Історія кафедри і клініки нерозривно пов'язана з начальниками, які очолювали її в різні роки. Перші роки Великої Вітчизняної війни з усією очевидністю показали необхідність спеціальної підготовки і вдосконалення військових хірургів. З ініціативи головного хірурга Ленінградського фронту, професора генерал-лейтенанта медичної служби Петра Андрійовича Купріянова (а в подальшому першого віце-президента АМН СРСР) в 1943 р на базі торакального відділення групи госпіталів, розгорнутих в приміщеннях Військово медичної академії ім. С.М. Кірова (в будівлі колишньої клініки Вілліє) була створена кафедра факультетської хірургії № 2, колектив якої займався розробкою актуальних проблем військово-польової хірургії і хірургічного лікування бойових ушкоджень, органів грудної порожнини. У 1950 р на її базі утворилася 1 кафедра хірургії (удосконалення лікарів), керівником якої Петро Андрійович був до 1963 р
Після війни важливим напрямком в роботі клініки стали хірургічне лікування і впровадження операцій на легенях, стравоході, середостінні, серце і великих судинах. П.А. Купріянова і його колективу, одному з перших в СРСР (1953), належить велика заслуга в розробці та впровадженні методів хірургічного лікування пороків серця в умовах гіпотермії та штучного кровообігу.
Під його керівництвом в 1954 р вперше в Ленінграді були створені рентгенопераційних і розроблені методи зондування серця і ангіокардіографія, а в 1957 р - оригінальна вітчизняна модель апарату штучного кровообігу (ІСЛ-2), що дозволили виконувати операції на відкритому серці при важких вроджених і набутих пороках серця.
З ініціативи П.А. Купріянова в 1958 р вперше в країні було створено кафедру анестезіології та застосовані інтратрахеальний наркоз, нейроплегія, керована гангліарная блокада і м'язові релаксанти в кардіохірургії. За заслуги в розвитку вітчизняної хірургії П.А. Купріянова в 1963 р присвоєно звання Героя Соціалістичної праці.
У ці роки зі стін клініки вийшла плеяда відомих вчених і клініцистів широкої ерудиції. Що працювали під керівництвом П.А. Купріянова професора М.Н.Анічков, С.Л.Лібов, М.С.Грігорьев, С.А.Гаджіев, В.І.Колесов, П.К.Романов, Е.Л.Кевеш, І.А.Зворикін, Г.А.Бойков, Ф.Х.Кутушев, Ф.В.Баллюзек, М.І.Бурмістров, В.Л.Толузаков, Г.А.Бойков, А.Б.Зорін, І.М.Маркелов, Ю. Н.Шанін і багато інших в подальшому очолили великі кафедри та клініки країни, продовжили справу свого вчителя. Академіки АМН СРСР і РФ Б. В. Петровський, І.С.Колесніков, В.І.Бураковскій, А.П.Колесов, Ю.Л.Шевченко, що працювали в клініці, стали творцями найбільших кардіохірургічних шкіл в нашій країні.
А.П. Колесов зроблений великий внесок в розвиток вітчизняної трансплантології (в клініці, однією з перших в країні були виконані пересадки нирок і створення науково-дослідної лабораторії «Штучна нирка»).
Під керівництвом А.Б. Зоріна була вдосконалена техніка штучного кровообігу, анестезії та захисту міокарда при тривалому виключенні серця з кровообігу. У клініці, вперше в Ленінграді було створено відділення коронарної хірургії, яке в подальшому трансформувалося в самостійний відділення хірургічного лікування ішемічної хвороби серця та гострого коронарного синдрому.
Як один з провідних вчених країни він вніс великий внесок у вирішення питань організації спеціалізованої кардіохірургічної допомоги в Збройних силах і цивільному охороні здоров'я РФ.