У другому випадку використовується райдужна оболонка ока. Сітківка розташовується досить глибоко, але при цьому сучасні пристрої можуть зчитувати розташування капілярів без особливих труднощів. Це обумовлено тим, що сітківка є одним з найстабільніших фізіологічних ознак, який може не змінюватися протягом тривалого проміжку часу.
Для того що б провести сканування сітківки ока застосовуються пристрої утворюють інфрачервоні промені низької інтенсивності направляються через зіницю до кровоносних судинах які розміщуються на задній частині ока. У цьому випадку використовується спеціальний м'яке світло для того що б не травмувати чутливі клітини органів зору.
Артерії і вени, що забезпечують очей живильними речовинами переносяться кров'ю вельми добре видно за допомогою впливу зовнішнього джерела світла. Сьогодні розташування капілярів на задній стінці ока людини є унікальним ознакою, який не змінюється протягом усього життя. Саме тому за допомогою даного біометричного способу можна в короткі терміни визначити особистість людини або обмежити його пересування на певній території.
В даний час сканери для сітківки ока найбільш часто використовуються в спеціальних секретних системах обмеження доступу. Це обумовлено тим, що вони мають найнижчий відсоток відмов для користувачів, що мають доступ. У даних системах є пристрій для захисту від муляжу. На сьогоднішній день сканування сітківки широко не застосовується в силу високої вартості обладнання. Крім цього пристрій має невисоку пропускну здатність, адже в даному випадку користувач повинен не моргаючи дивитися на одну точку, що також викликає певний психологічний дискомфорт.