До 1917 року монастир існував як чоловічий.
За минулу з тих пір час при були відновлені і відреставровані Петропавлівський і Архімандрітскій корпусу, буквально піднято з попелища прочан корпус, відновлена архіпасторський готель і заново побудований центральний Храм Преподобного Стефана Махрищського, освячений найсвятішим Патріархом Московським і Всієї Русі Алексієм. Практично заново відбудований Трапезний храм, відновлений з руїн Надбрамний Храм Преподобного Сергія Радонезького.
Понад шість століть тому, в п'ятдесяті роки 14 століття, була заснована свята обитель преподобним Стефаном, вихідцем зі стін Києво-Печерського монастиря Через утиски уніатів, широко поширилися в землях Київського князівства після заволодіння ним великим литовським князем Гедиміна, преподобний Стефан був змушений покинути рідні місця і шукати притулку в Москві, де він був привітно зустріли великим князем Іваном II Івановича Лагідним (1353 - 1359), який запропонував йому оселитися в будь-якому московському монастирі. Але в пошуках усамітнення преподобний Стефан побажав оселитися в тихому і віддаленому місці в межах Московського князівства З цією метою він вирушив у північні землі князівства і зупинився в лісовому урочищі, що зветься по річці Махріще. Обране місце знаходилося в 35 кілометрах від Троїцької обителі відомого тоді всюди преподобного Сергія Радонезького Преподобний Стефан отримав від Великого князя не тільки грамоту на користування знайденим місцем, по і пожертвування на будівництво монастиря Чутка про благочестя преподобного поширилася серед навколишніх жителів До угоднику стало притікати чимале число бажаючих оселитися в його пустелі ревнителів чернечого життя Незабаром виникла необхідність спорудження першого храму, трапезної, келій, а також огорожі. Спільними зусиллями братства все це було з успіхом побудовано, і преподобний Стефан попрямував до Москви до святителя Московського Алексія за благословенням на освячення збудованої ним церкви на честь Святої Живоначальної Трійці. Митрополит Алексій присвятив його в сан пресвітера і поставив ігуменом заснованого ним монастиря. У Махрищському монастирі, як і в обителі преподобного Сергія, був введений чернецький статут.
Чимало скорбот довелося зазнати преподобному Стефану і в справі улаштування монастирського життя. Селяни села Юрцово грубо повстали проти преподобного, боячись, що він опанує їх землями. Це змусило преподобного покинути на час Махрищському обитель, залишивши управління ієромонаху Іллі. Взявши з собою ченця Григорія, преподобний Стефан вирушив на північ. Минувши Вологду, поблизу річки Сухони він заснував близько 1370 року Троїцький Авнежскій монастир.
З кончиною в Бозі покійного ігумена від тіла його повіяло пахощами, у чому братія зрозуміла явне свідчення про сприятливий його заступництво перед Богом. Похований преподобний був біля стін спорудженої їм Троїцької церкви. Згодом над могилою від одного кореня виросли три великі берези, в вершинах своїх зрощені у вигляді шатра, осіняє місце спочинку праведника. При мощах преподобного Стефана відбулося чимало зцілень хворих, з вірою, хто до угодника Божого.
В кінці XV століття в монастирі сталася сильна пожежа, який майже повністю знищив усі будівлі. У згорілому монастирі залишилися лише кілька братії, що зберегли чернецький статут. Монастир виявився в крайньому запустінні. У 1557 році ігуменом став Варлаам, прадід якого, ієромонах Серапіон, трудився в Махрищському монастирі, пам'ятав преподобних Сергія і Стефана і, будучи вже древнім старцем, багато розповідав про них правнука. Ігуменство Варлаама було часом розквіту обителі, число братії склало більше 60 чоловік З особливою ретельністю він зібрав всі відомості про життя преподобного Стефана і чудеса, колишніх від його труни, і підніс свою працю царю Івану Васильовичу Грозному, а також і митрополиту Макарію, який осгавіл помітний слід в церковному і культурному житті Русі. Монументальний багатотомна праця святителя Макарія - Великі Макаріевскіс Четьї-Мінеї стали видатною пам'яткою духовної писемності Руської Церкви. Великий вплив святитель Макарій надавав і на молодого царя Івана Грозного, який називав його "бажаний добрих справ і любові". З благословення митрополита ієромонах московського Данилова монастиря Іоасаф написав житіє і службу преподобному Стефану. Не випадкові, мабуть, і неодноразові відвідування царем Махрищського монастиря і пожертвування їм 200 рублів на будівництво кам'яної церкви Святої Трійці на місці згорілої При побудові нового кам'яного храму Святої Трійці в 1557 році були знайдені нетлінними мощі преподобного Стефана. За відкритті труни повіяло пахощами. На персях преподобного виявився незотлілим шкіряний пояс з тисненим зображенням двунадесятих свят. За велінням митрополита Макарія пояс був вкладений в срібний визолочений хрест, від якого багато хто став отримувати зцілення.
З благословення священноначалія мощі преподобного були залишені під спудом (в могилі), а над ними споруджена церква в честь преподобного Стефана, що стала північним боковим вівтарем Троїцького храму Освячено приділ був в 1558 році в присутності Івана Грозного і його дружини Анастасії, яка пожертвувала облачення на престол, пелени до ікон і покрив на раку преподобного Стефана. Будівництво ж Троїцької соборної церкви тривало ще близько десяти років. Це був четирехстоллпний на подклети одноголовий храм з кам'яними галереями із заходу і півдня і другим (крім Стефанівського) боковим вівтарем на честь Володимирської ікони Божої Матері, розташованим в дьяконніке вівтаря Троїцької церкви.
Після Смутного часу новий підйом Стефано-Махрищського монастиря пов'язаний з ім'ям митрополита Московського Платона (Левшина, 1731 - 1812), видатного богослова й проповідника, чимало зробив для перетворення духовних шкіл і Московської Духовної Академії зокрема. Владика полюбив Махрищський монастир і в літню пору дві-три тижні проводив в його стінах. Піклуванням митрополита Платона споруджена кам'яна огорожа (1791 - 1792), над східними воротами - церква Преподобного Сергія Радонезького (1792), а над північними - Первоверховних апостолів Петра і Павла (1806), братські корпуси, перебудована стародавня Троїцька церква (1807 - 1808).
У XIX столітті монастир продовжує упорядковувати будуються нові будівлі, до Троїцької церкви прилаштовується триярусна дзвіниця, зводиться кінний і обори, оранжерея. У 1900 році старанням ієромонаха Аліпія в монастирі влаштовується дитячий притулок для сиріт і дітей бідного навколишнього населення і церковно-парафіяльна школа. При монастирі була велика бібліотека, яка поповнювалася періодичними виданнями. "Русский паломник", "Керманич", "Церковні душеполезниє читання" та іншими.
У 1906 році урочисто відзначалося 500-річчя з дня смерті преподобного Стефана. У центрі монастиря височіли два храми - Стефановський і поблизу нього, з півдня - Троїцький. У першому під спудом спочивали мощі засновника монастиря. Храм цей неодноразово перебудовувався і на початку століття за проектом архітектора І.Ф. Мейснера був увінчаний наметом.
У 1887 - 1890 роках за проектом "некласного художника архітектури" А.П. Белоярцева до Троїцької церкви була прибудована триярусна дзвіниця, що стала вертикальної домінантою всього монастирського ансамблю.
Зараз поступово відновлюються з руїн монастирські будівлі. При постійній турботі правлячого архієрея - архієпископа Володимирського і Суздальського Євлогія, сестри монастиря на чолі з настоятелькою черницею Єлисавета поступово відроджують святу обитель. Входять в чернече життя, прагнуть знайти в своїй обителі спасіння душі, бути корисними для стражденного світу.
В даний час в монастирі проживають 20 насельниць, які несуть повсякденні монастирські послуху - читання Псалтиря, кліросний, швейне, трапезна і різні господарські.
". У Стефано-Махріщенском монастирі існує дитячий притулок для дівчаток."
Не встигли увійти на територію, як охоронець прочитав нотацію про те, що прогулянки по монастирю заборонені. Треба напевно бігом було в церковну лавку бігти (туди можна!), А ми біля ставка з качками затрималися. Красиво всередині монастиря, але після таких нотацій все настрій пропало. Для кого тоді стенд з иформации про святих монастиря, історію обителі та інше. Для сестер та інших місцевих мешканців?
Чому людина не може просто пройтися, подумати про щось своє, помилуватися навколишньою красою, старовинною архітектурою?
У Дивеєво ні з чим подібним не стикалися! Простіше треба бути!
Дивно, що зовсім в історії даного монастиря не згадується про існування дитячого будинку в період з 1942-по 1975, де виховувалися післявоєнні діти, лише кажуть, що монастир був осквернений, а ким інтресно. дітьми