Як і вся Карелія, околиці Онезького озера не відрізняються хорошими кліматичними умовами, але в усі сезони року, будь то довга зима з досить мінливою погодою, коли температура повітря може змінюватися від плюсових значень до -48 °, або коротке прохолодне літо, в окремі дні якого спека сягає 30-35 °, Онего і його околиці незмінно залишаються своєрідними, вражаючими одним їм притаманними особливостями.
Зими тут в цілому м'які, але вітряні. Онезьке озеро розташоване на шляху різних повітряних течій. Щодо вологе і тепле повітря з Атлантики взимку викликаєвідлиги і рясні снігопади, а влітку похмуру і нерідко вітряну погоду. Арктичне повітря з півночі приносить сильні морози взимку, а також весняні і навіть літні заморозки. А коли з півдня і сходу приходять континентальні повітряні маси, встановлюються сухі спекотні дні літа або ясні морозні - взимку.
Помітний вплив на клімат робить і саме озеро. Поблизу нього навесні і раннім літом прохолодніше, ніж у віддалених районах, а в кінці літа і восени, навпаки, температура повітря в прибережних районах дещо вищий. Відбувається це тому, що водна маса Онего повільніше прогрівається, але і повільніше віддає своє тепло в порівнянні із сушею.
Під впливом вітрів в крижаному покриві Онезького озера утворюються тріщини і розводдя, ширина яких іноді вимірюється кілометрами, а товщина льоду може змінюватися від десятка сантиметрів до метра і більше; навали льоду на мисах і островах нерідко досягають висоти кількох метрів. Їздити і ходити по льоду на великі відстані буває небезпечно, а іноді і просто неможливо, тим більше, що лід не в кожну зиму покриває центральну частину озера.
Взимку озеро представляє собою безмежних білу гладь, сліпуче виблискує під променями зимового сонця або клубочилася поземкою під низьким пухким повстю сірих хмар. Але в будь-яку погоду ця безмежна біла широчінь, яку порушував темними плямами порослих лісом островів, не залишить байдужим жодного любителя природи.
У ясні і тихі літні ночі, коли зниження температури внаслідок випромінювання бувають дуже значні, можливі заморозки, з падінням температури від -2 до -6 °.
І не пускаючи темряву нічну
На золоті небеса,
Одна зоря змінити іншу
Поспішає, давши ночі півгодини.