Для поглибленого розгляду важливих питань затверджуються Комітети, як правило, на постійній основі. У більшості випадків членство в них відкрито для всіх Договірних сторін. Наприклад, функціонує Комітет з платіжного балансу, де проходять консультації з країнами-членами, що вводять обмеження імпорту для захисту свого фінансового стану через погіршення платіжного балансу. Існують також Комітет з тарифних поступок, Бюджетний комітет (членство в ньому обмежена і визначається Радою), Комітет з торгівлі і розвитку. Постійно функціонують комітети, зайняті дослідженням і моніторингом антидемпінгових процедур, практики оцінки митної вартості товарів, урядових закупівель, субсидування і застосування компенсаційних заходів, ліцензування імпорту, використання технічних бар'єрів, що перешкоджають торгівлі, розглядом питань торгівлі текстилем, м'ясом, молочними продуктами, торгівлі продукцією цивільного авіабудування , адміністративними питаннями.
В організаційну структуру СОТ входить Орган з врегулювання торговельних суперечок, чия діяльність підтримується журі експертів, що створюються для розгляду і вирішення конкретних зовнішньоторговельних розбіжностей. Членами журі не можуть бути представники урядів країн-учасниць, на відміну від членів комітетів і робочих груп, які формуються з високопосадовців Договірних сторін.
Розглянемо основні функції, що їх Світовою організацією торгівлі в процесі регулювання міжнародних торгових відносин.
Виконуючи вимоги СОТ щодо приведення у відповідність зі світовими нормами національного торгового законодавства, країни-учасниці встають перед проблемою вирішення ряду спірних, на перший погляд нерозв'язних, питань. На сьогоднішній день вимоги щодо виконання умов СОТ стали більш жорсткими, які передбачають від кожної бере участь у СОТ боку необхідність повністю поєднати своє національне зовнішньоторговельне законодавство до положень обов'язкових для країн, що приєднуються угод Організації.
Організація і обслуговування багатосторонніх торгових переговорів - це ще одна з функцій СОТ. виконання якої базується на практиці, що склалася ще в період існування ГАТТ як організації.
У той же час процедура врегулювання торговельних суперечок між країнами-учасницями в рамках СОТ має чимало нових рис і стала одним з основних елементів, що відрізняють СОТ від свого попередника. Головним завданням врегулювання суперечок є забезпечення надійності та передбачуваності функціонування механізму багатостороннього регулювання зовнішньоекономічних зв'язків. Країни-учасниці СОТ беруть на себе зобов'язання не застосовувати самостійно будь-яких дій в разі порушень правил міжнародної торгівлі, а шукати дозвіл виниклих проблем в Організації, поважаючи і виконуючи прийняті нею рішення. Для здійснення цих арбітражних функцій, як уже зазначалося вище, в структурі СОТ існує спеціальний Орган з врегулювання суперечок (ОПУС), який володіє монопольним правом засновувати арбітражні групи (журі експертів), затверджувати рішення цих груп і апеляції по їх рішенням, забезпечувати виконання прийнятих рішень і рекомендацій, а також застосовувати примусові заходи в разі їх невиконання.
Практика показує, що причиною суперечок (іноді вельми різких), які періодично виникають між державами, найчастіше є не стільки невиконання кимось із країн-членів своїх зобов'язань в рамках СОТ, скільки відмінності в тлумаченні деяких положень цих зобов'язань. В кінцевому рахунку, всі суперечки вирішуються в рамках юридичних норм, а не по «праву сильного».
Цей унікальний багатосторонній механізм врегулювання суперечок діє відповідно до чітко визначених принципів і правил. Одні з таких принципів передбачає, що спірне питання може бути винесено офіційними представниками країни-члена на розгляд Органу з врегулювання суперечок лише після того, як проведені на двосторонній основі консультації не привели до задовільного результату. Ще одним принциповим попередньою умовою є спільне звернення сперечальників до Генерального директора СОТ або спеціально на те уповноваженому офіційній особі організації з проханням виступити в якості посередника у вирішенні спірного питання. Якщо протягом 60 днів запропоновані шляхи вирішення спору не дали результатів, то виникає формальне право подати відповідну заявку в ОПУС з проханням здійснити передбачені механізмом врегулювання процедури. Основоположним елементом таких процедур є така спеціальна арбітражна група (журі), що складається, як правило, з трьох або, за наполяганням сперечальників, з п'яти чоловік. Кандидати до складу групи пропонуються Секретаріатом СОТ з найбільш компетентних і визнаних посадових осіб країн-членів, співробітників Секретаріату, вчених-правознавців. Вони не повинні викликати заперечень з боку сторін трудового конфлікту. В обов'язки групи експертів входить підготовка рекомендацій для подання в ОПУС на основі ретельного вивчення всіх обставин справи, що розглядається. Ця робота повинна бути виконана в період від шести до дев'яти місяців.
У разі незгоди з рекомендаціями групи експертів кожна зі сторін у суперечці має право подати апеляцію, розглядом якої буде займатися постійно діючий апеляційний орган, що складається з 7 найбільш компетентних фахівців з різних країн-членів СОТ. Для розгляду скарги необхідна присутність не менше трьох членів цього органу, який детально розглядає висновки спеціальній групи. На розгляд апеляції відводиться від 2 до 3 місяців.
Рекомендації групи експертів, а в разі апеляції і висновок апеляційного органу направляють в ОПУС для затвердження та виконання. Встановлено, що з моменту утворення групи експертів до розгляду питання в ОПУС не повинно пройти більше 9 місяців в безапеляційному випадку і 12 місяців у разі апеляції.