Організаційна структура та фінансові ресурси
Рада керуючих
Рада керуючих зазвичай збирається п'ять разів на рік. Він розглядає звітність, програму і бюджет МАГАТЕ і подає Генеральній конференції рекомендації з цих питань і розглядає також заяви про прийом в члени Агентства. Крім того, він стверджує угоди про гарантії і публікацію норм безпеки МАГАТЕ, а також уповноважена призначати Генерального директора, який затверджується Генеральною конференцією. У разі недотримання тією чи іншою країною її зобов'язань за гарантіями Рада приймає рішення про подальші кроки: від звернення з проханням представити роз'яснення до можливої передачі питання на розгляд Ради Безпеки Організації Об'єднаних Націй.
Генеральна конференція
Генеральна конференція. в якій представлені всі держави-члени, скликається один раз на рік для розгляду, крім інших питань, доповіді Ради керуючих за попередній рік, затвердження звітності, програми та бюджету, а також затвердження заяв, що надійшли про прийом в члени Агентства. Вона уповноважена запитувати у Ради доповіді по будь-яких питань, що належать до функцій МАГАТЕ. Під час своєї чергової щорічної сесії Конференція проводить загальну дискусію щодо основних напрямів діяльності та програму МАГАТЕ і розглядає різні питання, представлені їй Радою, Генеральним директором і окремими державами-членами.
Секретаріат
Департамент технічного співробітництва
Передача технологій та сталий розвиток.
Департамент ядерної енергії
Ядерна енергетика, паливний цикл і поводження з відходами.
Департамент ядерної безпеки
Ядерна безпека, радіаційна безпека, безпека відходів і фізична ядерна безпека.
Департамент ядерних наук і застосувань
Використання ядерних технологій в охороні здоров'я, сільському господарстві, промисловості та інших областях.
Департамент гарантій
Перевірка використання ядерної енергії в мирних цілях.
Департамент управління
Бюджет і фінанси, юридичні консультації та адміністративна підтримка, громадська інформація.