Дістатися до Йошкар-Оли можна за допомогою особистого автотранспортного засобу. Безпосередньо через саме місто прокладена автомагістраль Р176, єднальна між собою Сиктивкар, Кіров і Чебоксари. Також в декількох кілометрах від міста проходить автомобільна дорога, що зв'язує Москву, Чебоксари, Казань і Єкатеринбург. Водії, що прямують по трасі М7 «Волга», можуть дістатися до Зеленодольська, а потім згорнути на трасу Р175 (в деяких картах - А295) і доїхати до Йошкар-Оли. Скористатися цим способом можуть водії, мотоциклісти і навіть велосипедисти.
Залізнична станція Йошкар-Ола знаходиться на тупиковій гілці, що сполучає Яранск і Зелений Дол. Вона є пунктом відправлення пари поїздів №№57 / 58 «Йошкар-Ола-Москва» / «Москва-Йошкар-Ола», які носять статус фірмових і називаються «Марій Ел». Потяги слідують через Арзамас, Зеленодольськ, Муром і Канаш. Від Москви до Йошкар-Оли можна дістатися поїздом за все за 14 з невеликим годин. Інших поїздів далекого прямування на цій станції не буває, проте тут курсує кілька електропоїздів, що зв'язують між собою населені пункти республіки Марій Ел.
До Йошкар-Оли також можна доїхати за допомогою автобуса. Місто має пряме автобусне сполучення з Уфою, Перм'ю, Нижнім Новгородом, Чебоксарами, Нижнім Новгородом, Ульянівському, Москвою, Кировом, Саратовом, Самарою, Ярославлем, Сиктивкар, Санкт-Петербургом, Казанню, Іжевському. Найближче до Йошкар-Олі розташовані Чебоксари і Казань, автобуси з цих міст йдуть до столиці республіки Марій Ел кожні 30-40 хвилин, час у дорозі становить трохи більше години.
До столиці Марій Ел можна також дістатися за допомогою літака, проте авіасполучення в регіоні не дуже добре розвинене. З Йошкар-Оли регулярно відбуваються рейси в Москву, Саратов і Самару. У самий найближчий час планується організація постійних авіарейсів за маршрутом «Йошкар-Ола-Уфа».