Вибір матеріалу для дослідження обумовлений клінічною формою хвороби. Матеріалом для дослідження служать носоглоточная слиз (від хворих і носіїв), ліквор, кров, гній з мозкових оболонок, зішкріб з елементів геморагічної висипки на шкірі та ін. При цереброспінальної менінгіті основним досліджуваним матеріалом є ліквор, який беруть в день госпіталізації хворого асептически люмбальної пункції в кількості 2-5 мл. Ліквор збирають в стерильну пробірку і відразу ж сіють на поживні середовища або ж негайно, не допускаючи охолодження, відправляють в лабораторію. Носоглотковий слиз беруть спеціальним тампоном, зігнутим під кутом, з задньої стінки глотки при візуальному контролі, вводячи тампон за м'яке піднебіння. Від трупа досліджуваний матеріал (гній з оболонок мозку, з шкірних поразок і т. П.) Беруть під час розтину. Оскільки менінгококи дуже нестійкі поза організмом людини, клінічний матеріал транспортують в утеплених контейнерах при 30-35 ° С.
Для мікробіологічної діагностики застосовують бактериоскопический, бактеріологічний і серологічний методи. Бактеріоскопічне дослідження ліквору і крові дозволяє визначити наявність збудника. При наявності гнійного ліквору готують мазки без попередньої обробки; якщо ліквор прозорий або мутний, його центрифугують при 3500 об / хв протягом 5 хв, а потім з осаду готують мазки, які забарвлюють по Граму, метиленовим синім і іншими методами для визначення лейкоцитарної формули, виявлення менінгококів і визначення їх кількості. При мікроскопії мазків ліквору в позитивних випадках спостерігають полінуклеарних лейкоцити, еритроцити, нитки фібрину і менингококки у вигляді типових грамнегативних диплококков бобовидной форми, оточених капсулою у вигляді плохоокрашенного ореолу. Результати мікроскопічного дослідження использу- ються тільки в якості попереднього, орієнтовного відповіді, оскільки морфологічно не можна віддиференціювати менінгокок від інших грамнегативних бактерій, здатних викликати менінгіт (гонококи, інші нейсерії, гемофілія, бранхамелли). Для мікроскопічного дослідження крові готують препарат «товстої краплі», який висушують і фарбують метиленової синькою без фіксації. При мікроскопії в позитивних випадках виявляють на блакитному тлі менингококки, що мають типову морфологію, оточені капсулою у вигляді безбарвного ореолу. Трупний матеріал досліджують тільки бактериоскопически через низьку життєздатності менингококка. Носоглоткова слиз НЕ Мікроскопують через наявність в ній умовно-патогенних нейсерії, морфологічно подібних з менингококком.