У Петербург С. П. Крашенинников повернувся тільки на початку 1743 р пробувши в експедиції майже дев'ять років.
Разом з іншими учасниками експедиції С. П. Крашенинников брав участь в складанні географічних описів окремих місць Сибіру, які дали можливість керівникам академічного загону підготувати загальні географічні описи Сибіру.
Завдяки цій роботі значно розширювався коло знань молодого студента, якому незабаром судилося вести важливі самостійні дослідження. Професори Міллер і Гмелін відзначали не тільки його велика старанність і точність, а й його підготовленість до роботи.
Прибувши до гирла р. Великий, «Фортуна» не могла увійти в нього і була викинута на берег. Під час аварії у С. П. Крашеніннікова загинула велика частина спорядження і всі особисті речі. У нього залишилася тільки одна сорочка. Через кілька днів на п'яти човнах він і його супутники піднялися вгору по р. Великий і прибутку в Большерецк.
Уже в перші місяці свого перебування на Камчатці С. П. Крашенинников склав реєстри були тут звірів, птахів, риб, дерев і трав, з російськими та камчадальская назвами, і підготував детальний план збирання відомостей «про віру, житіє і про інші поведениях жителів» , про річках, що впадають в Пенжинской море; тоді ж їм був розроблений план поїздок в різні частини Камчатки для збору відомостей на місці. Незабаром С. П. Крашенинников став збирати історичні звістки: «хто з самого початку бував на Камчатці, і ким вона і в якому місці спершу завойована і від чого вона Камчатці називається»; збирав він і матеріали про сучасний стан Камчатки, вимагаючи від місцевих канцелярій - Большерецка, Верхнекамчатск і Нижньокамчатську - відповідних офіційних даних.
Кінець 1738 був зайнятий поїздками в Верхній і Нижній Камчатські остроги, котрі принесли дуже великі результати. На р. Кикчік С. П. Крашенинников був присутній на «іноземческом святі», який їм був детально описаний, а в Верхньо-Камчатському острозі він займався переглядом наявного тут великого архіву старих справ. Від місцевих старожилів йому хотілося зібрати відомості про початковий завоюванні Камчатки. Одночасно він збирав звірів, птахів і риб, зразки рослинності, ягоди і записував слова місцевого камчадальского прислівники.
Перші три місяці 1739 г. С. П. Крашенинников пробув в Нижньо-Камчатському острозі, звідки їздив до гирла Камчатки і верхів'я її. Він продовжував робити метеорологічні спостереження, вів бесіди з місцевими людьми про недавнє розорення Нижньо-Камчатського острогу, про річках, що впадають в Східне море, про звірів, про птахів. Дорога назад від гирла Камчатки в Большерецк він зробив по березі Східного моря. Після прибуття в Большерецк він клопотав про влаштування житла до очікуваного приїзду на Камчатку Міллера і Гмелін, яким продовжував повідомляти детально про всі свої роботах.
Приїзд Стеллера докорінно змінив положення С. П. Крашеніннікова. З самостійного керівника, який провів величезну збиральної і дослідницьку роботу, він повинен був зайняти підлегле становище, ставши «під команду» ад'юнкта Стеллера, якому, відповідно до розпорядження Академії, довелося передати всі зібрані матеріали і опису.
Висока думка професорів про С. П. Крашеніннікова, безпосереднє знайомство Стеллера з його роботами все-таки не повели до встановлення між Стеллером і Крашенинникова добрих відносин.
На наступний день після підписання ордера Крашенинникову Стеллер виїхав з Большерецка в Авачінекую губу, до місця перебування суден експедиції «Св. Петра »і« Св. Павла », і для отримання від нього остаточних інструкцій С. П. Крашеніннікова довелося ще раз перетнути Камчатку.
Обрання С. П. Крашеніннікова в ад'юнкти послідувало після обговорення в Конференції його дисертації по іхтіології, про яку (як і про інші роботи) Гмелін дав вельми позитивний відгук; інші академіки, а також ад'юнкт Ломоносов хвалили старанність Крашенинникова і висловлювали сподівання, що в подальшому він зробить ще більше, і одностайно визнали його гідним звання ад'юнкта.
У 1745 р С. П. Крашенинников став працювати в академічному Ботанічному саду, яким завідував тоді професор сигезбекії; в травні 1747 року після відходу сигезбекії з Академії, Ботанічний сад перешити в завідування С. П. Крашенинникова; на цій посаді він залишався до 1749 р
Ця мова показує, що за своїм світоглядом Крашенинников стояв на рівні найбільш передових ідей першої половини XVIII ст. Одним з центральних пунктів філософських поглядів С. П. Крашенинникова було твердження про відсутність у людини будь-яких вроджених принципів або первинних понять, отриманих при початку його буття. С. П. Крашенинников висловив ряд цінних думок про виняткове значення виховання, маючи на увазі під ним всю сукупність суспільного впливу на людське мислення. Він намагався пояснити, чому люди по-різному ставляться до одних і тих же порядків, які існують у суспільстві, до одних і тих же ідеалам, нормам поведінки і т. Д. Різниця поглядів людей, по Крашенинникову, визначається інтересами, які панують у середовищі того чи іншого народу або даного прошарку суспільства. Розвиток наук і ремесел С. П. Крашенинников намагався пояснити матеріальними потребами людства.
Частини перша і друга складають перший том «Опису землі Камчатки». Том другий містить в собі частини третю і четверту.
Але С. П. Крашенинников був не тільки натуралістом, етнографом нм лінгвістом, він був також і істориком: четверта частина його «Опису землі Камчатки» присвячена історії підкорення Камчатки - «про колишніх в різні часи бунтах, зради і про нинішній стан тамтешніх російських в'язниць ». Для цієї частини «Опису» Крашенинников не тільки зібрав велику кількість архівних та інших матеріалів, але і піддав їх критичного вивчення. Ця частина «Опису» є найкращим, що було дано з історії Сибіру російської історичної наукою протягом усього XVIII ст.
Що вийшов в 1756 р праця С. П. Крашенинникова «Опис землі Камчатки» був не тільки першим російським твором, в якому дано всебічний опис однієї з областей Сибіру, привлекавшей до себе велику увагу в XVIII в. але був першим і в західноєвропейській літературі. Дуже скоро після російського видання з'явилися переклади праці С. П. Крашенинникова і на іноземні мови: англійська, німецька, французька та голландський. Праця С. П. Крашеніннікова, який здобув широку популярність в Росії і на Заході, поставив ім'я С. П. Крашеніннікова в ряду славних імен вчених XVIII в. якими пишається російська наука.
На наступний день дружина Крашеніннікова, Степанида Іванівна, подала в Академію «доношение», в якому повідомляла, що залишилася з шістьма малолітніми дітьми в такому стані, що і тіло чоловіка поховати нічим, і просила видати за його чесну і сумлінну службу річну платню і особливо на поховання; прохання було задоволено і вона отримала 858 руб .; в тій же постанові, де говорилося про видачу, читаємо: «а за те, що їй, вдові, буде річну платню, відібрати у неї в Академію після оного чоловіка його власні книги і манускрипти і зберігати в конференц-архіві». На підставі складеної після похорону Крашеніннікова опису колекцій насіння, книг і рукописів велика частина їх надійшла в ботанічний сад, бібліотеку і архів Академії, де вони зберігаються досі.
- Андрєєв А. І. Степан Петрович Крашенинников / А. І. Андрєєв // Люди російської науки. Нариси про видатних діячів природознавства і техніки. Геологія і географія. - Москва. Державне вид-во фізико-математичної літератури, 1962. - С. 345-355.