Імператриця писала: "Як правда і сущою справедливості першими предметами доброчинність Виховного Будинку, після несчастнорожденних немовлят, повинні бути ... стражденні хворобами і ранами, день від дня більш вкорінюється від єдиного недоліку в лікарських засобах, або овдовілих з численним сімейством і без достатнього при старості своїй прожитку інші свої дні в прикрості, сльозах і забутті ".
До записки було докладено статут, кошторису, штатного розпису цих закладів.
У тому ж 1803 році були призначені почесним опікуном граф А.І. Муханов, а головним лікарем - колишній головний міський лікар м Касимова Христофор Опель. У перший час прийом у відкритій лікарні становив понад 400 осіб, пізніше все більше і більше. Але це було лише амбулаторне відділення. Постало завдання відкрити велику лікарню в новому побудованому будинку.
В їх листах - входження в кожну дрібницю організації, порядку і опіки на рівні державної політики, але ця остання часто опинялася в світлі ідеї про доброчинність, жалісливого участі до оточуючих і імператриці, і почесного опікуна.
З самого початку життя лікарні фарбувалася якимось офіціозом і ознаменувалася високими відвідуваннями: Марія Федорівна відвідала лікарню в 1817 і 1826 роках, імператор Олександр I - в 1816 р Микола I - в 1826 г. (під час коронації). Марія Федорівна залишала Москву задоволена і давньою столицею і лікарнею. Особливо вчасно відвідування лікарні вона прагнула заохотити діяльність лікарів. Призначення, як і нагородження, по лікарні зазвичай не обходилося без участі Марії Федорівни.
Першими діячами постійної лікарні стали лікарі, які служили в лікарні для приходять: штаб (лікар Опель в якості головного лікаря, Щіровскій - старший лікар, Рожалин, що надійшов в 1803 р палатним ординатором; в 1806 р надійшли штаб (лікар Андрій Гібнер, Нордбург і Євстафій Редінг. Всі вони несли службу і в по пожежну Москві, зайнятої армією Наполеона. Тоді лікарня була перетворена у Французький військовий госпіталь, і лікарі були змушені "з жалем", за словами А. опель, лікувати ворожих солдатів - такою була лікарський обов'язок, і такеило прийнято тоді в Європі положення про нейтральності лікарської справи. Але платню від наполеонівського уряду лікарняні лікарі, за спогадами опель, відмовилися приймати.
Михайло Андрійович Достоєвський вступив в лікарню навесні 1821 року, залишивши військову службу в чині штаб (лікаря, віддавши чимало років військовим госпіталях. За його плечима була участь як лікаря у війні 1812 року -він вийшов студентом 4 (го курсу Московської Медико (хірургічної Академії для "користування хворих і поранених" після Бородінської битви. він в числі лікарів на чолі зі знаменитим лейб (медиком Лодер забезпечував евакуацію з Москви понад 20 тисяч поранених. Тепер він вступив в установу по суто цивільному відомству і прослужить в ньому шістнадцятковим дцять років. Почав він молодшим ординатором з платнею 800 рублів річних, якого не вистачало навіть на навчання синів. Чергування, прийом незаможних пацієнтів. Натовпи московської голоти заповнювали прібольнічний двір - під вікнами казенних лікарських квартир і біля колонади лікарняного будівлі. Все це бачив Федір Достоєвський ще отроком, що наклало від печаток на майбутні твори великого письменника.
Згідно бажанням імператриці лікарня ділилася на дві половини: хірургічну і терапевтичну. У кожній був консультант, запрошений зі сторонніх славнозвісних фахівців; в допомогу консультантам давалися по два палатних лікаря на кожне відділення, а, крім того, прикомандировувалися з Медико (хірургічної Академії "кандидати" медицини (вони отримували 150 рублів платні і квартирні). Марія Федорівна намагалася завести при лікарнях клінічний інтернат по французькою та англійською зразкам , причому консультанти повинні були займатися практичним викладанням медицини.
Але це "кандидатам" не подобалося в Маріїнській лікарні. Уже перші статути передбачали, що молоді лікарі мають в лікарні шанс вдосконалюватися в своїй професії під керівництвом досвідчених медиків, лікувальна справа в цілому, методи лікування повинні були бути в русі, розвитку. Ставилося науково-дослідна база на можливе тоді рівні. Таким чином, по мимо прийому хворих, лікарня мала на меті стати клінічним закладом. Йшов пошук нових або раніше невідомих способів лікування складних захворювань. Так, до середини століття зусиллями доктора Осиповського була переможена важка хвороба - "гангрена" (вид гангрени) Взагалі в московську лікарню були залучені кращі медичні сили, середних не тільки Альфонський, майбутній декан медичного факультету, а потім і ректор Московського університету, але і знаменитий Овер (лікував Гоголя) та інші.
Посада консультанта, також надавала лікарні клінічний характер. В консультанти був запрошений, наприклад, відомий лікар Василь Різенко; він випустив один з номерів Медико (фізичного журналу (орган першого в Росії наукового медичного товариства). Про особовий склад лікарні в Москві говорили: відрізняється особливою старанністю, лікарняні порядки користуються в місті такої блискучої репутацією, що служать прикладом для наслідування, по відкликанню статського радника Малиновського, головного наглядача прочан будинку графів Шереметєвих. Марія Федорівна писала Муханову, що іноземці чули про лікарні і хочуть її оглянути. Микола I, який відвідав її під час коронації, знайшов її повному порядку.
Були прикомандировані вдови як сестри милосердя з 1821 року, для практики 10 фельдшерів - учнів зі школи в виховній Будинку. І це теж совершенствовало клінічне призначення лікарні. Для літнього розміщення хворих було надбудовано другі і треті поверхи флігелів. Облаштовувалися сушарні, пральні, територія (квітники, ліхтарі), вирощувалися на задньому дворі городні культури для здорового харчування хворих. Була заведена стайня. Кіньми могли користуватися часто практикуючі лікарі, такі як Михайло Андрійович Достоєвський. Скрізь панував справді німецький порядок (імператриця була німкеня).
У листах імператриці очевидно прагнення її створити самостійну фінансову базу лікарні, витягувати відсотки з власного капіталу. Підставою власного капіталу служили: кружечного збір (в лікарняній церкви), внески від власників карткового відкупу, особисті пожертвування (часто московських купців), відрахування з доходів Виховного Будинку.
Лікарня розвивалася надалі в традиціях, закладених в цей ранній період. Постановка лікувальної справи - насамперед воно, лікарі, які перебувають в "служінні" стражденним і серед них батько майбутнього письменника, порядок і організація всього життя забезпечили те, що до середини століття московська Маріїнська лікарня для бідних була визнана в Європі видатної серед закладів такого роду.
У подальшій історії лікарні були неминучі перепади - періоди динамічного розвитку і, навпаки, застою. Змінювалася система управління, і, порівняно з одомашненим веденням справ під час Марії Федорівни і Муханова, з опікунськими радами посилювалися оказеніваніе, відома бюрократизація цієї установи. У той же час визрівала і розвивалася його науково-дослідна база і благодійна спрямованість. Так, при лікарні були відкриті притулок для 12-ти невиліковних хворих Маріїнського благодійного товариства. Надаючи медичну допомогу, лікарня не залишалася осторонь від військових дій. У російсько-турецьку війну вона відкрила госпіталь "Червоного хреста" .Вона вступала в XX століття, відкривши курси для підготовки санітарів в 1904 р (російсько-японська війна), а в I Світову війну в 1913 році деякі її лікарі добровільно йшли на фронт .