Симптоми орнітоз у птахів можуть протікати по різному. Так у папуг, голубів, качок, курей та ін. Інфекція частіше протікає в латентній формі без видимих ознак (безсимптомно). Іноді вона проявляється і клінічно, викликаючи значні втрати серед птіцепоголовья. У папуг інкубаційний період триває від п'яти днів до декількох тижнів, а симптоми орнітозу можуть протікати блискавично, гостро або підгостро.
Блискавичний перебіг зустрічається рідко. У цих випадках зовні здорові птахи гинуть протягом декількох годин. Найчастіше зустрічається гострий перебіг хвороби, що характеризується лихоманкою, пригніченим станом, відсутністю будь-якої реакції на зовнішні впливи.
Птахи сидять, нахохлившись, сонні, з скуйовдженим пір'ям і опущеними крилами (ознаки загальної астенії). Хода у них стає невпевненою, апетит зникає, дихання утруднене. З носових ходів і внутрішнього кута ока випливає серозно-слизовий ексудат. З'являється рідкий стілець. Послід зеленуватий, часто білий через велику кількість солей сечової кислоти, іноді в екскрементах зустрічаються вкраплення крові. Птахи сильно слабшають, дихання стає шумним, з'являються кашель і хрипи.
При такому клінічному перебігу орнітоз триває 4-8 днів. Зрідка птиці повільно одужують, і залишаються лише слабке витікання з носа і травні розлади, що виражаються в перемежовуються запорах і проносах. Підгострий перебіг орнітоз у птахів не має характерних симптомів і зазвичай закінчується одужанням. У птахів інших видів ознаки клінічного перебігу хвороби такі ж, як у папуг. Так, у голубів пронос є типовим симптомом. У хворих особин пір'я забруднені рідкими екскрементами, що містять включення сіро-зеленого кольору. Характерні також важкі респіраторні розлади.
У свійської птиці (кури, індики, качки) інфекція протікає безсимптомно. Ферма справляє враження благополучної, несучість зберігається на звичайному рівні, проте значно знижені оплодотворяемость і вихід курчат. У тих птахів, які хворіють клінічно, відзначаються ті ж симптоми орнітозу, що і у папуг. У багатьох особин проявляється кон'юнктивіт, при якому запалене все очне яблуко.
Курчата більш сприйнятливі, ніж дорослий птах, і хвороба протікає у них в більш важкій формі. Спостерігаються травні, респіраторні і нервові розлади. У каченят хвороба також протікає важче, ніж у дорослих особин на тлі виражених респіраторних розладів, виділень з очей, невпевненої ходи, проносу і т. Д. Через 7-10 год після початку хвороби каченята впадають в коматозний стан і гинуть протягом 3-4 ч.