У 1938 році Цирульников був необгрунтовано репресований і спрямований на роботи в Особливе технічне бюро Управління НКВД по Ленінградській області, яке знаходилося в відомих «Хрестах» і було організовано з метою всебічного використання укладених фахівців для виконання спеціальних конструкторських робіт оборонного замовлення.
На початку Великої Вітчизняної війни Особливе технічне бюро підлягало евакуації з Ленінграда поряд з іншими підприємствами оборонного значення. Спочатку передбачалася відправка фахівців-конструкторів в Казань. Однак плутанина перших військових місяців привела їх в Томську в'язницю, де ув'язнені фахівці перебували близько року без роботи. І тільки влітку 1942 року вони були переведені в Молотов. Тут Особливе технічне бюро з ленінградських «Хрестів» увійшло до складу Мотовиліхинський заводу ім. Леніна (№172). З цього моменту за бюро закріпилася назва ОКБ-172. Сюди потрапив і Михайло Цирульников, який відіграв велику роль в роботі досвідченого конструкторського бюро №172 (ОКБ-172), будучи керівником ряду проектів.
Одним з найважливіших досягнень інженерів ОКБ-172 було їх участь в розробці протитанкової гармати М-45, знаменитої «сорокапятки», «Ганнусі», як ласкаво називали її артилеристи, що стала одним з найпопулярніших знарядь Великої Вітчизняної війни. Ось як пише про це в своїх спогадах один із соратників Цирульникова по ОКБ-172 В. Н. Яворський:
«Ми опинилися в Пермі, де розташований найстаріший артилерійський завод« Мотовіліха ». Частина в'язнів розмістили на околиці Пермі, в пересильної в'язниці, а нас - в невеликому будинку на території заводу, в тюрмі, як на Кіровському заводі, але меншою. Там ув'язнені тільки жили і харчувалися. Тюрма тут була організована для розробки і запуску у виробництво нової протитанкової гармати. Після початку війни з'ясувалося, що колишня на озброєнні піхотна протитанкова гармата калібру 45 мм не пробиває броню німецьких танків. Необхідно було терміново запустити у виробництво нову гармату з більшою потужністю пострілу ...
Для розробки нового варіанту цієї гармати був оголошений закритий конкурс із залученням Грабінський конструкторського бюро, Свердловського артилерійського конструкторського бюро, конструкторського бюро Мотовіліхі і нашого, керованого М. Ю. Цирульникова ...
При конструкторських випробуваннях на полігоні наша гармата виявилася кращою і була прийнята на озброєння Радянської Армії. За цю гармату група проектувальників, включаючи і мене, як це з'ясувалося пізніше, при реабілітації, була представлена до дострокового звільнення. Однак на моїй долі це не позначилося, достроково був звільнений тільки Цирульников ».
Так в 1943 році М. Ю. Цирульников був достроково звільнений з ув'язнення, а вже з 1946 року він - головний конструктор СКБ-172 і заводу ім. Леніна. Під його керівництвом в повоєнний час розроблено понад 20 досвідчених зразків установок різних класів артилерії - польовий, танкової, самохідної, гірської, зенітної, п'ять з яких були прийняті на озброєння Радянської Армії. Всі розроблені артилерійські системи за своїми експлуатаційними характеристиками знаходилися на рівні кращих зразків вітчизняної та зарубіжної артилерійської техніки і витримали випробування часом.
Михайло Цирульников - колишній в'язень ГУЛАГу, а пізніше лауреат Сталінської премії, нагороджений багатьма орденами і медалями країни, впорався з цим завданням. Він створив в СКБ-172 згуртований колектив талановитих конструкторів, здатних вирішувати весь спектр завдань по створенню виробів ракетної техніки.
У 1960-і роки було покладено початок створенню наукової школи проектування ракетних двигунів на твердому паливі: на базі Пермського політехнічного інституту була відкрита кафедра імпульсних теплових машин, першим завідувачем цієї кафедри став головний конструктор СКБ-172 М. Ю. Цирульников.
Необхідно особливо відзначити, що Михайлу Юрійовичу Цирульникова належить величезна заслуга в створенні маршових ракетних двигунів першої вітчизняної твердопаливної міжконтинентальної балістичної ракети РТ-2 (РС-12). В період роботи в СКБ-172 під його керівництвом були розроблені: рухома польова ракетна система «Ладога» з керованою твердопаливної оперативно-тактичної ракетою, ракетний комплекс середньої дальності з двоступеневою твердопаливної ракетою 8К97, РДТТ третього ступеня ракети 8К95-63, проекти великогабаритних секційних двигунів для ракет-носіїв 8К92К, 11К69Т, 11А52, РДТТ другого ступеня ракети 8К96, РДТТ другої і третьої ступенів ракети 15Ж41, розпочато модернізацію другої і третьої ступенів ракети РТ-2.
Роботи зі створення ракетних двигунів, ракетних систем і комплексів велися Цирульникова в тісній співпраці з головними конструкторами С. П. Корольовим, П. А. Тюріним, І. М. Садовським. Корольов, який очолював розробку серії твердопаливних ракет 8К96, 8К97, 8К98, часто бував в Пермі і неодноразово пропонував Цирульникова створити на базі підприємства філія ОКБ-1. Але Михайло Юрійович, завжди цінував самостійність, цю пропозицію відхилив. Однак спільна робота з ОКБ-1 (пізніше НВО «Енергія») визначила майбутнє СКБ-172.
М. Ю. Цирульников, за спогадами своїх колег, друзів, близьких родичів, завжди на перше місце ставив працю, роботу на благо суспільства і Вітчизни. В одному зі своїх інтерв'ю він говорив: «Потрібно виховувати почуття обов'язку, щоб жоден час не був витрачений поза інтересами країни ... Якщо у конструктора з'явилася думка, він повинен думати і думати тільки про це, не зважаючи з усім іншим».
Ось як писав у своїх спогадах Лев Миколайович Лавров, який змінив в 1968 році Цирульникова на посаді головного конструктора:
«Те, що Михайло Юрійович був великим конструктором, вченим і організатором зі створення унікальних артилерійських систем і стояв біля витоків абсолютно нового напрямку в області озброєння - ракетної техніки, відомо. А ось деякі моменти його роботи і життя відомі мало.
Так склалася доля, що мені починаючи з 1956 року і до самої смерті Михайла Юрійовича довелося спочатку працювати з ним, а потім спілкуватися і по роботі, і в житті. І ось про це я і хотів би коротко розповісти. Це була людина унікальної долі. Так, вона його ламала, але не зламала, бо це був справжній талант. І завжди на першому плані в його житті до останнього дня стояли інтереси країни.
Вийшло так, що я багато часу жив з Михайлом Юрійовичем в одній кімнаті, ночами гуляли по підмосковному місту Калінінграда, брав участь у зустрічах з різними людьми. Бачив, як він вболівав за справу. Ніколи не був меркантильним.
У нього не було образ на роки, коли він працював в «шарашці». Він оцінював життя так: минуле не повернути, і працював заради майбутнього. Так, він міг бути роздратованим, жорстким, впертим, але завжди міг переламати себе, якщо опонент мав рацію.
С. П. Корольов не дарма повірив йому, взявши в співучасники розробки абсолютно нових машин на твердому паливі. Це був переворот в області ракетної техніки. Підтримувати його взявся тільки Д. Ф. Устинов. Це був великий ризик в кар'єрі. Один проти всіх. М. Ю. Цирульников пішов на це. Очоливши колектив однодумців, він зумів в небувало короткі терміни добитися створення виробів, до останнього часу входили в систему «щита держави».
А головне - Михайле Юрійовичу повірив в майбутнє нового напрямку і до останніх днів працював в цій галузі. Передавав свій досвід і знання багатьом учням, шукав і знаходив шляхи застосування нових ідей в різних галузях науки і техніки. Вже будучи хворим, він не кидав справу. Воно було у нього в крові, в душі. Не завжди його розуміли, підтримували, але він боровся ».
У 1968 році М. Ю. Цирульников перейшов на постійну роботу в Пермський політехнічний інститут на кафедру імпульсних теплових машин, а вже в 1971 році за його ініціативи при кафедрі було створено дослідно-конструкторське бюро (ОКБ «Темп»), в якому він став науковим керівником і головним конструктором. Логічним продовженням наукової і творчої діяльності Цирульникова стала робота в Політехнічному інституті і в ОКБ «Темп».
Завідування кафедрою, лекції, підготовка наукових кадрів забирають багато часу, але Михайло Юрійович працює і як головний конструктор. Він пропонує для збільшення резервів технічної озброєності в області геології, геофізики, нафтогазовидобування, будівництва використовувати артилерійську техніку. Про цю роботу він говорив сам: «У решту життя хочу використовувати загублену артилерію як вторинне засіб в мирних цілях, це такий же важіль, як і використання ядерної енергії. Ми забиваємо палі залізобетонні за допомогою гармати. Ми можемо забити палю в десять або сто разів швидше, ніж забиваємо зараз ... »
І це не слова. Михайло Юрійович просто патологічно був захоплений ідеєю творення. Він уже переступив 80-річний свій ювілей, а його дружина Белла Іллівна розповідала: «Прокидаюся вночі, Михайла немає поруч. На кухні горить світло. Він сидить з паперами і щось малює, формули якісь. Вчора, каже, ми втратили щось в проекті, щось не врахували. А це треба було зробити зовсім по-іншому, мені ось зараз думка прийшла ... »
Людина невичерпної енергії, Михайло Юрійович Цирульников не уявляв своє життя поза процесом творення.
У 1989 році під його керівництвом була створена установка для застреліванія в морське дно анкерів кріплення бурових вишок і трубопроводів та освіти отворів в мерзлому ґрунті. Дослідно-промислова партія установок успішно пройшла випробування на об'єктах нафтової будівництва в Тюменській і Пермської областях і рекомендована до серійного виробництва.
Все своє життя, займаючись творчою працею, М. Ю. Цирульников працював з молоддю, не боявся доручати молодим фахівцям складні завдання, виховував з них професіоналів.
Кращою пам'яттю Михайлу Юрійовичу стало б підтримку в НВО «Іскра» тієї атмосфери творчості, яку він створив за життя, щоб результатом щорічно проводяться на підприємстві науково-технічних конкурсів імені М. Ю. Цирульникова було залучення в творчий процес створення зразків нової техніки і виховання нових поколінь творців, справжніх професіоналів галузі, якій він присвятив усе своє життя.