Дія гри StarCraft відбувається в 2499 році в віддаленому секотор Галактики - Копрулу. Тут знаходиться кілька планет, населених терранамі - нащадками колоністів із Землі. На їх планету - Мари Сара обрушується атака досі невідомої раси - зергов, які знищують і поглинають все на своєму шляху. Уряд, зване Конфедерацією, замість того, щоб захистити колоністів, в екстреному порядку евакуює власні війська, н місцевий шериф - Джим Рейнор організовує опір, заручившись підтримкою повстанців - Синів Корхала. Незабаром, стає відомо, що зергов привернув на Мари Сару спеціальний пси-випромінювач - таким чином, Конфедерація хотіла одним махом позбутися повстанців і заколотників. Замість цього Сини Корхала встановлюють подібні пси-випромінювачі на планетах Конфедерації, які миттєво знищуються мільйонами озлоблених зергов. На руїнах Конфедерації виникає новий державний лад - Домініон на чолі з Арктуром Менгска.
У цей час кілька вже захоплених зергами планет були повністю знищені таємничої расою протосів, які бажають захистити Всесвіт від зергов. Але командувач військами протосів - Тассадар відмовився знищувати планету Тарсонис, на якій залишалися террани, і допоміг в їх евакуації. Такий хід подій не влаштовував Менгска, якому потрібно було знищити всі залишки сил Конфедерації, тому він направив туди свою підопічну - Сару Керріган, після чого залишив її помирати від кігтів зергов.
Але Сара вижила - Сверхразум був зацікавлений в її пси-здібності і перетворив на Сару в получеловека, полузерга - Королеву Клинков. Рейнор, який відрікся від Менгска, спробував зупинити Керріган, але був переможений. Королева Клінков великодушно зберегла йому життя.
Протоси, тим часом, зосередилися на знищенні церебрали - командувачів армією зергов. Під час знищення одного з них, темний тамплієр Зератул вступив в зв'язок з Сверхразумом і той дізнався розташування рідної планети протоссов - Айура. Незабаром будинок протосів був захоплений зергами, куди перемістився і Сверхразум.
Після кількох поразок протосів, Тассадар був визнаний зрадником і поміщений у в'язницю. Однак завдяки допомозі Рейнора і декількох протосів його вдалося звільнити, після чого смакота раса протосів атакувала базу Сверхразума на Айуре. Кінцівка StarCraft виявилася надто драматичною: щоб знищити Сверхразум, командувачу флотом Тассадара довелося пожертвувати своїм життям і флагманським кораблем протосів. Айур був втрачений для знесилених протосів і став притулком для залишків зергов.
На цьому закінчується сюжет StarCraft 1 і починається сюжет BroodWar - першого офіційного доповнення до гри.
Після битви на Айуре, що вижили протосів доставляють на Шакурас - планету темних темпларов, колись відокремилися від протосів. Однак зерги атакують і це притулок. Єдиний спосіб зупинити Рой - використовувати древній артефакт Зел Нага, але для його активації необхідно знайти 2 кристала, захованих на Бракісе і Чарі - планеті зергов. Щоб добути їх, протоси заручаються підтримкою Керріган, яка хоче отримати контроль над максимальною кількістю зергов. Дізнавшись про зраду Керріган, протоси все ж активують артефакт і знищують усіх зергов на Шакурасе.
Тим часом до планет Доминиона перебуває флот Об'єднаного Земного Директорату (ОЗК) з метою взяти владу в секторі в свої руки. На їхній бік переходить Самір Дюран - колишній офіцер Конфідераціі. Флоту вдається розбити армію Менгска, але його самого рятує Джим Рейнор. Флот ОЗК переслідує Рейнора, але той зникає, завдяки зраді Дюрана. У кінцівці кампанії терран в StarCraft флоту ОЗК вдається захопити новий Сверхразум і підпорядкувати собі частину зергов.
В останній частині сюжету StarCraft: Brood War, Керріган об'єднується з Рейнором, Менгска і протоссамі, щоб розбити флот ОЗК. Після цього Королева Клінков зраджує своїх колишніх союзників: знищує більшу частину їх військ і слід на Шакурас, де викрадає Матріарха протосів. Щоб врятувати свого повелителя, Зератулу доводиться виконати вимоги Керріган і знищити новий Сверразум, після чого Королева Клінков отримує контроль над усіма зергами. Однак зусилля Зератула були марні - Керріган вдалося підкорити волю Матріарха і та стала лише іграшкою в руках Королеви зергов. Зератул змушений вбити зараженого Матріарха.
У кінцівці StarCraft: Brood War на зергов обрушується вся міць об'єднаного флоту протоссов, ОЗК і домініону. Але Керріган вдається не тільки відбити атаку, але і знищити все, що залишилися кораблі ОЗК, що відправилися з донесенням на Землю. На цьому закінчується сюжет першої частини гри StarCraft.