Поряд з успіхами в деяких областях сучасний етап характеризується наявністю серйозних проблем і труднощів, політичних, економічних, торговельних, що ускладнюють і уповільнюють розвиток інтеграції вглиб, здійснення необхідних реформ. Прикмета нинішнього часу - посилення ідеологічних і політичних відмінностей і розбіжностей, що становить контраст з періодом 90-х років, коли в Південній Америці правили однотипні політичні режими, що орієнтуються на США і проводили неоліберальну економічну політику. Наявність в МЕРКОСУР серйозних проблем викликає сумніви в його життєздатності у деяких дослідників, які висловлюють припущення про його можливе поглинання більш широким об'єднанням - УНАСУР. На нашу думку, це малоймовірно, оскільки проблеми УНАСУР набагато складніше, так як в нього входять ще більш різнорідні країни, між якими існують численні прикордонні, політичні і економічні конфлікти. За роки існування цього об'єднання його члени не змогли домовитися навіть про кандидатуру генерального секретаря. На порядку денному УНАСУР не варто глибока інтеграція, це організація по політичному і економічному співробітництву, і поглощеніеім МЕРКОСУР може статися лише в разі повного провалу інтеграційних програм останнього. Тим часом МЕРКОСУР придбав дуже істотне значення для входять до нього країн, в його рамках створено такі зв'язки і інтереси на основі взаємної торгівлі та інвестицій на десятки мільярдів доларів, що його провал навряд чи можливий.