Як і більшість Імперських організацій, Інквізиція обширна і охоплює галактику незліченною кількістю агентів. Але на цьому схожість закінчується, так як внутрішній устрій Інквізиції відмінно від жахливої бюрократії Адептус Терра. Мета її відкриті, мандат простий: захищати Імператора і людство від будь-яких загроз, будь-якими доступними засобами. Таке завдання вимагає абсолютної гнучкості: спектр загроз варіюється від одного єдиного мутанта до таємних змов і вторгнень прибульців тягнуться на цілі системи і сектора.
Базова оперативна одиниця Інквізиції - інквізитор. У той час як Імперіум стогне під тягарем гігантських організацій і неймовірного бюрократизму, Інквізиція вільна від таких кайданів і, виходячи з цього, вільна діяти так, як їй видається правильним. Маючи чітку мету - боротися з погрозами людству, інквізиція працює поза інших Імперських організацій, але має абсолютний вплив на них.
На практиці ж, Інквізиція повинна бути набагато більш гнучкою, ніж їй дозволяє її мандат. Незважаючи на те, що влада її виходить від самого Імператора, і навіть Верховні Лорди Терри не можуть бути вище її нагляду, Інквізиція повинна покладатися на інші складові Імперіума щоб отримувати ресурси. Потенційно Інквізиція має неймовірну силу - вона має доступ до військ, озброєння, архівів та інформації понад більшості Імперських організацій, але що б отримати все це вона змушена звертатися до Адептус Астартес, Імперської Гвардії, Адептус Механікус або іншим структурам.
Інквізиція існує не як сила сама по собі, але як напрямна рука, яка дозволяє Імперіум певним чином захищати себе. Велика частина її роботи присвячена пошуку загроз людству і підготовці гідної відсічі. Заодно з інквізиторами, Інквізиція має мільйони, можливо навіть мільярди агентів по всьому Імперіум, що спостерігають за появою мутацій, загрозою агресії чужих, небезпекою зради і проявами некомпетентності.
Кожен інквізитор уособлює собою всю інквізицію і володіє всім могутністю цієї організації. Слово інквізитора абсолютно, і не може бути оскаржене ніким, крім інших інквізиторів. Інквізитор приймає на себе відповідальність за дії, необхідні для захисту Імперіума. Доказом мужності і вірності інквізиторів служить те, що інквізиція зберігає свої позиції ось уже десять тисяч років, незважаючи на війни, міжусобні конфлікти і внутрішню єресь. Чоловіки і жінки інквізиції одні з найбільш перевірених, тренованих і мотивованих людей, і їм необхідно бути такими.
Інквізитор необхідна більша, ніж проста фізична сила і спорядження, яке виходить за грань звичайного зброї. Його сила - його розум, але не тільки як сила інтелекту, але і як сила волі. У галактиці, де правлять догми і консерватизм, інквізитор повинен відкинути в сторону забобони і оперувати поза загальноприйнятих засад.
Бути інквізитором - значить розуміти що сили, які працюють проти Імперіума, не може повністю усвідомити жодна людина, навіть якщо він належить до тих, хто засідає в Сенаторум Імперіаліс. Необхідність боротися з десятьма тисячами років накопиченої мудрості і усталеної ортодоксальностью - непросте завдання, але інквізиція залишається ефективним інструментом. Важливим є те, що інквізитори можуть дивитися на світ очима, не затуманеними доктринами або зарозумілістю.
Щоб уникнути монотонних, повільних процесів, які є чумою інших Імперських організацій, Інквізиція грунтується на єдиному фундаментальному рівні - одного єдиного інквізитора. Виходячи з цієї оригінальної концепції, інквізитор може використовувати будь-які доступні ресурси, які можуть знадобитися, щоб справитися із загрозою - без необхідності консультуватися з Адептус Терра.
Інквізитор разом зі своєю свитою може впоратися з багатьма загрозами без допомоги ззовні. Культи і їх послідовники, командири-відступники, невеликі групи прибульців і інші небезпеки, з якими інквізиція стикається кожен день, можуть бути усунені швидко, шляхом усунення індивідуума, який породив цю загрозу, або знищенням ядра ворожої угруповання.
Часто складність вирішення проблеми може перевищувати можливості одного інквізитора, і йому буде потрібно вдатися до допомоги місцевих сил, найчастіше це Адептус Астартес або Сили Планетарної Оборони. Інквізитор може знадобитися корабель для подорожі через систему, або, що більш імовірно, для збільшення вогневої потужності, щоб протистояти розкиданим сектам або могутнім індивідуумам. В такому випадку він може піти двома шляхами: відкрито заявити про свою присутність і зібрати сили, які йому необхідні, або, якщо єресь проникла глибоко в місцеві організації, вдатися до допомоги агентів, і, залишаючись в тіні, повідомити про проблему Імперському командувачу, або інакше лояльному лідеру. Несвоєчасне реагування на таку інформацію в подібній ситуації, швидше за все, викличе гнів інквізитора, і йому доведеться вдатися до набагато більш жорстких методів.
У деяких випадках місцевих сил може не вистачити - внаслідок нестачі людей або тому, що вони самі якимось чином можуть бути пов'язані з проблемою. У таких випадках інквізитору доведеться зв'язатися з зовнішніми силами.
Така ситуація дуже складна для інквізитора, оскільки все в Імперіумі відбувається дуже повільно, а небезпека може досягти загрозливих розмірів, перш ніж прибудуть війська, здатні впоратися з цим завданням. Переміщення великих угруповань збройних сил навіть на невеликі відстань займає величезні проміжки часу, тим самим, створюючи інквізитору труднощі. На той час, коли війська, нарешті, прибудуть, цілком може статися так, що проблема вже переросла можливості придушення її даними кількістю осіб.
Таким чином, інквізиції часто доводиться виступати в ролі спонукача. Якщо планета піддалася нападу прибульців, корупції хаосу або іншим серйозним загрозам, борг інквізитора - змусити працювати військову машину і стежити за її роботою. Часто, адмірали і полковники Імперіума, прибувши на місце подій, навіть не здогадуються, що саме Інквізиція спонукала серію подій, внаслідок яких вони опинилися в даному місці в даний час.
Однією з основних областей в роботі Інквізиції, яка часто привносить проблеми і чвари, але в той же час служить для вирішення багатьох проблем, є взаємини з Орденами Космічного десанту. Так само як і Інквізиція, Космічний Десант працює швидше поза Імперіума, ніж як його складова частина. Ордени самі по собі люто захищають свою незалежність і навряд чи будуть раді втручанню в свої справи.
Інквізитор, який підозрює Орден в єресі, повинен бути дуже обережний. Космічний Десант історично був набагато більш самостійним, ніж інші Імперські сили, але небезпека того, що будь-якої Орден підпаде під вплив хаосу, змушує інквізицію постійно відстежувати всі течії всередині цих формувань. Чистота генів і мотиви дій постійно перевіряються, і самі десантники вважають такі перевірки правомірними.
У ортодоксальних, прямолінійних інквізиторів часто виникають проблеми в спілкуванні з Адептус Астартес просто тому, що вони теж діють поза догм і бюрократії Імперіума. Те, що може здатися єрессю і самолюбством з одного боку, так само може розглядатися як необхідна складова ефективності Космічного десанту. Можливість діяти на свій розсуд, вступати в бій, там, де це необхідно, і діяти так, як представляється необхідним, є дуже важливою підмогою в їх місії по захисту людства. Часто відхід від традицій легко сплутати з нелояльність, і було кілька випадків, коли надмірно фанатичні інквізитори бачили проблему там, де її немає. Космічні десантники праведні, вони пишаються своєю лояльністю Імператору, і в той же час залишаються поза політикою. Вони будуть відповідати тільки перед Магістром свого Ордена і самим Імператором, а звинувачення в нелояльності для них - жахливе образу. Використовувати сили Імперіума проти десантників - це руйнування зв'язків, що існують між Орденами і империума.
Внаслідок цього, розумний інквізитор не поспішатиме. За обставин, коли Орден ставати загрозою, саме логічне рішення - використовувати інший Орден для усунення небезпеки. Космічні десантники - першокласна сила, з якою звичайні війська можуть і не впоратися, і можливість використовувати їх самих, що б вони розбиралися один з одним - безцінна. Десантники мають міцні зв'язки один з одним, і якщо Магістр Ордена дізнається, що його побратими піддалися спокусі Хаосу, то він відреагує негайно щоб захистити честь Адептус Астартес як єдиного цілого, адже Орден-Відступник - пляма на репутації всіх космічних десантників яке необхідно негайно "змити ".
Часто, Ордену Космічного десанту досить зіткнутися зі своїми братами, ніж з агентом Імперіума, що б побачити власні помилки і змінити свою поведінку. Якщо ж критика йде не від "своїх", то відповідна реакція на неї може бути дуже і дуже жорсткою, можливим стане навіть ще більший розвиток загрози всередині Ордена. Не часто ситуація доходить до такого стану, що єдиний вихід - знищення Ордена. Це дуже складне рішення, часто до цього залучаються кілька інших Орденів, або за їх власним бажанням, або на прохання, як, наприклад, це сталося внаслідок повстання, що привів до Бадабской війні.
Очевидно, найкраще, якщо Інквізиція розбирається з погрозами своїми силами, уникаючи небезпечних взаємодій і використання чужих озброєних формувань. З цієї самої причини, Інквізиція містить власні збройні сили, такі як команди Варти Смерті і полюють на демонів Сірих Лицарів.