Однозначної відповіді на це питання не існує. Вибір системи залежить від розмірів приміщення, призначеного для системи, від її призначення. На вибір системи впливає кількість маточних рослин і різноманітність видів, які збираються вирощувати. Чи будуть створюватися декоративний сад для краси або вирощуватися овочі для прожитку, а може поєднувати користь з красою? Чи станете вирощувати тільки черешки для їх розповсюдження або це буде повний цикл до отримання врожаю? Зазвичай, чим здійснено система і швидше зростання рослин, тим більше уваги їй потрібно приділяти.
Багато системи гідропоніки вимагають значних фінансових витрат. Їх випускають невеликі підприємства, що не володіють серйозними потужностями і устаткуванням. Значні витрати не повинні засмучувати, так як початкові вкладення швидко окупляться хорошим урожаєм. Оскільки основна частина витрат складається з оплати праці, то будь-який умілець зможе знизити витрати і зробити подібну систему з матеріалів, придбаних в господарському магазині або у компанії, що займається виробництвом комплектуючих для гідропоніки. Якщо сума бюджету при виборі системи є вирішальною, то її можна не купувати в готовому вигляді, а придбавши комплектуючі зібрати самому. Це допоможе оптимізувати витрати на створення установки.
При виборі своєї системи одним з вирішальних факторів є кореневе простір - об'єм контейнера, в якому має бути рости коріння. Найбільше вражає різницею між рослиною, які виросли в грунті, і рослиною, які виросли в контейнері, є розмір кореневого повсті. Для деяких рослин з великою кореневою системою, наприклад, помідорів, простір, відведений для кореневого повсті в безпідставних системах, майже в 10 разів менше, ніж в грунті (пор. 200 літрів і +/- 20 літрів). Це має великі наслідки для обробки, підживлення і зрошення цього кореневого повсті. Більш того, коли рослина утвердилося, і кореневої повсть повністю розвинувся, коріння не припиняють рости протягом всього життя рослини, замінюючи пошкоджені або відмерлі частини, в пошуках нових джерел води і поживних речовин.
Не буває зростання здорових рослин без розмноження та подовження коренів. Значить, з часом кореневої повсть стає щільніше, особливо в замкнутому контейнері. У такій ситуації найважливішим чинником стає оксигенація кореневої зони. Також відбуваються зміни в балансі поглинання мінеральних речовин. Якщо добре доглядати за кореневим повстю, то цей укорочений кореневої повсть підвищить свою ефективність в порівнянні з великим кореневим повстю. Потрібно переконатися, що обсяг горщиків і жолобів забезпечує достатньо місця для росту коренів. Різні дослідження продемонстрували, що глибина контейнера важливіше його ширини: слід дати кореневого повсті стільки вертикального простору, скільки це можливо.
Вибір системи обумовлений метою, для якої вона створюється.