Ну на піддомен перейде траст домена, але той новий сайт буде довгий. Так, що краще новий домен, хоча все залежить від цілей.
ТС, Вам я раджу ще подумати перш ніж вибрати будь-якої варіант, спробую розповісти про переваги і недоліки.
1. Магазин на піддомені. Такий варіант хороший тим, якщо у Вас основний домен вже має популярність і являє собою якийсь бренд. Також Вам не потрібно буде платити за новий домен (хоча це дрібниця). Якщо Ви захочете в майбутньому відкрити ще один магазин, з продажу, наприклад, аксесуарів для авто, то можна буде створити ще один піддомен. Буде дуже зручна структура сайту.
Мінусом є те, що піддомени не так поважають, як домени. У сапу додати не зможете (хоча і не потрібно туди магазин додавати), в інші системи можливо теж. Загалом будете стикатися з обмеженнями при розкручуванні.
Зроблю висновок: варіант хороший, якщо основний домен являє собою бренд.
2. Магазин "в папці", тобто kuzobva.ru/shop/ хороший тим, що магазин отримує весь траст існуючого сайту. Старт розкрутки магазину буде на багато простіше. Проблеми можуть бути наступні: при накладенні санкцій на сайт страждає і магазин, Ви не зможете в майбутньому відокремити магазин (точніше це буде зробити дуже складно), так як БД у нього спільна з сайтом ну і т.д. Ще особливість # 33; Дизайн в такому випадку повинен бути такий же як і у сайту, інакше буде дуже не зручно і не логічно. Якщо ж сайт на піддомені або на іншому домені, то Ви зможете змінювати дизайн так, як захочете.
Особисто я не раджу робити сайт в папці, я б вибирав між варіантом 1 і 3. Якщо сайт популярний, то краще варіант 1, якщо ж ні, то варіант 3.
Сподіваюся, що зміг допомогти при виборі)
Проводжу аудит юзабіліті сайту. надаю консультації щодо оптимізації та просування сайту в ПС.