В біогеоценозах здійснюється круговорот речовини і енергії на яку він обіймав території. Зелені рослини, використовуючи сонячну енергію і споживаючи необхідні поживні речовини, створюють біомасу, в процесі фотосинтезу і дихання підтримай вают баланс кисню і вуглекислого газу в повітрі, а завдяки транспірації беруть участь у кругообігу води. За рахунок біомаси, синтезованої аутотрофнимі організмами, існують гетеротрофи. Відмерлі організми і їх частини служать їжею тваринам-сапрофитам і мікроорганізмам (грибам, бактеріям), мінералізуюча їх. З їхньою діяльністю пов'язана біогенна міграція азоту, фосфору, калію, кальцію та інших елементів, що потрапляють в грунт і використовуваних з неї рослинами.
У зв'язку з тим, що агроценози включають в себе невелике число видів, саморегуляція в них здійснюється слабко. Це вимагає активної турботи про них з боку людини. Для боротьби з бур'янами і шкідниками застосовують хімічні засоби захисту (гербіциди, інсектициди). Однак хімікати впливають не тільки на бур'яни і шкідників, а й на інші рослини і тварин. Не байдужі вони і для здоров'я людини. Інтенсивна обробка грунту призводить до руйнування її структури. У природних біогеоценозах відмерлі організми розкладаються на місці, а мінеральні та органічні речовини, що входять до їх складу, повертаються в грунт. В агроценозах урожай забирається, грунт збіднюється. Для її збагачення використовуються добрива, не завжди байдужі для навколишнього середовища. Наприклад, вимиваються атмосферними водами добрива потрапляють у відкриті водойми, сприяють інтенсивному розвитку синьо-зелених водоростей, а в подальшому масова загибель і розкладання цих водоростей роблять це водоймище отруєним, непридатним для існування інших організмів.
Для запобігання небажаних наслідків господарської діяльності розроблено низку заходів: дотримання сівозмін, вирощування багаторічних кормових трав, застосування безвідвальної оранки, виведення сортів, стійких до шкідників і хвороб, застосування біологічних засобів боротьби з шкідниками, бур'янами. Комплексне використання цих коштів гарантує високі врожаї без нанесення шкоди навколишньому середовищу.