Суспільно-політична і військова організація українського козацтва Запорізька Січ довго зберігала відносну автономію в Російській імперії, оскільки грала видну роль в її війнах з Туреччиною і Кримом.
Після возз'єднання України з Росією (1654), на Запоріжжі були поширені привілеї, якими користувалися інші російські козачі війська. Запорізьке козацтво захищало південні кордони Росії, але одночасно і вкривало втікачів, які ховалися на Січі від переслідування царських властей.
Уряд Катерини II змушений був терпіти козацьку вольницю, поки потребувало її допомоги для боротьби з турками і татарами. Однак, після перемоги в російсько-турецькій війні 1768-1774 років, царський уряд перестало потребувати збереженні Січі. Крім того, під час Селянської війни 1773-1775 років, коли проти режиму Катерини II виступила повстанська армія Омеляна Пугачова. на Запоріжжі відбулися антиурядові хвилювання.
Землі запорожців стали роздавати російським і українським поміщикам, а місцеве населення закріпачує або перетворювалося в державних поселян. Багато козаків бігли в турецьку Добруджу, де заснували Задунайську Січ і значилися на султанської службі.
У 1787 році з колишніх запорожців, що залишилися в російському підданстві і жили поблизу турецького прикордоння на Південному Бузі, було утворено Чорноморське козацьке військо. Але в 1792-1793 роках, після нових перемог Росії над Туреччиною, його загони були переселені на Північний Кавказ, де виникло кубанське козацтво.