Всі перераховані акти митного законодавства Митного союзу діють на всій митній території Митного союзу. Якщо митне законодавство передбачає, що митне регулювання в Митному союзі здійснюється відповідно до законодавства держави - члена Митного союзу, таке законодавство діє на території даної держави - члена Митного союзу.
За загальним правилом при митному регулюванні застосовуються акти митного законодавства Митного союзу, а також законодавчі акти держав - членів Митного союзу в сфері оподаткування та державного регулювання зовнішньоторговельної діяльності, що діють на день реєстрації митної декларації або інших митних документів. В окремих випадках може бути передбачений інший порядок. Наприклад, в разі випуску товарів до подання митної декларації (ст. 197 ТК).
Особливий порядок встановлюється щодо випадків переміщення товарів через митний кордон з порушеннями вимог, встановлених митним законодавством Митного союзу. До таких товарів застосовуються митне законодавство Митного союзу, заходи митно-тарифного регулювання, заборони і обмеження, законодавчі акти держав - членів Митного союзу в сфері оподаткування, що діють на день фактичного перетину товарами митного кордону. Якщо день фактичного перетину товарами митного кордону не встановлено, застосовуються норми, що діють на день виявлення порушення встановлених вимог.
Особливі випадки застосування норм митного законодавства діють тільки в тому випадку, якщо інше регулювання не передбачено самим ТК або міжнародними договорами держав - членів Митного союзу.