Кафедра мікробіології утворена 70 років тому в далекому довоєнному 1934 році професором С.А. Бєлявцева. У той час кафедра була розміщена по вулиці Фрунзе, 49 в приміщенні інституту вакцин і сироваток ім. І.І. Мечникова. Надалі кафедру в передвоєнні роки очолювали доценти Б.В. Сулейманов, М.М. Мітюковіч. професор І.А. Герман.
У воєнні та повоєнні роки була закладена основа науково - дослідницької діяльності кафедри. Ще в 19 столітті чудовий мікробіолог, французький дослідник Луї Пастер говорив, про «нескінченно великої ролі нескінченно малих істот». Та тематика кафедри, яку вибрав професор Н.І. Мельников 60 років тому: вивчення властивостей умовно - патогенних мікроорганізмів, виявилася незмінною і завжди актуальною. Тільки «нескінченно малі істоти» вивчаються його послідовниками, очолюваними нині професором Габідулін З.Г. на сучасному молекулярно - генетичному рівні. Так, починаючи з 1945 року під керівництвом професора Мельникова було захищено 28 дисертацій (з них 3-докторські). Вивченню властивостей умовно - патогенних мікробів Микола Іванович присвятив 5 своїх монографій, з яких «Ферменти патогенності і токсини бактерій», написані спільно з М.Г. Гимранова і сином В.Н. Мельниковим - стала настільним посібником для мікробіологів наступних поколінь.
З 1967 по 1984 роки кафедру очолив учень Н.І. Мельникова - заслужений діяч науки БАССР, професор М.Г. Гімранов. Мансур Гімрановіч ще в довоєнні роки закінчив медичний робітфак (1936-1939 рр.) І вступив до медичного інституту, але, не минуло й одного місяця, як був покликаний в Радянську Армію. У рідне село зміг повернутися лише через п'ять років після фронтового поранення і госпіталю, став працювати заступником голови колгоспу. Але тяга до навчання пересилила життєві турботи, і молодий фронтовик знову повернувся в рідний інститут студентом на перший курс і закінчив вуз у віці 32 років.
Н.І. Мельников, М.Г. Гімранов, З.Г. Габідуллін - ці імена знайомі тим, хто отримав диплом лікаря в нашому Башкирському медичному інституті. Тільки ті, хто навчався у Н.І. Мельникова, вже заслужені ветерани-пенсіонери, учні М.Г. Гимранова - це діючі фахівці мікробіологи, а визнана кафедрами мікробіології всіх медичних вузів країни школа проф. З.Г. Габідулліна поповнюється новими славними іменами недавніх студентів - гуртківців.
На кафедрі працюють 8 чоловік професорсько-викладацького складу. Всі викладачі мають вчений ступінь.
Діяльність кафедри з навчальної, наукової роботи та перспектива на наступні роки.
Кафедра мікробіології оснащена технічними засобами навчання: є кольорове кабельне телебачення для показу навчальних фільмів та слайдів при навчанні та контролі знань студентів, комп'ютери, стенди, демонстраційна апаратура.
На кафедрі викладаються курси за вибором для студентів та інтернів фармацевтичного факультету за спеціальністю «Лікар - клінічний лаборант» і «Клінічна мікробіологія».
Багато співробітників беруть участь в роботі методичних комісій і рад. За результатами навчально-методичної роботи кафедра мікробіології незмінно займає одне з лідируючих положень. У перспективі планується створення навчального телефільму силами співробітників.
При кафедрі протягом усіх років традиційно і успішно функціонує науковий студентський гурток. Багато студентські дослідження переростають в кандидатські дисертації, а вчорашні студенти - гуртківці складають кістяк кафедри.