Як гніздового матеріалу, яким слід застеляти дно клітки, використовують сіно, солому, клаптики бавовняної тканини. Підстилку треба міняти двічі в тиждень.
Наявність піддону полегшує процес прибирання клітини, тому що досить лише витягти його, прочистити і помити. Повна розбирання клітини в даному випадку не є необхідністю. До того ж пластиковий піддон охоронить дно дерев'яної клітки від розмокання.
Правильний вибір підстилки впливає на стан здоров'я щури, тому слід розглянути різні можливості. Використання деревної стружки допустимо лише в тому випадку, якщо ви твердо впевнені, що отримуєте стружку листяних порід, так як кедрова і соснова стружки містять феноли, масла в деревині, які надають їм свіжий деревний запах, але є токсичними для тварини. Феноли - отруйні їдкі кислі склади, присутні в м'якій деревині, які зазвичай додаються в дезінфікуючі засоби і відбивають запах тваринної сечі. Оскільки феноли їдкі, вони постійно дратують носові протоки, горло і легені, які стають більш чутливими до бактерій, впливають на нирки і печінку, органи, відповідальні за фільтрацію крові та сечі і усунення токсинів з них. Довгостроковий вплив фенолів може викликати пошкодження печінки і робить тварина дуже чутливим до анестезуючих засобів. Вплив фенолів може також пригнічувати імунну реакцію організму, викликаючи інфекції дихальних шляхів.
Стрижні кукурудзяних качанів можна використовувати в якості підстилки, але таку підстилку необхідно часто міняти, так як вона швидко розмокає, що може привести до утворення цвілі. Також може використовуватися гранулірованнная кроляча їжа (люцернові гранули). Вона гігроскопічна і легко ламається, але більш безпечна, ніж стружка м'якої деревини або кукурудзяна підстилка. До цього списку можна додати ще стружку евкаліпта. Однак і в цьому випадку щури будуть схильні до дії містяться в стружці частинок пилу, що також є джерелом роздратування їх дихальних шляхів. Пресовані тирсу більш прийнятні, оскільки виготовляються зазвичай з деревини твердих листяних порід, а й цей вид підстилки містить занадто багато пилу.
Паперову підстилку використовувати не рекомендується, так як папір має занадто слабкою абсорбуючій способносстью і швидко розмокає. Крім того, при використанні такої підстилки часто з'являється сильний запах. Якщо ж ви все-таки зупинилися на цьому варіанті, то ні в якому разі не використовуйте газети, так як друкарська фарба містить свинець і цинк.
Зараз в зоомагазинах продається наповнювач для котячого туалету. який має гарну абсорбуючою здатністю, проте, як і деревна стружка, містить занадто багато пилу. Крім того, він сильно висушує повітря в клітці, тому використання наповнювача в якості підстилки не рекомендується, особливо в районах з сухим континентальним кліматом.
Підстилка з шматочків тканини також має свої плюси і мінуси. Тканинну подстіку після прання можна використовувати багаторазово, але щури часто збирають все шматочки тканини в купу, залишаючи ділянки голого статі, при цьому вони можуть перевернути все в клітці догори дном; крім того, маленькі пацюки можуть заплутатися в нитках розпустилася тканини і задихнутися.
Підстилка із сіна також має свої недоліки, так як сіно має слабку абсорбуючою здатністю, хоча допускається використання сіна в якості будівельного матеріалу для гнізда.
Всі перераховані вище підстилки мають свої як позитивні, так і негативні сторони. Тому вам доведеться самим вибрати найбільш підходящий варіант. Можете використовувати різні підстилки, чергуючи їх. Також можете виготовити в клітці дно із пластику з дрібними дірочками діаметром 3 мм і відстанню між ними 4 мм. При меншому діаметрі отвори будуть часто засмічуватися залишками корму і твердими частинками, при більшому - палець або ціла лапа щури можуть застрягти в отворі, що призведе до травми. Отвори повинні займати якомога більшу площу, так що будьте готові до досить трудомісткою і тривалій роботі. Після висвердлювання отворів слід гарненько ошкурить бічні грані, щоб не було зазубрин і задирок, які можуть завдати шкоди щурам. Під таке дно треба встановити піддон, який досить просто витягати і промивати, усуваючи зайву забрудненість атмосфери клітини парами аміаку від випаровується сечі. Піддон краще заповнити будь-яким абсорбентом, який бедет вбирати вологу і запах, але можна і не використовувати його.