гоніння на євреїв були викликані не чим іншим, як нестерпним засиллям єврейським і їх хижацтво. Вже друге століття всюди в Європі під впливом метафізичного законодавства немає і тіні гонінь, але паразитизм євреїв саме тепер дійшов до неймовірного ступеня. При повній рівноправності євреїв в Америці поліції доводиться свідчити про подвійну злочинності цього племені, а страховим товариствам - призначати для євреїв подвійні і потрійні страхові внески.
У цій же статті він називав євреїв народом «азіатським і жовтошкірих», демонструючи расовий підхід, що набирав в ту пору популярність в Європі, особливо в Німеччині.
У 1937 р старший син М. О. Меньшикова Григорій Михайлович був заарештований. Довго перебував в «Хрестах», як до того в Москві на Луб'янці, і був звільнений лише в 1939 р
Коли почалися арешти, паперу Михайла Йосиповича ховали хто як міг, і багато матеріалів пропали, так як не завжди потім їх вилучали з схованок.
Пізніше розрізнені архіви стікалися до Ользі Михайлівні Меньшикова, яка в 1927 р вийшла заміж за Бориса Сергійовича Поспєлова, сина сільського священика з Підмосков'я і поїхала з Ленінграда.
Під час Великої Вітчизняної війни Ольга Михайлівна і Борис Сергійович з інститутом, де він працював, поїхали в евакуацію. Перед від'їздом вони ретельно заховали найбільш цінні папери і фотографії. Але в будинок, де залишалися батьки Бориса Сергійовича, Сергій Дмитрович і Ольга Сергіївна Поспєлова і де зберігалися архіви, прийшли німці. Знову розгром, розкидані книги, папери, зламані меблі, дах зрешечена осколками снарядів, сусідній будинок згорів. Добре, що люди похилого віку залишилися живі, добре, що знову дивом, але залишилися в цілості архіви М. О. Меньшикова.
Листування і розшифровку щоденників і листів виконала дочка М. О. Меньшикова Ольга Михайлівна Меньшикова в 1970-1980 рр.