Важливу роль у створенні та впровадженні інновацій в країні повинен зіграти інноваційний центр «Сколково». У законопроекті про його створення вказується, що цього центру належить стати «справжнім містом майбутнього, інноваційної Меккою, де нові технології знаходять своє реальне втілення, де інновації працюють на модернізацію російської економіки, де симбіоз бізнесу і науки дає високотехнологічні плоди, де створюється інкубатор ідей, в якому молоді вчені отримають можливість розвивати свої найсміливіші пропозиції ».
Створення та забезпечення діяльності центру покладається на керуючу компанію, яка наділяється повноваженнями органів місцевого самоврядування та державної влади суб'єктів Російської Федерації.
Держава гарантує учасникам проекту пільгові умови: вони будуть звільнені на 10 років від сплати ПДВ. податку на прибуток та майно, а також земельного податку для компаній, що управляють; встановлюються знижені ставки страхових внесків до позабюджетних фондів - до 14% в Пенсійний фонд і нульові ставки до Фонду соцстраху та Фонд обов'язкового медичного страхування.
Створення інноваційних центрів, подібних «Сколково», дозволить вивести Росію на новий високий рівень розвитку науки і техніки.
- енергоефективність та енергозбереження, розробка інноваційних енергетичних технологій;
- ядерні технології;
- космічні технології;
- медичні технології (обладнання, лікарські засоби);
- стратегічні комп'ютерні технології і програмне забезпечення.
На території Наукограда буде створено Сколковскій інститут передових технологій, науковим консультантом якого є Массачусетський технологічний інститут. Передбачається, що Сколковскій інститут буде орієнтуватися на магістерські та докторські програми і працювати за всіма п'ятьма напрямками, які обрані Комісією з модернізації і технологічного розвитку економіки при Президентові Росії. Істотно повинна зрости частка прикладних досліджень, що проводяться на замовлення компаній, - орієнтиром служать західні університети, які заробляють до 40% своїх доходів на замовних дослідженнях.