До 1970 року більшість дослідників зосереджували свою увагу на Наддесневой, а не на підясневих нальоті. Підясенна мікрофлора складається, в основному, з анаеробів, більшу частину яких неможливо культивувати. Після вирощування їх не можна було віднести до якого-небудь з відомих видів.
Отже, мікробну специфічність захворювань періодонта було дуже важко показати. Пізніше стало можливим застосування процедур кількісного культивування анаеробів, завдяки чому були виявлені кілька нових видів, пов'язаних з різними захворюваннями. Однак простий зв'язок може і не бути причинно-наслідкового, тому етіологічну роль деяких з цих видів бактерій ще належить з'ясувати. Нижче ми наводимо опис тих видів анаеробів, про яких є найбільше інформації.
У зразках поддесневого нальоту, взятих з зубо-ясенної кишені, міститься багато спирохет. Багато спірохети мають діаметр менше 0,2 мм і можуть проникати в м'які тканини поруч з нальотом. Treponema denticola, одна з небагатьох спирохет, піддаються культивуванню, виділяє велику кількість протеолітичних ферментів, що робить її однією з головних «підозрюваних» в патогенезі захворювань періодонта. При гінгівіті кількість спірохет збільшується, досягаючи максимального значення при розвитку періодонтиту (в цьому випадку спірохети можуть становити половину всієї мікрофлори).
Чорні пігментовані бактерії (ЧПБ).
ЧПБ представлені як мінімум дев'ятьма видами і суттєво відрізняються від кишкових бактероидов.
Porphyromonas gingivalis
Р. gingivalis часто виявляють у великих кількостях при важких формах періодонтиту (наприклад, при ранньому періодонтит), а також в зубному нальоті пацієнтів, яким не допомагає лікування, засноване на механічному видаленні нальоту.
Bacteroides forsythus
Ця бактерія найбільш часто присутня у пацієнтів із захворюваннями ясен, причому в уражених місцях вона є переважаючим представником мікрофлори.
Actinobacillus actinomycetemcomitans (AA)
Існує безліч свідчень того, що цей організм є етіологічним фактором локалізованого юнацького періодонтиту. АА вкрай рідко присутній в зубному нальоті, взятому зі здорових ділянок. У пробірці АА виділяє лейкотоксін, який пригнічує нейтрофіли. Якщо в природному середовищі АА також виділяє лейкотоксін (що цілком ймовірно), то він може локально «обеззброювати» нейтрофіли в зубо-ясенній кишені, тим самим усуваючи природний захисний бар'єр і дозволяючи мікроорганізмам проникати в сполучну тканину, що призводить до руйнування періодонтальних зв'язок.