Місто Генуя виріс з рибальського селища лігурів. Кілька століть селище грав незначну роль і переходив з рук в руки між оточували його і воюючими між собою державами. В античні часи - між Карфагеном і Римом. Після падіння Римської імперії він був приєднаний готами до свого королівства, але в 538 р - відбитий у них візантійцями. У 641 р Геную захоплює лангобардский король Ротарі. А в 773 році король франків Карл Великий розгромив лангобардів і місто стає частиною його королівства.
У 9 ст. після поділу Франкської імперії Лігурія відділяється від неї. Після цього Генуя піддається набігам сарацинів. Тоді її жителі зводять укріплення, починають будувати флот і спільно з Пизой завдають поразки загарбникам. З цього моменту генуезькі суду починають вільне переміщення по Середземному морю і ведуть торгівлю з іншими державами на його узбережжі. Місто починає активно розвиватися.
З 11 в. Генуя бере участь в хрестових походах, що так само сприяє збільшенню її багатств. В цей же час генуезці вивозять з Малої Азії мощі святого Іоанна Хрестителя, який був визнаний святим покровителем міста. А в 1162 році імператор Священної Римської імперії Фрідріх I Барбаросса видає місту диплом на володіння землями в Лігурії. В результаті Генуя стає незалежним містом-державою з 100 тисячним населенням, при цьому, не поступається за багатством великим європейським державам, а то і перевершує багато з них.
Система управління містом тоді грунтувалася на Раді старійшин, в якому засідали представники найвпливовіших аристократичних родин, найбільш відомі з яких були: Спинола, Доріа, Фієскі, Грімальді. Економіка міста була побудована на мережі колоній, які були по всьому Середземномор'ю. Серед них були як окремі опорні пункти, так і цілі острови і значні частини територій - Кіпр, Лесбос, Корсика, північна частина Сардинії і ін. А завдяки союзу з Візантією і торговим відносинам з монголами Золотої Орди генуезці проникли і на схід - в Північне Причорномор'я . Наприклад в Криму до сих пір збереглися їх фортеці: Каффа в Феодосії, Солдайя в Судаку, Чембало в Балаклаві.
У 13 ст. починається боротьба з іншими торговими республіками - Венецією і Пізою. Над Пізанський флотом була здобута остаточна перемога в 1284 р при Мелорі. А з венеціанцями війни затягнулися на довгі роки і йшли з перемінним успіхом. У 1298 генуезці перемогли в битві при Корчуле, після чого на нетривалий час Генуя придбала панування над всім Середземномор'ям.
Але з середини 14 ст. через внутрішні розбіжності в Генуезькій республіці поступово починає назрівати політичну та економічну кризу. Щоб виправити це в 1339 році була введена система виборних дожів за образом венеціанської. Однак в результаті частих переворотів дожі скидалися. Одночасно з цим знову починається війна з швидко оговталася венеціанським флотом, на користь якого обертаються і її результати.
У 15 ст. Генуя потрапляє в політичну залежність спочатку від Франції. потім - від Мілана. Деякі її колонії завойовуються Османською імперією. Зрештою Генуезька республіка втрачає статус великої держави. У 16 ст. по місту проходять повстання, влада неодноразово змінюється. Значну роль в цей період зіграв генуезький адмірал Андреа Доріа, тимчасово вигнав французів і відновив республіку. Він в 1528 року ввів конституцію, згідно з якою дожі обирати не довічно, а на два роки.
Після зміщення морських торговельних шляхів з Середземного моря в сторону Атлантики значення Генуї як торгової держави остаточно згасло. Вона знову потрапляє в повну залежність від більш великих держав. У 1768 р за Версальським договором остання генуезька колонія Корсика відійшла до французам.
Знаменитим став подвиг генуезького хлопчика Джамбаттиста Перассе на прізвисько "Балілла" під час окупації австрійцями в 1746 р Побачивши, як австрійські військові знущалися над жителями міста, він не побоявся кинути в них камінь. Цей вчинок послужив початком повстання проти австрійців. А ім'я Балілла стало символом боротьби італійців за незалежність і воно зараз згадується в гімні Італії.
У 1797 р Наполеон завоював Генуезьку республіку і зробив з неї Лігурійського республіку. підпорядковану Франції. Після падіння Наполеоновской імперії за результатами Віденського конгресу Генуя увійшла до складу П'ємонту. як головний порт сардин королівства. У 1860 р з Генуї відпливла експедиція "Тисячі" під керівництвом Джузеппе Гарібальді, результатом якої стало приєднання Сицилії.