У 1911 році Юнг вийшов з Міжнародної психоаналітичної асоціації і відмовився від техніки психоаналізу в своїй практиці. Він розробив власну теорію і терапію, названу їм «аналітичної психологією». Своїми ідеями він справив значний вплив не тільки на психіатрію і психологію, а й на антропологію, етнологію, культурологію, порівняльну історію релігії, педагогіку, літературу.
У своїх працях Юнг охопив широкий спектр філософсько-психологічної проблематики: від традиційних для психоаналізу питань терапії нервово-психічних розладів до глобальних проблем існування людини в суспільстві, які розглядалися їм крізь призму власних уявлень про індивідуальної та колективної психіці і вчення про архетипи.
У 1922 році Юнг придбав маєток в Боллінгене на березі Цюріхського озера (неподалік від свого будинку в Кюснахті) і протягом багатьох років будував там так звану Вежу. Маючи в початковій стадії вид примітивного круглого кам'яного житла, після чотирьох етапів добудови до 1956 року Вежа набула вигляду невеликого замку з двома вежами, кабінетом, обгородженим двором і причалом для човнів. У мемуарах Юнг описував процес будівництва як втілене в камені дослідження структури психіки.
У 1935 році Юнг був призначений професором психології Швейцарської політехнічної школи в Цюріху. Тоді ж він став засновником і президентом Швейцарського товариства практичної психології.
Серед публікацій Юнга цього періоду: «Відносини між Я і несвідомим» (1928), «Психологія і релігія» (1940), «Психологія і виховання» (1946), «Образи несвідомого» (1950), Символіка духу (1953), « про витоки свідомості »(1954).
Спочатку Юнг розвивав гіпотезу, згідно з якою мислення превалювало над почуттям у чоловіків, а почуття мало більш високий пріоритет у порівнянні з мисленням серед жінок. Згодом Юнг від цієї гіпотези відмовився.
Юнг заперечував ідеї, згідно з якими особистість повністю детермінована її досвідом, навчанням і впливом навколишнього середовища. Він вважав, що кожен індивід з'являється на світ з «цілісним особистісним ескізом ... представленим в потенції з самого народження». І що «навколишнє середовище зовсім не дарує особистості можливість нею стати, але лише виявляє те, що вже було в ній закладено», таким чином, відмовившись від ряду положень психоаналізу. Разом з тим Юнг виділяв кілька рівнів несвідомого: індивідуальне, сімейне, групове, національне, расове і колективне несвідоме, яке включає в себе універсальні для всіх часів і культур архетипи.
Юнг вважав, що існує певна успадковується структура психічного, що розвивалася сотні тисяч років, яка змушує нас переживати і реалізовувати наш життєвий досвід цілком певним чином. І ця визначеність виражена в тому, що Юнг назвав архетипами, які впливають на наші думки, почуття, вчинки.
Лікування за Юнгом йде по шляху інтеграції психологічних складових особистості, а не просто як опрацювання несвідомого по Фрейду. Комплекси, що виникають як осколки після ударів психотравмуючих ситуацій, несуть не тільки нічні кошмари, помилкові дії, забування необхідної інформації, але і є провідниками творчості. Отже, об'єднати їх можна за допомогою арт-терапії ( «активного уяви») - свого роду спільну діяльність між людиною і його рисами, несумісними з його свідомістю в інших формах діяльності. Через різницю в змісті і тенденції свідомого і несвідомого їх кінцевого зрощування не відбувається. Замість цього відбувається поява «трансцендентальної функції», що робить перехід від однієї установки до іншої органічно можливим без втрати несвідомого. Її поява є високо афективною подією - отриманням нової установки.