Був одружений на Наталії Валеріївні Магнітського (дев. Прізвище Жарикова). Син Микита.
Кримінальну справу про ухилення від сплати податків
Справа Hermitage Capital Management
Магнітський був керівником відділу податків і аудиту в фірмі Firestone Duncan, яка чинила юридичні послуги, в тому числі і фонду Hermitage Capital Management.
«Протягом кількох років подібним чином уводились з бюджету десятки мільярдів рублів, віднімають бізнес у російських підприємців, а самі вони відправлялися у в'язницю за сфальсифікованими звинуваченнями. У цій схемі були задіяні багато офіцерів МВС, співробітники прокуратури, податкових органів, судді, адвокати ».
У пресі поширюється версія про причетність до справи співробітників податкових органів. За даними експертів Hermitage, колишній начальник московської податкової № 28 Ольга Степанова на викрадені з бюджету гроші купила шикарний особняк в Підмосков'ї і нерухомість в Дубаї [8] [9].
У Дубаї знаходиться оформлена на її колишнього чоловіка, Владлена Степанова, розкішна вілла, а також чотири квартири, записані на нього самого і ще на двох заступників Ольги Степанової по московської податкової інспекції номер 28.
Ініціатором в організації переслідування загиблого юриста є А. В. Аничин - начальник Слідчого комітету при МВС РФ [17].
Колеги Магнітського говорять, що в ході слідства він звинуватив у корупції ряд співробітників російських силових структур, і від нього домагалися відмови від цих показань [18]. Разом з тим, за іншими оцінками [яким? ] Магнітський цього не робив.
Починаючи з моменту затримання, Магнітського допитували в цілому чотири або п'ять разів. Ніяких інших слідчих дій з ним не проводили [19]. С.Магнітскій себе називав заручником. У суді він сказав: «Ваша честь, мене фактично взяли в заручники. Моя персона мало кого цікавить, всіх цікавить персона глави Hermitage »[19].
Зазначені обставини суперечать з'явилися у пресі твердженнями про те, що
... слідчий СК МВС Сильченко, незважаючи на приписи лікарів СІЗО, цинічно відмовив у проханні адвокатів про надання медичної допомоги Сергію Магнітському "[20]
- Law and Order in Russia